Penny發現了島和父親的秘密，從而也斷定Desmond很可能並沒有死，而是到了島上。
於是在Desmond在航海中失蹤後，Penny便利用自己取得的這些信息，調動自己的資源，在北極建立磁場檢測站，希望有朝一日撞大運根據磁場異常發現島的位置（這種守株待兔監測島的位置的方法應該也是從他爹那裏偷學來的）。
也正是因此，當天鵝艙內爆之後，Penny和Widmore都檢測到了島的位置，在Penny還沒來得及組織力量前往救援時，Widmore就已經組織起一隻以瓦解Ben的力量為目的的小分隊和雇傭軍，搶先到了島上。
為了取得島上的人的信任，特別是考慮到可能利用Desmond，因此Widmore從女兒那裏偷來Penny和Desmond的合影交給Naomi，讓Naomi必要時可以通過騙Desmond取得島上相關人等的信任。
Naomi進島時出了點意外，卻更意外地被Desmond及時找到。原因是這時的Desmond成了神奇的預言帝。
這裏不得不說一個《LOST》隱藏的謀殺案：Desmond“殺”Charlie。
Charlie的死當然不是Desmond下手，但Desmond卻利用了Charlie的死。
Charlie之所以明知自己會犧牲卻仍然下定決心潛入窺鏡站，是因為Desmond對Charlie承諾說，他看見了Claire母子最後登上了直升機。Charlie聽到這句話，才下定決心。但後來Claire根本沒有登上直升機！
Desmond的承諾根本就是謊言。Desmond其實隻看見了自己與Penny團聚的結局，而根本沒有看見Claire的未來。很明顯的一個證據是在此之前Desmond的重要預言都有畫麵出現，而唯獨這個直接造成Charlie死亡的重要預言，卻沒有出現過任何關於Claire的畫麵。
所以當Desmond向Charlie承諾自己看見Claire脫險時，他的語氣是很遲疑的。而到了最後他目睹Charlie的死時，流露出的表情除了悲痛更多的是愧疚。
說回Ben。
Widmore的小分隊和雇傭軍最後還是順利登島，很大程度上瓦解了Ben的權力，還殺了Ben的女兒。另一方麵，本來死定了的Locke原地滿血複活，並儼然已有了the-others新領導者的架勢。更窩囊的是，以往被玩弄於鼓掌之間的815幸存者也成功反擊，挫敗Ben的奪孕婦計劃。Ben在三條戰線上同時受挫，頓時陷入人生中的最低穀。
而他此後的經曆，則已陷入黑衣人“尋找loophole”計劃的巨網中了。
黑衣人的最終目的很簡單：殺Jacob、殺候選人，破除封印，離開島。
在殺Jacob還沒有完全把握的情況下，黑衣人從候選人殺起。最高目標當然最好是把候選人殺光，斷了Jacob的後路，一了百了。但這根本辦不到，因為候選人也受到封印保護，黑衣人沒法直接殺他們，拐彎抹角地借刀殺人機會又太少。不過即便如此，也是殺一個算一個，每殺一個候選人，Jacob接班時的選擇餘地變少一分。
在第六季中，黑衣人用炸彈加潛艇製造出一個讓候選人們“自殺”的陷阱，成功地除去幾名候選人。而這遠不是黑衣人第一次對候選人動手。
這就又引出了其他幾宗隱藏的謀殺案。例如Boone和Shannon兄妹的死。
Boone和Shannon兄妹的姓被刻在燈塔的轉盤上，因此他倆本來也是候選人之一。不幸的是，他們成為最早被黑衣人借刀殺掉的候選人。
Boone從懸崖摔下其實是黑衣人一手策劃的。首先，Boone爬上懸崖的原因是Locke的腿忽然失去知覺。
用Locke自己的話來說，他不知道為什麼島要把賜予他的東西拿回去了。
從815墜機那天開始，身患重疾的Locke和Ross就都受到島的恩賜，病患奇跡般地康複。如今，黑衣人施法短暫拿回對Locke的這種恩賜，目的就是布局幹掉Boone。
黑衣人通過夢境引導Locke去尋找Yemi的飛機，還暗示了Boone將死。Locke乖乖上鉤，並且雙腿在路上非常“湊巧”地完全失去知覺。
於是，爬上懸崖的“順理成章”地成了Boone。當Boone被摔成重傷後，Locke的腿非常“及時”地複原。可憐的Locke愣是從來沒去想過他詭異的短暫癱瘓和Boone之死的關係。
之後被借刀殺掉的是Shannon。Shannon死前被穿越而來的Walt所擾。Shannon看到的Walt可能有幾種解釋。
第一種：此時的Walt正被the-others抓走做實驗，穿越而來的Walt肯定不是完全自由的，而是處於某種實驗狀態之中，每次出現一會兒便又消失。之所以出現在Shannon麵前，可能完全是個誤會。Walt可能隻是因為與狗狗Vincent之間的情感聯係而下意識地出現在了Vincent周圍，而那時的Vincent恰好由Shannon照顧。
第二種：這其實是shannon看見的幻覺而已。就在這不久前，Claire撿到本來放在walt他們木筏裏的漂流瓶，並告訴了shannon和sun，所以shannon隱約覺得walt已經落水死了！walt渾身是水的這個形象，其實是島上的能量對shannon施加了影響，讓shannon的心魔實體化的結果。所以這一個根本就不是真正的walt。“心魔實體化”也可以解釋片中其他一些情節，比如：Sawyer看到的一頭被自己誤殺者附體的野豬；kate看見她以前撞死的一匹馬。