有明一朝，鳳陽周圍漸漸變成童山禿嶺，森林損毀殆盡，湖泊淤塞，淮河則經常泛濫，水患頻仍，兩岸百姓民不聊生，“地力既盡，元氣日銷，天災流行，人事屢變”（甘山修《霍山縣誌》卷十三）。鳳陽由此十年更有九年荒。“雨三日則沛澤，極目垮窪，泥淖不可耕耘。稍亢陽又為焦土。”
（汪旎修《重修蒙城縣誌書》卷十一）據《鳳陽新書》記載，自萬曆十七年至泰昌二年（公元年），鳳陽共發生旱澇災害6次，平均五年多一次（《鳳陽新書》卷四）。
這隻是災害影響較大的。如果算上一般的災害，則“鳳陽十年九荒，非旱則雨”（《鳳陽新書》卷四），至明末更是“十餘年來無歲不災，無災不重”
（《鳳陽新書》卷四）。
當初朱元璋強製遷來的移民的後代，在一次次災荒中不斷逃亡他鄉。
比如景泰三年（公元1452年），鳳陽府等處發生澇災，“田禾無收，積年在彼逃民，俱各轉徙，赴濟寧、臨清各處趁食，動以萬計”（《明英宗實錄》
卷二二四）。成化八年（公元1472年），“江淮南北，民多流亡”（《明憲宗實錄》卷一一一）。鳳陽的人口，在明中期以後迅速減少。據《鳳陽新書》記載，該縣“洪武之初，編民十有四萬也。自時厥後，舊誌尚在丁口四萬七千八百五十餘口，萬曆六年，則僅存一萬三千八百九十四口”（《鳳陽新書》卷四，《賦役篇第二》）。
剩下的人，也無法正常定居，許多人漸漸以乞討為職業。他們“群趨於惰，兼之水旱頻仍，中人蕩產，且乏兼歲之儲。一遇災荒，輒膏子女、棄故土而適他鄉者，比比皆是”（雍正《懷遠縣誌》卷一）。因此形成的“鳳陽花鼓”，隨著這些逃荒者的足跡，傳遍了大江南北而聞名全國。明末清初的魏裔介，曾在一首《秧歌行》裏描寫說：
鳳陽婦女唱秧歌，年年正月渡黃河。北風吹雪沙撲麵，冬冬腰鼓自婆娑。衣衫襤褸帕在首，自言出門日已久。前年壽州無雨澤，今年泗州決河口……我唱秧歌度歉年，完卻官租還種田。南來北往如飛燕，如此艱辛實可憐鳳陽農業經濟因此告別一時的繁榮，重現蕭條衰落之狀。本來經過朱元璋的大力經營，鳳陽府土地數量一度達到了40萬頃。至明代中期的弘治十五年（公元1502年），該府的耕地麵積卻回落到僅有61263頃（《明會典》卷一七，《戶部·川土》）。從洪武二十六年（公元1393年）至弘治十五年不足150年的時間，鳳陽府的耕地麵積竟減少了30多萬頃。“鳳、淮土廣人稀，加以水災，民半逃亡，二千裏皆成草莽。”（《明神宗實錄》卷五八）曾任廬州知府和吏部尚書的張瀚對淮河流域的土地荒蕪之狀有過細致的記述，在經過鳳陽一帶時，他親眼目睹了那裏的荒蕪蕭條之狀。
嚐往來淮、鳳，一望皆紅寥白茅，大抵多不耕之地。間有耕者，又苦天澤不時，非旱即澇，蓋雨多則橫澇彌漫，無處歸束；無雨則任其焦萎，救濟無資，饑饉頻仍，窘迫流徙，地廣人稀，坐此故也。（張瀚《鬆窗夢語》卷四，《三農紀》）直到今天，淮河流域的大部分地區經濟發展既不及蘇南富裕發達，也不如魯中的蓬勃興旺，同為沿海開發地區，差異如此之大，其中一個重要的原因正是由於當地生態環境在明代遭到了嚴重破壞。朱元璋當初做夢也想不到，他的一片好心，會造成這樣的後果。