漆黑的子彈簡介：二〇二〇年，人類在與病毒性寄生生物“原腸動物”的戰爭中敗北，
被驅逐至狹窄的領土，帶著恐懼與絕望苟且偷生。
在如此封閉幽暗的世界──
居住於東京地區的少年──裏見蓮太郎，為對抗原腸動物的專家“民警”一員，從事危機的工作。
他的搭檔則是有點早熟的小女孩──藍原延珠。
以特殊能力戰鬥的兩人，某天接獲政府的特別命令，內容則是避免東京毀滅的高度機密任務……
以近未來為舞台，充滿戰栗氣息的英雄動作善巨作，就此開幕！
設定
「原腸動物」
感染一種具有透過血液的高感染力，能改寫生物DNA的恐怖病毒後誕生的生物，於2021年突然在世界各地爆發，短時間就將人類世界破壞到幾近覆滅。
被感染的生物會在短時間內突變，並將感染者的DNA與其它動物的DNA混合，變成恐怖凶殘的怪物。混合越多不同物種DNA的原腸動物實力和外皮就越強越堅硬，基本上依強度可分成I～IV的階級。
「原腸動物戰爭」
2020年，原腸動物大舉進攻，最後擊敗了人類，使人類失去了80%的區域的戰爭。但戰爭的具體內容並未過多對外宣布，甚至政府對外有所隱瞞。
「受詛之子」
在母親懷孕期攝入原腸動物病毒導致病毒在胎兒體內積累所產下的孩子，從而具有一定原腸動物的能力，由此被詛咒的孩子被大多數人憎恨並迫害著。原本胎兒的性別是無法被選擇的，但是由於原腸動物病毒所帶來的某種影響，所知的所有原腸動物病毒患童全部為女孩。自從原腸動物大戰後開始出現，所以現在被詛咒的孩子都在10歲內。她們使用能力的時候眼睛會變紅，而當他們解放能力或者被注射體液體內原腸動物病毒侵蝕率會逐漸上升，當體內原腸動物病毒侵蝕率超過50%會原腸動物化，所以每天都要注射抑製劑。因被排斥大多數住在外周區。這裏補充一點，原腸生物戰爭至劇情開始中間共有十年的緩和期，所以純潔時代誕生的「受詛之子」年齡不可能超過十歲。
「被掠奪的世代」
經曆過原腸動物大戰的人。親眼目睹原腸動物的恐怖，很多也因戰爭失去的親人。現在大部分都憎恨著原腸動物和被詛咒的孩子。
「純潔的世代」
原腸動物大戰後出生的人，其中也包括被詛咒的孩子。
「民警」
民間警備公司的簡稱，負責剿滅從外圍世界闖進人類居住區的原腸動物的民間軍事化會社，由於是民間公司的形式，所以一般都是以接受委托的形式執行任務，任務的內容也不僅僅包括剿滅入侵的原腸動物，還包括各種諸如保鏢，護衛，搜尋的各種任務。基本由裝備有鈥金屬所打造的武器的兩人組（起始者和促進者）擔任任務的執行者。
「起始者（Initiator）」
民間警備會社執行任務的兩人組搭檔之一，本身是原腸動物病毒攜帶者，即“被詛咒的孩子”，因為能夠發揮原腸動物病毒的力量，而且本身具有原腸動物肉體修複能力，所以是兩人組中主要戰力。
「促進者（Promoter）」