1917年初冬，川軍出兵五萬援湘取得勝利，並與占據武漢、孝感等地的北洋軍將領吳佩孚達成秘密協定，結束了兩湖大部地區的割據和戰亂，隨即與北洋政府總理段祺瑞達成聯合，完成了統一全國的第一階段任務。
隨著西康建省獲得北京政府的通過，新的軍政格局已經形成，川軍原有序列和戰鬥編製已經不能滿足應對戰爭的要求，四川最高軍政會議對迅速壯大的川軍進行了第三次編製調整。
一、西康省：省長，匡佑民；督軍兼邊防軍總司令，鍾穎；副司令，周道剛，彭措；參謀長，劉弼良。司令部直轄邊軍教導師、新編山地旅、警衛旅、騎兵教導團、甘孜軍事訓練基地、西康工程兵團。
康定警備司令部司令：祁洛（兼邊軍副司令），下轄康定警備旅、邊防軍第四師、新編藏軍步兵一團。
巴塘警備司令部司令：唐五麟，下轄巴塘警備旅、邊軍第三師、巴塘預備役師，邊軍第二工兵旅，新編藏軍步兵三團。
拉薩警備司令部司令：巴特，下轄拉薩警備旅、邊軍第一師、邊軍第一騎兵旅、邊軍第一工兵旅，新編藏軍步兵四團。
林芝警備司令部司令：馬德洪，下轄林芝警備旅、邊防地二師、邊軍第二騎兵旅、邊軍第三工兵旅、新編藏軍第二團。
二、川軍總司令，蕭益民；副總司令，王陵基、徐孝剛；參謀長，包季卿；副參謀長，楊肇錫。
參謀處處長，張斯可；副處長，喬毅夫。
政治處處長，萬連峰。
軍需處處長，何成良。
副官處處長，陸傳芳。
兵站總監：傅常（少將，保定陸軍速成學堂），下轄重慶、雅安、劍閣、萬縣、敘府、宜昌六大兵站。
兵工處處長：楊肇錫（畢業四川武備學堂第一期、日本陸軍士官學校，曆任四川新軍管帶、軍械科長、四川兵工廠總辦）。
憲兵司令：麻剛（少將，下轄八個憲兵團），副司令：劉鎮漢。
警衛師師長：吳季（少將，原名吳三）。
獨立師師長：陳蘭亭（少將，四川陸軍速成學堂）。
四川陸軍軍官學校：校長，蕭益民；教育長，徐孝剛；總教官，周俊（中將）。
成都警備司令部：司令兼第一警備師師長：鄭長澤。
重慶警備司令部：司令兼第二警備師師長：謝長明。
敘府警備司令部：司令兼第三警備師師長：田瑜量。
雅安警備司令部：司令兼第四警備師師長：方繼剛。
川軍第一軍：軍長，王陵基（中將）；副軍長，鍾體道（中將）；參謀長，張邦本（中將）日本陸軍士官學校）；軍部駐地：宜昌。
第一師師長：楊森；參謀長，郭儒棟；政訓科長，麻振國。該師下轄步兵第1團、第2團、第3團，直屬警通營、炮兵營、工兵營、輜重營、衛生隊。
第二師師長：劉湘；參謀長，楊國禎；政訓科長，程文謹。該師下轄步兵第4團、第5團、第6團，直屬警通營、炮兵營、工兵營、輜重營、衛生隊。
第三師師長：唐式遵；參謀長，潘文華；政訓科長，麻振華。該師下轄步兵第7團、第8團、第9團，直屬警通營、炮兵營、工兵營、輜重營、衛生隊。
川軍第二軍：軍長，孫兆鸞（中將）；副軍長，劉鼎勳（少將）；參謀長，朱憲文（少將，日本陸軍士官學校）。軍部駐地：內江。
第四師師長：劉鼎勳（兼）；參謀長，袁育生（四川武備學堂）。該師下轄步兵第10團、第11團、第12團，直屬警通營、炮兵營、工兵營、輜重營、衛生隊。駐地，內江。
第五師師長：（未編）
第六師師長：唐莽（少將，四川武備學堂）；參謀長：向樹榮（少將，保定陸軍速成學堂）。該師下轄步兵第16團、第17團、第18團，直屬警通營、炮兵營、工兵營、輜重營、衛生隊。駐地，瀘州。
川軍第三軍：軍長，彭光烈（中將）；副軍長兼參謀長，陳經（少將，日本陸軍士官學校）。軍部駐地，南川縣。
第七師師長：何疇（少將，四川陸軍速成學堂）；參謀長，劉籍英（四川陸軍速成學堂）。該師下轄步兵第19團、第20團、第21團，直屬警通營、炮兵營、工兵營、輜重營、衛生隊。駐地，秀山縣。