肖林還不知道的是，這個世界上，已經出現了一個勢力，將他和他的新美洲王國視為了絕對大敵。這個實力，就是歐洲上空的陰影，中世紀的統治者，王權上麵的牢籠。好吧，其實就是教會。教會自從發現肖林庇護了自由刺客聯盟之後，就對肖林有著一些敵意。本來要是肖林不惹事，他們也不至於大老遠的和他過不去，畢竟在新大陸他們的影響力實在有限。
可是，沒想到肖林是一路作死啊。不僅僅庇護了自由刺客聯盟，還把他們捧到了高位，主動選拔人員加入自由刺客聯盟。不過，這是他們眼中的，在肖林看來，他隻是讓這幾個專業人士幫忙訓練一批間諜和特工出來。不過人家可不這麼看，他們百分百確定，什麼間諜特工都是假的，主動幫助自由刺客聯盟才是真的。
後麵這些培訓出來的間諜和特工一部分參與了兩次對聖殿騎士組織的圍剿，他們更是確定了這個想法。等到他們認真去了解公司之後，他們發現，這個公司居然是比自由刺客聯盟對他們大業壞影響還要大的勢力。公司提倡自由平等，鼓勵科學研究，整個社會都充滿了自由美好的氣息，除了一個太陽神，甚至全麵否定其它的神靈。
這其中，沒有一個是他們能夠原諒的。教會認為，過度的自由隻會導致墮落。沒有被約束的人們，隻會陷入無窮無盡的紛爭當中，從而導致無窮無盡的戰爭。這在以往的曆史中已經證明了，他們確信不會出錯。所以，他們覺得，必須有一個絕對強大的勢力統治人們的思想。自然，他們認為自己就是當仁不讓的人選。
可是公司不僅宣揚自由，還鼓勵自由。更甚至，公司的科技實力已經遠遠超過了他們。最讓他們不能容忍的，可能就是公司全盤否定上帝的存在了。肖林為了擺脫天主教基督教對白人們的影響，為了防止以後教會一個呼籲就出現一批白人起來反對他，他可是想盡了辦法證明上帝的虛假性，一些證據被偽造出來，效果還是非常不錯的，就是把教會可得罪慘了。
教會已經把炎黃貿易公司視為了生死大敵，可是肖林卻完全不知道。歐洲並不是公司未來的重點，肖林從來沒有打算攻上歐洲，自然不會再那裏多浪費時間。阿列克謝他們培訓出來的間諜和特工，肖林也派了一些回到歐洲，不過都在英國、法國、西班牙、葡萄牙四個國家裏麵，根本沒有把目光放到教會身上去。阿列克謝他們也是懈怠了，公司的強大，給了他們巨大的安全感，已經不把教會放在眼裏了。
自然，他們也就沒有提醒到他。肖林倒是發現了聖殿騎士們在搞事情，但是他隻知道他們是白人，並不知道他們是聖殿騎士，他還以為是一些對他趕跑英法，占據北美不滿的兩個國家的人。當時科爾森因為帶隊襲擊阿帕奇方麵軍的炮兵陣地沒有成功被打了一個反埋伏，因為知道回去沒有好下場，就此離開戰場，提前回到了手下所在的部落裏，找了個借口把手下全都帶走了。
科爾森並不甘心就此回到歐洲，雖然他不會受到什麼處罰，但是驕傲的他不允許自己一直失敗。所以，他帶著自己的團隊來到了加勒比海灣。這裏，有教會的隱藏力量，他要靠這股力量，在海盜當中崛起，積攢更大的力量，不斷地拖延炎黃貿易公司強大的步伐。教會有一些人偽裝成海盜，一直在這裏活躍，一是為了埋下暗筆，二也是可以通過劫掠為教會提供一些資金。
科爾森畢竟是從小培養的聖殿騎士，實力和戰略指揮能力並不差。如果不是因為公司太過團結強大，他也不至於落到這個地方。短短時間，這個三艘船，三百多人的海盜團就被他完全降服了。然後，依靠這點力量，他開始瘋狂地擴張。也得虧他運氣好，這個時候，沒有人再關注海盜們。英國法國都被趕出了殖民地，在這裏已經沒有了利益。
西班牙和葡萄牙要不了多久也會把殖民地移交給公司，也沒有閑心去管這些海盜了。肖林因為是大國出生，從來沒有感受過海盜的力量，自然也不會把海盜放在眼裏。海盜不招惹他他也不會去管他們，敢伸手不要說手，就是腦袋都給砍掉。伊吉克帶著艦隊幾次出擊後，也就沒有了海盜敢招惹掛著公司旗幟的船。