關於宋水軍在與元水軍的戰鬥為何頻頻失利，在前世軍迷中多有討論。有人說是由於宋叛將劉整的幫助，使得元軍得以訓練出一支強悍的水軍；也有人說是因為兩軍戰船和兵員素質的差距導致宋水軍不敵；還有人認為是宋軍的腐敗和奸佞弄權，使水軍將領大規模的叛逃，進而導致水軍實力下降……林林總總說了很多，各執一言爭執不下。
趙昺以為這些原因都有，都可能是導致戰鬥失敗的原因，卻並不是主因，但又說不出所以然。而這時他發現一位網友說的十分有見地，他以為在水戰中宋軍敗給元軍的主要原因還是戰略、戰術上的失敗，他們墨守成規，不思進取，加上文臣弄兵，不懂裝懂的瞎指揮才導致了一場場戰鬥的失敗。
大宋立國後，除在太祖和太宗兩朝積極進取，在戰略上采取攻勢外，其餘各朝雖有拓疆之戰，但總體在戰略、戰術上皆采用被動消極的單純防禦，在失去中原後更甚。而古時水軍並非征戰的主力，而是步騎軍的輔助兵種，因而其戰略和戰術也受之影響，亦然如此。
但是，水軍是一種機動軍種，用於攻擊，最為有效，功能與騎兵相近。宋軍卻未能運用優勢水軍作為戰略攻擊的工具。主要用之為水路馳援、解救危城的防禦手段。襄樊被圍期間，名儒金履祥曾上書朝廷，建議派遣重兵，直搗幽薊，以牽製襄樊蒙軍。此一以水師為主力的大膽攻擊策略，顯然未被采行。宋朝幾次派遣水軍北上突襲，規模甚小，無法發生作用。
在戰術的層次，宋艦隊在大規模水戰中多采被動防禦。如在焦山戰役，宋艦每十艘連為一舫，貫以鐵索，沉碇於江。崖山之役，宋方也是綦結巨艦千餘艘，中艫外舳，貫以大索，四周起樓棚如城堞。這種以船艦結為城堡的被動防禦完全忽視水軍機動的特長，不僅陷於被動挨打，而且多遭火攻而致覆滅。
與宋軍相反，蒙元出身於遊牧民族，以騎兵作戰為主，而成吉思汗更是將騎兵機動性發揮到了極致，奔襲千裏、穿插迂回等機動戰術的運用從上到下都十分嫻熟，一些將領轉為水軍後必定將這些理念帶到水戰中。在早期水軍由於實力不強，僅用作輔助攻擊。但在長江戰役階段，水軍已成主攻的兵種。蒙元多以水軍作為攻擊的工具，靈活運用正麵攻擊、側背迂回、水陸協同夾擊等戰法，勇猛攻擊以破敵主力。
正是由於戰術不同，宋水軍多倚恃大船。大船威力雖大，但缺乏機動性，運作全靠風力，無風則陷於被動。焦山之役，宋艦便因無風而致挨打。而蒙古水軍則善於運用水哨馬、拔都兵船等輕舟，取其往來如飛，便於攻擊之利，輪番騷擾，使宋軍顧此失彼。宋軍防線隻一處被突破，相救不及，元軍便趁機突入，往往導致宋軍全線崩潰。