想明白了事情的前前後後，搞清楚了當前的形勢，趙昺下旨命留守瓊州的兵部侍郎江鉦為湖廣路討賊總部署，樞密院統領司韓振為帥，統領第六、七、八、九四個師跨海北上，集兵於一路直搗荊州，占領這個戰略要地，完成戰略合圍。於此同時著令護軍二旅助懷勇及平海兩軍攻取明州府，占據慶元路，免除紹興的東翼的威脅。
馬廷鸞接管紹興府後也立刻開始著手整頓，當前首要任務便是鏟除蒙元殘餘勢力**細，畢竟皇帝駐蹕於此，若是出了差錯，他是萬死莫贖。在護軍一旅的配合下，隨即展開了清洗，已有廣州、泉州的先例所循，首先對一眾舊官員進行甄別和調換，與蒙元有關的商旅巨賈進行抓捕。
紹興臨近杭州本就是商業繁榮之地，貪財的蒙古人當然不會這塊肥肉，他們紛紛在利用自己特殊的身份在在此設置商號，侵占良田，因此暴富。在此聚集的蒙古人和色目人不下萬千，可沒想到一夜之間變了天，能夠逃走的十中無一，且人能跑，多年的積攢卻帶不走，皆被查封沒官。
令趙昺沒想到的是別看馬廷鸞平日溫文爾雅，但殺起人來同樣毫不手軟，甚至比自己有過之而不及。凡是蒙古及色目官員，上至斷事官，下至駐於鄉裏的‘彈壓’的小吏皆被處死，家財沒收，家眷入官；而對於當年叛降的大宋官員也不客氣，管你是因為未免百姓被屠戮而獻城的，還是遵照太後‘詔令’開城迎賊的，全部拿下；對於資敵的商賈士紳同樣也不留情，盡數一網打盡。
馬廷鸞殺紅了眼，趙昺都有些看不下去了。對於殺蒙古人和其狗腿子色目人，他沒有什麼意見，這些人是元王朝的受益者，也是最為堅定的支持者，在當前敵強我弱的形勢下即便投降也是虛以為蛇，等待哪天變天呢！一旦自己稍有失利，便會重新跳出來助敵，殺了倒也幹脆，免留後患。
當年叛降及主動助敵的原宋朝官員，趙昺也沒有一絲憐憫皆以謀叛之罪處死，未成年子弟及女眷充官為奴；而對於被動降敵，屬於從犯者隻追究其一人之罪，家眷得免；在王師到來能主動獻城者，前罪得免，視其所為再加以任用，這其中當然也有借此逃罪的。這與當年打泉州畢竟不同，那會兒是摟一杆子邊走，現在是要賴著不走了，因而不問詳情一律皆殺以後便無人投降了，對以後的作戰不利，權衡之下還是留他們條命。
至於現任的偽官，趙昺以為還是視其官聲、民意，查實後依律處置，該殺的殺，該關的關，不可一殺了之；而對於鄉間的士紳豪強，也是要區分對待，罪大惡極助紂為虐者堅決鎮壓，收其財產。能維護鄉梓利益，急公好義者，尤其是反元助宋者要加以褒獎，維護其權益，畢竟維護地方還要靠這些人。
還有就是那些商賈了，官商和蒙古人、色目人的生意全盤由官府接收；巨富大商，趙昺以為這些人若非勾結官府，串通蒙古人肯定是難以致富的，因而對其要嚴厲打擊，深挖其罪，當然也是為了解決軍費和開支；而那些中、小商人及手工業者則不必追究，畢竟物資流通還離不開這些人，將來稅收也要靠他們予以保障。
有懲就得有撫，對於當年殉國的官員和將士家屬要予以褒獎和補償，優先分配田地，減免稅賦，有功名者優先補錄入仕；百姓是統治的基礎，也是勞動力和兵員及稅賦的重要來源，要保證有資產者的權益，對於‘無產階級’則要先行賑濟，然後理清情況，合理分配田地，使耕者有其田，居者有其屋。但是趙昺知道這些工作異常繁瑣，絕非數日之功可完成，且當前的形勢也不允許，可姿態是必須要做的。
稅賦是國之根本，趙昺對此十分慎重，畢竟複國之戰剛剛開始，戰爭要持續數年，甚至十數年之多，什麼時候能結束誰也說不清楚。而戰爭的不僅是人力的付出，還需有巨大的財政支持，隻靠沒收敵資、戰場繳獲是無法滿足的。因此他不能，也不敢擅自減免稅賦，自然不能完全恢複舊製，隻能暫時削減些不合理的苛捐雜稅安撫民心，待時局哨穩後與眾臣商議後重新厘定。