女真海盜在很長時間中，一直在海上從事打家劫舍的事業，即使是後來的完顏阿骨打帶領女真人建立了金朝，仍然有不少人選擇投身海上去做海盜。但是隨著蒙古人的崛起，金國滅亡，女真人成了蒙古人的附庸，而這些傳統海盜皆受到了沉重打擊，一時間一蹶不振。
元朝初年確實有一段海軍強盛的時期。由於與南宋的作戰以及滅宋過程中吸納了南宋歸附的水軍，元朝繼承了南宋王朝的海軍優勢。蒙古對高麗武家政權的打擊，以及隨後兩次征日行動，對高麗沿海地區豪強勢力帶來了極大的傷害，因此這些地頭蛇們無力再繼續投資海盜活動。
不過海盜並沒有因此而絕跡，隻是轉入了低潮，而蒙古人的戰爭又使另一股海盜隨之崛起。元王朝對日戰爭使得本來就已經走向衰落的鐮倉幕府財政破產，陷入南北朝時代，大量武士淪為惡黨和浪人，他們出海集結成大批的倭寇，襲擾元朝沿海。大規模的倭寇活動，開始正式在亞洲曆史上出現。
這些倭寇對高麗沿海地區的熟悉，收編了被高麗沿海豪強們拋棄的海盜勢力，至此著名的倭寇開始露出了他們的獠牙與魔爪。照理說，元朝既然繼承了宋朝的水軍優勢，應當能夠有效懲治這些倭寇吧？並沒有！由於元王朝長期處於財政入不敷出的狀態，水軍在與趙昺率領的大宋水軍戰鬥中屢戰屢敗，加之征討安南、占城的戰爭損失慘重，是蒙元無法再重新打造一支強大的海上力量，隻能任由倭寇來去自由。
倭寇的襲擊既見於閩浙，也見於江蘇、山東、河北、遼寧等地，覆蓋整個元王朝沿海，高麗連年都會發生倭寇入侵事件。入侵的倭船少者五十餘艘，多者則達二百餘艘，每到高麗一地，則廬舍盡焚。而漕船也成為倭寇擄掠的主要目標，迫使高麗王朝最後改漕運為陸運。
麵對猖獗的倭寇，蒙元別說當下無力清剿，估計還會覺得挺有用處，甚至會暗中支持。海盜的騷擾讓占領江南的宋朝水軍，不得不在信風季派遣戰船保護海上貿易線，為商船護航，從而牽製了宋軍的兵力，無法通過海上行動對自己內陸腹地采取軍事行動。且他們過去一直重視海貿，如今航線皆被宋軍控製，導致自己無法參與其中，自然更樂於見到海盜們加大對宋朝的侵犯，破壞江南沿海的經濟……
對於盜匪這個古老的職業，趙昺深知其具有頑強的生命力，從古至今就如跗骨之蛆一般伴隨著人類曆史，反正在他穿越來的年代還依然存在，恐怕還會繼續存在到人類消亡。而其的危害性毋容置疑，小的能引發百姓的恐慌，造成社會的不安，財產的損失；若是做大，則可以顛覆一個主權國家，給區域經濟造成損害，甚至危害到國際的安全和經濟發展。
那麼盜匪的危害性早已為世人共知，那麼為何生命力如此頑強呢？答案也很簡單，主要原因就是天災人禍交加，逼得人們吃不上飯，這才相聚為盜幹沒本兒的買賣。而趙昺自知沒有本事解放全人類，實現世界大同，滿足每一個人的需求，建立一個‘路不拾遺，夜不閉戶’的社會，結果就是他無法完全消除匪患，完成這個前無古人後無來者的宏大願望。
既如此趙昺隻能退而求其次，盡力保證自己的一畝三分地兒上少受盜匪的侵擾。而要做到這點，他依然覺得是個任重道遠的任務，且相當讓人頭疼。可這件事情又不能不做，盜匪頻繁侵襲必然會造成百姓的恐慌，攻州掠府殺死官員也是挑戰一個主權國家的底線，而他們在海上貿易線劫掠商船，更是威脅到大宋的經濟命脈，他無論如何也不能容忍。
對於剿匪，趙昺還是有一些經驗的，且自己也曾想入行來著。當年他初入瓊州，就麵臨著嚴重的匪患，他采用招撫並用的方法剿滅了盤踞在瓊州周圍的海匪，收服了兵匪合一的俚民，從而消滅了橫行瓊州附近海域的海盜。
此後隨著宋軍的壯大，水軍更是強盛的不像話，連蒙元水軍都躲著走，海盜們更是望風而逃遠避瓊州。而趙昺還活學活用，轉而利用海盜匪寇和形同盜匪的鹽梟騷擾蒙元占據的閩廣地區，逐步將他們收為己用，終發展成為一支可與元軍抗衡的力量，在收複江南的戰爭中發揮了極大的作用，並被編入宋軍正規軍序列。