珀耳修斯在諸神的指引下來到了灰巫女格賴埃居住的地方。
格賴埃是海之憤怒之神，“百怪之父”福耳庫斯的女兒。她們有三個人，卻隻有一隻眼睛和一顆牙齒，要互相之間商量著輪流使用。珀耳修斯趁她們交換牙齒和眼睛的時候將其搶走，她們隻好哀求他歸還。
珀耳修斯提出條件，隻要她們指出蛇發女妖美杜莎的藏身之處，就把眼睛和牙齒還給她們。格賴埃姐妹隻好如實告知。
可是珀耳修斯得到了這消息，卻說格賴埃是邪惡的生物，不配他履行諾言。他把她們的眼睛和牙齒扔進了湖裏。
湖中的寧芙仙女現身，熱情地歡迎珀耳修斯。仙女說她們跟格賴埃一向不和，很開心看到珀耳修斯替他們出了一口氣。為了表示感謝，她們向珀耳修斯贈送了一堆神器：帶翼的飛鞋，能隱身的狗皮盔，光亮的青銅盾和鋒利的鐵鐮刀。
珀耳修斯將神器穿戴在身上，全副武裝，來到了美杜莎的巢穴。
美杜莎跟兩名戈爾貢女妖住在一起。這兩名戈爾貢女妖，絲西娜和尤瑞艾莉，也是海神福耳庫斯的女兒，所以她們跟神一樣擁有不死之身。但美杜莎，她本是雅典娜神廟中的一名凡人女祭司，因為天生美貌，被海王波塞冬覬覦，波塞冬在雅典娜的神廟裏強奸了她。這種行為玷汙了處女神雅典娜的清名，激怒了雅典娜。雅典娜沒法找波塞冬算賬，就遷怒於美杜莎，把她變成一隻像戈爾貢一樣的蛇發女妖，並詛咒任何看到美杜莎雙眼的人，都會被石化。
美杜莎被放逐，無處容身。絲西娜和尤瑞艾莉同情她的遭遇，將她收留，把她當作妹妹看待。
所以絲西娜和尤瑞艾莉擁有不死之身，但凡人變成的美杜莎卻沒有，她可以被殺死。
珀耳修斯趁三女妖睡覺的時候發起了攻擊。
三女妖的頭上都長滿鱗片，一根根頭發是一條條毒蛇。她們長著獠牙，雙手尖利如爪，背後還有一對金色的翅膀。珀耳修斯本來分不清三女妖中哪個是美杜莎，但雅典娜暗中幫助了他。他知道不能看美杜莎的雙眼，就用光亮的盾牌做鏡子，瞄準美杜莎的脖頸揮下鐮刀，一刀斬下了美杜莎的頭顱。
珀耳修斯還沒收起鐮刀，突然從女妖的殘軀裏跳出一匹背生雙翼的飛馬，後麵又緊跟著一位巨人。它們都是波塞冬的後代。飛馬名為珀伽索斯，後來被長大成人的柏勒洛豐所馴服；巨人名為克律薩俄耳，後來成了聞名世界的大富豪，綽號“黃金之劍”。
美杜莎的死驚醒了姐姐。絲西娜和尤瑞艾莉悲傷而憤怒地展開翅膀，準備追殺凶手。麵對這兩位不死的海神之女，珀耳修斯自知不敵，他戴著能隱身的狗皮盔躲過了追殺。
神王之子，大英雄珀耳修斯就是這樣殺掉了蛇發女妖美杜莎，獲得了美杜莎之首這麼一件大神器。在他之後的冒險中，擁有石化魔力的美杜莎之首大發神威，每當珀耳修斯因為對手太強，或者對方人太多打不過的時候，就祭出這神器，所向披靡。
他從巨鯊口中救下了美麗的公主安德洛墨達，在與安德洛墨達的婚禮上石化了情敵菲紐斯，最後帶著妻子回到家鄉。在因為神諭意外殺掉了外祖父阿克裏西俄斯之後，他繼承了阿克裏西俄斯的王位，成為阿戈斯之王。受眾神眷顧的他，還在阿戈斯西北的群山中建立了偉大的城邦邁錫尼，成為流芳百世的大英雄。