劉裕入主建康的首要任務不是追擊桓玄，而是鞏固自己在建康的地位，畢竟桓玄大勢已去，不可能再有東山再起的機會，抓著了，是錦上添花，抓不著，也無傷大雅。
而且衛風擺明了是要奪取荊江二州，雖然劉裕很不樂意上遊掌握在衛風手裏，但人家有實力，大破魏軍也令劉裕心存忌憚，因此他並不願意在陣腳未穩時過早與衛風發生衝突，更何況放走桓玄也不是一點用都沒有，桓氏在荊襄經營數十年，衛風想得到荊州，總不能輕輕鬆鬆，說不定還能磕掉大門牙呢！
桓玄主政時，事無巨細，親曆親為，追求完美，自然也要求臣下不得有一絲缺陷，在給他的奏章中，即便是發現一個錯別字，最起碼也要罷官撤職，根本談不上量才錄用，而劉裕一改桓玄弊端，他不幹涉政令革新，秉承用人不疑，疑人不用的指導方針，並把政事完全托付給了劉穆之，除此之外，還一力籠絡高門甲族。
籠綴高門甲族離不開王謝，對於衛風倚重的王凝之與謝混一係，劉裕隻維持著表麵上的客氣，因為他清楚在衛風垮台之前，這二係不可能為他所用，關鍵是衛風與這兩係糾纏的太深了，謝混把兩個寶貝女兒都許給了衛風，劉裕還能如何？
劉裕重用的是王導的直係，即曾給桓玄奉上璽綬的王謐，王謐當初也曾救過他一命，另一係則是謝重。即與謝混、謝道韞不大對眼的謝氏旁支，並把年僅十四歲的謝晦任為了孟昶的中兵參軍。
隻不過，劉裕雖無心追擊桓玄，劉毅卻立功心切，在劉裕入主建康的第十天，即五月十日，劉毅找到了劉裕，說道：“德輿兄，如今建康初定，但桓玄仍未伏誅。故毅請領水軍攻打桓玄。必將生擒此獠，迎主上回鎮建康！”
“這”劉裕有了片刻的遲疑，隻是拿不出正當的理由拒絕，在看了看劉穆之。劉穆之略一點頭之後。便道：“好。既然希樂有心，就讓無忌隨你同去，你若取下荊江。二州刺史可擇其一！”
劉毅心頭大喜，鄭重施了一禮：“請德輿兄放心便是，毅這就去做準備，爭取十日內啟行。”說完，疾步向外走去。
目送著劉毅的背影漸漸遠離，劉穆之捋須微微笑道：“將軍，劉毅自視頗高，將來或有可能與您生出爭端，讓他去上遊，與衛將軍爭奪荊江二州倒也不錯，劉毅雖未必是衛將軍敵手，卻可使我北府軍與衛將軍結下仇怨，若是劉毅被衛將斬落馬下，嗬嗬~~至少可以抵消掉衛將軍對京口的援手之德啊！”
“哈哈哈哈~~”劉裕禁不住的捋須長笑！
劉毅與何無忌於十日後領水軍萬人追擊桓玄，而桓玄在荊州還是有些根基的，竟然也糾集了近五萬的水軍反撲劉毅，他害怕的隻是衛風與劉裕，對於劉毅還未放在眼裏，兩軍於崢嶸洲（今湖北黃岡西北長江中的沙洲）相遇。
放眼望去，桓玄一方有近千條船，還有數條樓船，而北府軍由於原來的水軍已被打散，同時水軍不像步卒那般說召集就能召集，最起碼水手要一個個的找來，船隻也要一艘艘調集，所以劉毅才需要花費十天的時間。
可縱是如此，也隻收集到百來艘艨艟鬥艦，人數隻有萬人，麵對著對麵那浩浩蕩蕩的艦隊，劉毅的心裏有些發怵，遲遲沒法下達進攻的命令。
何無忌不禁冷冷笑道：“希樂，桓玄虛有其表，此人誌大才疏，膽怯如雞，烏合雖眾，不足一掃，你看，他在大艦旁係有小舟，已便敗時逃循，如此怯弱，三軍誰肯用命？兩軍決戰，勝負之間，盡在主將雄怯與否，漢光武破昆陽，魏武克官渡，皆是以寡製眾，彼能行之，你我何不可？”
劉毅細細一看，果然如此，於是放下心來，大喝道：“今日便是我等大破桓玄之機，檑鼓！”
當時的水軍戰法主要有三種，一是戰船衝撞，利用已方堅船衝擊敵舟要害部位，如劃過舷側斷其長楫，衝撞船尾破其舵室，或攔腰撞其鬥樓，毀其弩窗、矛穴，使敵船喪失部分戰力，二是當狹路相交，舟楫相逢時，須以樓船士跳幫接舷作戰，三則為火攻，但火攻不可輕用，須與天時地利緊密結合起來。
而且水軍的軍紀極為嚴苛，甚至連騎兵都遠遠及不上，因為水戰動輒舟楫數千，稍有不慎便會引發混亂，所以軍士、船工、舵手須分工明確，各就其位，戰船行進調度須有嚴格規定管理。
檑鼓一通，吏士皆嚴，檑鼓二通，伍什皆就船整持櫓棹，軍士各持兵器就船，各當其所，幢帆旗鼓各隨將所載船，鼓三通鳴，大小戰船以次發，左不得至右，右不得至左，前後不得易，違令者斬！