雖然隨著天津秩序的恢複，穿越者也允許天津新區內教堂重新開業,並組織宗教活動，但對教堂進行了嚴格的限製，所有傳教士的活動區域隻限於天津新區內，而禁止到農村和老城區活動，就是在天津新區內，也禁止傳教士在穿越者下設的工廠，學校等機構內傳教，如紫竹林教堂改成了希望學校，雖然沒有把紫竹林教堂的傳教士都趕走，但紫竹林教堂的宗教活動完全停止，包括本教堂的傳教士們要做彌撒都隻能到其他教堂去。
當然，在一開始的時間，還真有幾個傳教士不信邪，偷偷的溜出天津新區到農村去傳教，不過十有七八都沒有回來，後來根據有到開平煤礦從事技術工作回來的外國人說，在礦區看到幾個有些麵熟的人，隻不過一身破爛身份，滿臉塵土，認不太清楚。因此從此以後傳教士們也都老實的呆在天津新區裏，不敢再跨出新區一步。
但在天津新區公共場合的傳教活動，也必須提前申請，時間、區域、行為都在嚴格的限製規定，因此整個天津的教會幾乎是停滯狀態。
不過在穿越者中，到是有一些基督教的教徒，由其是住在客滾船上的無職者，到天津新區遊玩時，大多都喜歡到教堂裏去看一看，雖然都是懷著參觀名勝古跡的心情，但順隨也一起做做禮拜，跟著唱唱讚美詩什麼的，反正閑著也是閑著。
其實大部份參加禮拜的穿越者對教會並沒有什麼敬畏之心，這和進廟就燒香是一個道理，反正禮多神也不會怪罪。當然某些人也懷著不良的目地--看能不能勾引幾個修女，神父和修女之間的那點事，往往更吸引人一些。
而傳教士們並不知道穿越者的真實想法，但見到穿越者中居然也有主的信徒，傳教士們自然是大喜過望，看來主的光輝果然普照全球，於是極力向穿越者中的基督教信徒傳播主的慈愛與恩德，希望在穿越者當中擴大基督教的影響，當然也有一些傳教士是打探穿越者情報的意圖。
不得不說洋和尚們對忽悠還是頗有些道道，並不弱於本山大叔，加上這些穿越者們確實無所事事，抱著聽聽也無所謂的態度，因此被洋和尚們左忽悠，右忽悠，還有些穿越者到真被忽悠得找不到北了，有幾人甚致接受了教會的洗禮，成為正式教徒，並定期參加禮拜、彌撒活動，好在是穿越者們還是有些自知之明，並沒有透露自己是從未來世界來的人。
有些傳教士則希望通過這些穿越者去影響執委會，解除或是放寬對教會的限製。但有兩名傳教士大著膽子拉著幾名穿越者一起離開天津新區，到農村去傳教。而這幾名穿越者也不知是真被洋和尚忽悠瘸了，還是本身頭腦就有些不清楚，居然一口答應下，有一個還拍著胸脯保證，跟著他們出天津新區，絕對沒事。
那知傳教士想把穿越者當作自己的擋箭牌，但他們離開天津新區以後，還是被警察發現，全部都被抓了回來。而公安部得知以後，大為震怒，結果兩名傳教士被扔到開平煤礦去挖煤，他們所在的教堂也遭到查封，而那幾名穿越者則被公安部嚴厲的批評教育了一頓，遣回客滾船去，禁止他們再來天津新區活動。
但這一情況也引起了公安部的高度重視，看來帝國主義見用武力擊敗不了穿越者，居然打算用宗教來密惑腐蝕穿越者，因此必須采取措施，要麼幹脆取締所有教會，要麼就對教會進行更加嚴格管理。
而經過執委會的討論之後認為，在目前來說取締所有的教會並不適合，雖然義和團運動的起因是教民衝突，但並不是所有的中國人都反對教會，畢竟教會在中國傳教己有六十餘年，也發展了一批信徒，由其是在城市中，有相當的基礎，由其是在紳仕階層，中頗有影響力。雖然紳仕階層信教的原因複雜，有人是傾向西化，有人則是為求庇佑，有人是為方便與洋人打交通，但也確實形成了一個頗有勢力的信教人群。在城市裏的教民衝突其實並不深。而教民之間的矛盾大部份都是在農村中發生的。在義和團圍攻教堂的戰鬥中，有不少中國教民站在教會這一邊，與義和團為敵。因此冒然取消基督教會，容易再次引發大規模的衝突與分裂。
另外基督教會現在己是一個世界性的宗教，盡管現在不是中世紀，教會己經沒有幹涉政治的權力，但在世界各國，由其是在歐州，教會在各國依然還是有不小的影響力，穿越者要建立的是一個開放、包容的現代仕國家，也並不打算與全世界為敵，而且在穿越者中也有不少人，由其是女元老盡管不是真正的信徒，但對教會還是有相當好感，因此元老集團也不可能再釆極端的宗教政策。