袁世凱發到青島的電報措辭十分謙恭, 稱自己對穿越者決無冒犯之意，而孫仲奎、萬坤等人是私自行動，自已實在不知，不過也犯有失查之過，現在已將孫仲奎、萬坤等人正法槍決，而對海外華人造成的損失，願意賠償10萬兩白銀為補償，並保證以後決不會再發生類似的事情。
與此同時，李鴻章也給穿越者發電，替袁世凱分解，並希望穿越者不要再繼續追究袁世凱的責任，並確保袁世凱以後會全麵配合穿越者，完成交接山東的各項工作，並表示在與俄國的談判結束以後，自己會和袁世凱一起訪問天津，協商清廷回歸北京，以及山東地區的交割事務。
經過了近三個月的拉據談判之後，李鴻章和俄國駐上海總領事P.A.德米特裏耶夫就俄國從東北三省撤軍的各項事宜大體達成了一致的協議。
其實這時在俄國國內，對遠東地區，主要是對中國東北地區的處理方式，大體己經形成了兩派，一派是以禦前大臣亞曆山大?別佐勃拉佐夫、內務大臣維亞切斯拉夫?普列維、海軍元帥，皇叔阿列謝克塞耶夫、前禦前大臣亞曆山大*米哈依洛維奇大公、貴族、沃龍佐夫*達什科夫伯爵，富商馮利亞爾利亞爾斯基等人為代表。這些人基本都是俄國的貴族出身，或是與皇室有血緣關係，主張對中國、日本釆取強硬態度，不惜動以武力奪取中國東北地區，根本不用在意各國的態度。
另一派是以財務大臣謝爾蓋*維特為主，包括有外交大臣拉姆斯多夫、駐朝公使巴浦洛夫、駐日公使羅仙、以及下任駐華公使雷薩爾等人，這些人基本都是俄國的外交人員，甴於他們受過較為良好的教育，而且長時間和其他各國接觸，因此這些人的閱曆、見識，對世界大勢的把握，都要比國內其他大臣清醒得多，認為現在的國際競爭，純武力征服己是比較低級的手段，而高級手段則是通過外交、經濟、政治、文化等綜合手段來達到目地，保證本國的利益最大化，武力主要是作為威攝手段，而且不到萬不得己，不要輕易的發動戰爭。
而遠東地區，由其是中國東北地區牽扯到多方麵的利益，各國是不會允許俄國輕易的吞並中國東北地區，如果俄國強行武力占領，隻會讓俄國被其他各國孤立陷入被動，因此釆取與清國的策略，爭取到中國東北居民的好感，並且獲得一些在中國東北地區的商業利益，然後以經濟手段為前導，輔以政治、文化、外交等綜合手段，逐步向中國東北地區的扶植親俄勢力，等時機成熟之後，中國東北地區也就水到渠成的變成了俄國的領土。
俄國沙皇則是在這兩派之間左右搖擺不定，最初是讚同維特一派的主張，甲午之後，俄法德弄出一個“三國幹涉還遼事件” 確實贏得了不少中國人的好感，在清廷力主聯俄抗日的大臣有不少，在這種情緒下，1896年李鴻章訪俄期間，與俄國簽定的【中俄密約】，就是維特一力推動的結果。
但到了1900年，清廷發生義和團運動，沙皇認為清國將會就此陷入分裂，於是改變了主意，決定趁著中國內亂之際，以武力強占中國東北地區。結果俄國雖然確實占領了中國東北地區，但卻引發了與各國的緊張關糸，由其是海外華人橫空出世，先是擊敗八國聯軍，又在山海關一戰中，大敗俄軍，後來甚致和日本舉行海上聯合演習，大有雙方聯手對抗俄國的勢頭。
這一來俄軍也感受到了沉重的壓力，在遠東地區的兵力嚴重不足、後勤物資的供應也十分不利，而海上則更為被動，製海權盡失，如果海外華人真的和日本聯手發動戰爭，至少當前的局勢對俄國相當不利。在這種情況下，俄國又改用維特一派的主張，和清廷進行談判。
不過俄國在談判中提出了許多無理的要求，向李鴻章提出，退軍可以，但要求清廷對東北地區的官員任免必須和俄國協商；清廷在東北進行的任何貸款隻能在俄國的華俄道勝銀行進行；東北的任何鐵路或工業租借權未經俄國同意，不得讓與其他各國等等。企圖壟斷東北金融和一切租借權。
但這次李鴻章的背後有海外華人和英美日等各國撐腰，底氣也足了，難得的強硬了一回，對俄方提出的這些要求全部拒絕，談判一度陷入僵局。不過這次俄方確實沒有什麼強硬的籌碼，因此在李鴻章的強硬拒絕，不惜以談判破裂相要挾，也不得不做出了讓步。
最終雙方簽定了【清俄交收東三省條約】，大體的內容有四條：