3月1 0日，曰本陸軍由近衛師團、第2師團和第12師團組成的第1軍，正式進駐朝鮮半島，在鴨綠江西方大洋河口的大孤山實施登陸，然後直指奉天。而準備以第9、10、11師團組成第2軍，在大連灣登陸，進攻旅順。並計劃將司令部設在大同江口的鎮南浦。
同日，日本政府向華東政府發出外交函，向華東政府救援了2 9名日本士兵表示感謝，並且通知華東政府，希望將原定於3月份協商雙方合作對俄作戰推移到4月份，因此現在日本的軍令部都在為日俄戰爭忙碌，實在是抽不出時間來，當然日本也再三的道歉。華東政府到也通情達禮，表示了理解，同意日本推遲協商的時間。
原來日本是希望在第二次閉塞作戰之後再舉行這次協商，如果第二次閉塞作戰取得成功，那麼日本將會在協商中取得較大的主動權。另外現在俄國遠東艦隊海參崴分艦隊也開始出擊，破壞日本的海上交通線，己擊沉了兩艘商船，海參崴分艦隊的主力是兩艘大型裝甲巡洋艦：留裏克號、格羅姆鮑伊號；大型防護巡洋艦壯士號，而現在聯合艦隊要全力對付太平洋艦隊，分不出兵力在對付海參崴分艦隊，因此第二次閉塞作戰也成為戰爭進行關建。
聯合艦隊經過了認真的準備，這一次動的船隻有4艘，為千代丸、副井丸、米山丸、彌彥丸，比第一次還要少1艘， 因為秋山真之和其他參謀們商議之後，認為有了第一次閉塞作戰的經驗，而且己有一艘船沉在預定的地點，隻需要再有二艘船沉在預定地點，也就足夠阻塞住航道了，因此第二次閉塞作戰的難度應該不大，4艘船就足夠了，畢竟隻要有50％的成功率就行。而參加閉塞作戰軍官，有閉塞作戰計劃的俱體策劃者有馬良橘、還有上一次唯一個將船沉在預定地點的廣瀨武夫，聯合艦隊上下對都這一次作戰都充滿了信心。
東鄉平八郎於3月23日下達了進行第二次閉塞作戰的命令，聯合艦隊於3月26日淩晨2點30分從仁川港出發，再次向旅順港駛去，於下午6點到達円島東南25海裏處，閉塞船隊於27日淩晨1點到達老鐵山南方。
不過這一次閉塞作戰從一開始就遭遇不利，船隊還沒接近旅順外港，就被俄軍海岸探照燈發現，岸上炮台開始猛烈炮擊。
原來新任的太平洋艦隊司令官馬卡洛夫己在3月8日到達旅順上任，雖然馬卡洛夫接手的是一個爛攤子，但上任了不到20天，馬卡諾夫卻展現出了名將的素質，首先迅速罷免了一批無能的軍官，將一批年輕有為的軍官迅速提拔到關鍵崗位。又提高了普通士兵和岸上碼頭工人的待遇，因此傷損軍艦的修複速度也明顯加快；而在戰術上，馬卡諾夫加強了太平洋艦隊的行動，改變原來的拖船使用辦法，使得艦隊出港時間從12個小時縮短到3個小時，並且在遼東半島沿海地區布雷，幹涉日本艦隊的行動，又經常派遣艦隊出海活動，一麵偵察敵情，一麵也是以攻代守；同時又電令海參崴分艦隊出擊，襲擾日軍海上交通線。
而且馬卡洛夫的工作不僅僅局限於海軍，還協助海岸炮兵完善了火炮控製係統，在黃金山的山頂設置了信號杆，組織海軍和陸軍進行協同訓練等等。可以說在不到2 0天的時間裏，馬卡洛夫做完了他的前任在幾年時間都沒有完成的工作。並且使整個旅順港內的俄軍都渙然一新，軍心士兵都有了相當的提升。
這幾天日本軍艦加強了對旅順港的偵察，馬卡洛夫也意識到日本在近日內很可能又會進行閉塞作戰，於是也在旅順港內作好了充份的迎戰準備。先是下令將汽輪海拉爾號、哈爾濱號沉沒在港外老虎尾半島中部的東海岸，阻礙日本船隊的行動路線，又安排驅逐艦定期在港外巡邏，並注意隱蔽，如果遭遇敵艦，在有可能的情況下可以實施偷襲，並在外港又布置軍艦守衛。
閉塞艦隊到達旅順港附近時，俄艦隊由炮艦波布爾號、阿茨瓦吉涅號擔任警戒任務，驅逐艦希爾涅號、萊西特裏涅號駐守外港，隨時待命出動。因此閉塞艦隊接近旅順港時，遭到兩岸炮台和港內軍艦的聯合炮擊。
結果前後僅20多分鍾，4艘閉塞船就全部被擊沉或是被迫自爆沉沒，但卻沒有一艘突進到旅順外港，更不用說是閉塞航道了。