5月25日，明治天皇下令，任命乃木希典中將為第3軍司令，出征遼東，負責進攻旅順戰役，因為就在10年以前的甲午戰爭中，正是當時還是旅團長的乃木希典率軍在遼東半島花園口登陸，攻克金州，占領大連灣炮台，之後又占領旅順，並縱容日軍造成了旅順大屠殺，死難者達2萬餘人。
甲午戰爭之後，乃木希典還擔任一屆台灣總督，後來就一直處於休職狀態，而現在日本再次啟乃木希典，並還讓他負責進攻旅順，當然是希望借他曾經攻占過旅順的這個彩頭。
6月1日，乃木希典從日本出發，而就在前一天，乃木希典收到了從東京家裏轉來的信，得知長子乃木勝典己戰死金州城的消息，而這時次子乃木保典也遼東前線作戰，因此乃木希典買了三口棺材隨行，以示與二子一道戰死，以報效天皇，報效日本的決心。
6月6日，乃木希典在鹽大澳上陸，同時接到自己晉升的電報。原來就在當天，陸軍侍從武官岡澤精、近衛師團長長穀川好道、第2師團長西寬二郎、參謀次長兒玉源太郎、聯合艦隊司令東鄉平八郎、海相山本權兵衛以及乃木希典共7人，同時晉升為大將（上將）。
而就在前一天，俄國遠東司令官庫羅帕特金下令，命西伯利亞第1軍和第35師第2旅向得利寺集結，第3師向海城、營口、蓋平推進。救援旅順。日軍由第3軍負責包圍旅順，第2軍北上迎擊俄軍，雙方在6月14日在得利寺遭遇，展開激戰，6月15日，俄軍戰敗撤離。而日軍一時也無力再北進，因此雙方暫時對持起來。
6月20日，日軍成立“滿洲軍總司令部”，以大山岩陸軍元帥任總司令統一指揮各部日軍。而在此之前，華東政府催促日本確定再次舉行協商，被日本政府借故推遲了。
但就在這時，俄國的海參崴分艦隊再度出擊，海參崴分艦隊司令耶森少將率領裝甲巡洋艦格羅姆鮑伊號、留裏克號，防護巡洋艦波卡茨裏號、萊納號，魚雷快艇10艘南下，竟然一直穿過了對馬海峽，6月15日在下關附近擊沉貨船和泉丸號，又在對馬海峽附近擊沉了運兵船常陸丸號，船上1215名日本官兵葬身海底。而為防止被俘，大隊長須知中佐等人在焚燒軍旗後剖腹自殺，而損失了送往旅順前線的18門280毫米攻城重炮。隨後又擊傷了佐渡丸號。等第2戰隊趕到附近海域時，俄艦早己全無蹤影，而海麵的硝煙肖未散去，漂浮著無數死屍。
而己經取得了重大戰果的海參崴分艦隊並未回港，而是貼著本州島西海岸北上，6月16日，又在島根半島附近俘虜了一艘英國運煤船阿蘭頓號，又擊沉了安靜丸號、八幡丸號，俘虜了博通丸號，洗劫了寶德丸號、巴港丸號、新湊丸號、第9運礦丸號等小型船舶，然後才於19日回到海參崴。
這次海參崴分艦隊共計擊沉了4艘艦，俘虜2艘，洗劫4搜，日本共計損失船舶3.6萬餘噸，死傷2500餘人。而日本政府也隱瞞不了這一次的損失，因此國內頓時輿論大嘩，紛紛批抨海軍未能盡責，才導致運輸船受到俄艦的攻擊，而第2戰隊的司令上村彥之丞成為民眾們發泄怒火的對像，私邸被暴怒的民眾搗毀。
就在這時，歐洲那邊又傳來消息，原來俄國打算從波羅地海艦隊調到遠東來，增加遠東艦隊的實力。如果波羅地海艦隊真的到達遠東，和太平洋艦隊彙合，那麼俄國海軍的實力將遠淩駕於聯合艦隊之上，畢竟聯合艦隊己經損失了兩艘戰列艦。
雖然在開戰之前，日本己在英國定製了兩艘更為強大的戰列艦香取號、鹿島號，但這兩艘軍艦要到1906年中期才能完工，遠水解不了近渴。
而這時日本政府才意識到，這場戰爭可沒有那麼容易，雖然現在日本還占有一定的優勢，但這種優勢並不穩固，隨時都有可能翻盤，因此在這個時候還不能完全拒絕華東政府。
果然，就在這時，華東政府向日本表示了嚴正的抗議，認為日本完全是在有意推托，沒有合作的誠意，因此拒絕再向日本提供物資。
日本政府趕忙進行協商，認為現在雖然還不能完全拒絕華東政府，但暫時在戰場確實是占有一定的優勢，到也用不著華東政府出兵，而且這樣拖著也不是辦法，不如和華東政府說清楚。於是日本政府通過青島領事館向華東政府解釋，不是日本有意推托，而是因為現在的戰事太忙，抽不出時間來。並且向華東政府提議，現在的戰爭局勢，日本尚可支持，到也不用華東政府立刻參戰，不如華東政府暫時不參戰，而是全力準備，等到1905年，準備充份了之後再出兵參戰，那時華東政府也能夠確定能夠投入的兵力，這樣雙方也好協商俱體的作合方式。同時也希望華東政府能夠繼續提供物資。