俄國艦隊從金蘭灣出發，意味著暫停了約2個多月的戰爭又將展開，而且由於這次有了華東政府的介入，使得戰局也變化更為複雜。
華東政府和俄國都充份的利用這段暫停的時間，為下一步的戰爭做好了充份的準備，而做為日俄戰爭的另一個當事國日本，也同樣沒有閑著。
早早收兵回國的聯合艦隊首先經過了3個月的修整，軍艦都進行維修保養，恢複正常的性能，而水兵輪流休假以養精蓄銳。在2月份的時候，聯合艦隊全軍集結，以俄國第二太平洋艦隊為目標，展開了緊張的訓練演習，重點在於炮術的訓練，因為在第一階段的戰鬥中，聯合艦隊暴露出來的最大問題是命中率太低，在炮戰中僅僅隻擊沉了一艘裝甲巡洋艦，因此炮術訓練變得愈發嚴酷。
東鄉平八郎提出了一個著名的練兵宗旨——“百發百中的一門大炮要勝過一百門百發一中的大炮”。並且在聯合艦隊中實行月月火水木金金訓練。原來在日語裏從星期日到星期日六分別稱為日耀日、月曜日、火曜日、水曜日、木曜日、金曜日、土曜日。日耀日和土曜日就是星期日和星期六，而月月火水木金金，就是沒有日耀日和土曜日，也就是沒有了星期日和星期六，一周七天沒有休息，全都進行訓練。而每天的炮術訓練達5個小時，僅實彈演習就安排了八次，而這樣瘋狂的訓練，使得所消耗的炮彈已經超過了日本國內炮彈儲備的半數。
而在陸軍方麵，日本在遼東半島投入的兵力超過50萬，其中作戰部隊達3 5萬左右，布置在沈陽一線與俄軍對持的軍隊達2 0萬，布置在遼河東岸防備人民軍進攻的兵力約為7萬，旅順的守軍為3萬餘人，其餘的兵力則分布在遼陽、鐵嶺等幾個關建節點上，而在朝鮮半島上還有約10軍隊做為後備兵力。因此盡從兵力上說，日本投入的兵力絲毫也不弱於俄國和華東政府，不過由於地理位置的劣勢，使得日本有些被動，在北西兩線均隻能選擇守勢。
不過就在俄國艦隊離開金蘭灣的第二天，明治天皇招集元老伊藤博文、井上馨，首相桂太郎、外相小村壽太郎、藏相鬆方正義、陸軍大臣寺內正義、陸軍部參謀總長山縣有朋、海軍大臣山本權兵衛、海軍軍令部長伊東佑亨等文武大臣聚議，討論下一階段戰爭的策略。
而這樣的軍政陣容，隻有在日俄戰爭開戰之前的禦前會議才有過。打到這個時候，日俄戰爭開戰己有15個月了，盡管日本不斷在戰場上取勝，但俄國卻是始終打不死，而且還在向遠東地區不斷的集結軍隊、艦隊，而戰爭進行到這一步，日本的戰爭潛力己經被耗得差不多了，因此從表麵上日本的形式雖然是一片大好，但內囊裏卻是己經空了，隻要是稍有閃失，日本必然是兵敗如山倒，全麵的崩盤。
明治天皇對日本的情況自然是十分清楚，因此日本越是在戰場上取勝，明治天皇反而心裏越是沒有底，由其是日本和華東政府惡交，人民軍進駐遼西，明治天皇就更是越想越沒把握，心裏也越慌，生怕聽到日軍遭到人民軍和俄國夾擊的消息，有幾次都被日本戰敗的惡夢驚醒過耒。
在戰爭將要重新展開之際，明治天皇也終於沉不住氣了，於是招集大臣們，聽一聽他們對下一步戰爭的意見，當然明治天皇心裏也十分清楚，戰爭進行到了這一步，日本是絕對停不下來的，隻能硬著頭皮打下去，要麼打贏上天堂，要麼打輸下地獄，沒有第三條路，而明治天皇招集大臣，其實隻是想從大臣們聽到一些日本必勝的理由，好讓自己心裏能稍稍安定一些。
明治天皇首先道：“俄國艦隊已經從金蘭灣出發了，大約在20天以後到達黃海海域，不知我們的海軍準備的怎麼樣了，有沒有勝算？”
山本權兵衛道：“請陛下放心，陛下的艦隊還有將士們都己經做好了充份的準備，隻等俄國艦隊到達黃海，必然會給他們迎頭痛擊。天佑日本，我們一定會取得勝利的。”
伊東佑亨也道：“是啊，俄國艦隊是遠道而去，耗時6個多月，航行了2萬6千餘裏，軍艦的摩損必然十分嚴重，而人員也身心疲憊，1 0成戰鬥力，最多隻能發揮出5、6成；而聯合艦隊己經修整了半年多的時間，軍艦都己經得到了維修保養，軍艦的性能己完全恢複，而士兵也得到了充份的休息，因此我們是以逸待勞，這一戰必然會擊敗俄國艦隊的。”