經過幾次商討，內閣與兵部、海關署理衙門等職能部門草擬了一些應對方法，他們的應對方法不過就是驅除在華的一切傳教士，然後嚴令沿海各地，要求他們不得放一個傳教士上岸。【舞若小說網首發】
當然這些應對措施遭到在欽天監工作的外國人的反對，禮部的徐光啟也強烈反對這些應歸措施。而崇禎皇帝也不滿內閣搞出的這些應對措施，做事不能因噎廢食，不能說傳教士之中都是壞人。
就西方傳教士的問題，如徐光啟等人主張，不能因為傳教士中幾個害群之馬就禁止西方傳教士來華，隻要當地官員嚴格監管，就會減少、製止這些心懷叵測的傳教士的行動，朝廷不必因此煩惱。
但是大部分的大臣都比較讚同內閣的主張，因為現在朝廷即將對呂宋動兵，而這些西方傳教士前來刺探軍情，如果這種情形在這麼繼續下去的話，朝廷出兵的消息就會泄露，大軍遠征就會遇到更大的困難。
在崇禎皇帝看來，嚴禁西方傳教士來華傳教這點不好，但是就這麼放任西方傳教士來話亂竄，也是不行的，因為西方殖民者就是一手拿著火槍，一首拿著聖經，征服美洲大陸的，朝廷不得不防。
朝廷上政變激烈，兩派各不相讓。而地方上的一些大員也紛紛上奏，他們大多數的人都傾向於內閣的應對措施。因為在這些地方大員看來，這些西方傳教士給他們帶來了太多的麻煩。
本來這些地方上的行政官員就有很多的事情要處理，而這些西方傳教士來到地方之後，因為一些原因時常與當地民發生衝突，這讓地方官員不勝其煩，他們早就對西方傳教士一肚子的火，他們巴不得早點名正言順的驅除這些討厭的傳教士。
所以像徐光啟等官員感覺獨木難支，但是徐光啟等官員又不甘心眼看著朝廷下令驅除這些來華傳教的西方人，所以徐光啟趁著講筵以及一些其他俄什麼時間，在崇禎皇帝麵前為西方傳教士說了不少的好話。
當然還有一些大臣，不比如說向溫體仁之流，他們看到崇禎皇帝雖然不喜西方的傳教士，但是他們又通過一些渠道了解到崇禎皇帝又不想對西方傳教士趕盡殺絕，再有就是他們還想拉攏向徐光啟等一些大臣，於是他們又想出來一些其他的辦法。
溫體仁等大臣聯名上奏朝廷，如果不分青紅皂白的，就將全部的西方化傳教士驅除出去，那就顯得朝廷有些小家子氣了，但是放任這些宵小肆意刺探我軍虛實也是不行的，於是微臣等就想了一些辦法，那就是成立一個專門的衙門來監管這些西方傳教士。
溫體仁等大臣的政策在朝廷之中掀起了一絲波瀾，眾多大臣，連東林之中的錢謙益等人也不得不讚歎他們的所謂所謂“政敵”太圓滑了，這些政策誰也不得罪，既照顧了徐光啟等大臣，有順了皇上的意思。
再說成立新的衙門，是很多朝臣巴不得事情，城裏新衙門，就意味著官僚隊伍要擴充了，擴充官僚隊伍就意味著可以使用一些手段，將自己的學生、親朋拉入到官場之中；也可以將自己黨拉到高位，成為自己的依仗。
所以眾多的朝臣都非常讚同溫體仁等朝臣的建議，當然了，也不是沒有反對的聲音，錢謙益等一些東林大臣就比較反對這項政策，他們說，為了西方的傳教士而專門成立一個衙門，這真是曠古未有，根本就是不合時宜。
但是支持溫體仁等人大臣說道：成立這樣一個衙門，不僅可以監管西方傳教士，也可以對其他的一些宗教進行監管，要知道，朝廷對一些邪教是深惡痛絕的，但是這些邪教就像野草一樣，野火燒不盡，春風吹又生。弄得朝廷不厭其煩。
成立一個專門管理宗教的衙門，這是一個很誘人的想法，但是如果要是成立這樣一個衙門，會不會與其他的一些衙門發生職權衝突，這是朝臣們要考慮的一個問題，畢竟朝臣們可不想失去權利。
權利是多麼好的一件東西，有的人想方設法的想要得到權利，但是一旦別人想要剝奪他的權力的時候，他更是會拚盡了全力要維護自己的權利，當初成立海關署理衙門的時候，剝奪了沿海各省布政使的部分權利。
這讓沿海各省布政使大為光火，說不上仇視，但是這些布政使們從來不給海關署理衙門的人好臉色看，而雙方之間的暗鬥一天也沒有平息，所以朝臣們對新成立一個衙門，雖然很讚同，但也有很多的擔心。
崇禎皇帝很讚同這項措施，這樣做的話能在很大程度上管理那些西方的傳教士，而這樣一個衙門，還能很有效的管理宗教，這為以後朝廷是否能十分有效的管理蒙古以及青藏地區有十分積極的作用。
於是崇禎皇帝表示，朝臣們可以對這項政策進行可行性的探討，朝臣們看到崇禎皇帝這是有些動心了，所以一個個都十分的積極開始了討論，而內閣也是十分傾向於這項建議的，所以可以說新部門的成立這件事，是十有八九的，所以很多朝臣的心思開始活絡起來了。