吳啟哲離開了《神奇女俠》世界，開始了新世界的旅程。
當他從時空之門走出來的時候，掃了一眼周圍的壞境，竟然是一間廁所。
好吧，係統也太不給麵子了，讓他在一間廁所裏麵出現。
走到水槽邊上放水洗手，看到鏡子裏的自己竟然年輕了許多，雖然早已經可以做到長生不老，但鏡子裏的自己卻多了幾分青澀少年的感覺，雖然還是一樣的俊朗帥氣，稍微自戀一下。
吳啟哲走出廁所，外麵竟然是走廊，來往都是少年學生，有男有女，心中了然，自己竟然來到了校園，他自己的身份已經呼之欲出，肯定是這所學校的學生。
吳啟哲拿出係統查看了一下，自己竟然來到了《新世紀福音戰士》，一個機甲的世界，一個以使徒為主的世界。
在《新世紀福音戰士》中的使徒指類似人類而又優於人類的生命體。它們是由分散到世界個地的神的能源，經過14年的時間而產生的。作為人類的敵人，持有超科學的特殊能力與眾多無法解開的謎，其外形由巨人型，魚型，正八麵體等無一相同。所有使徒都以第三新東京市為侵略的目標，因為那裏有亞當的分身莉莉斯，當它們再度融合就會發生第三次浩劫。使徒的周身籠罩著“絕對領域”，現代化兵器無法傷它分毫。特別是它們的自我修複能力與自我增殖機能，使人類一切的戰鬥防禦設施望塵莫及。使徒的固有波形信號呈藍色，其物質構成與人類的遺傳因子構成有 99.89%酷似的地方。唯一的弱點，可能是作為動力源的紅色球體S^2機關，一旦破壞，使徒的行動中止。此紅色球體有時在使徒體外，有時隱匿於體內，也有分離的記錄。根據前後順序使徒共分17位，各自以聖經天使的名字為它們命名。
而福音戰士的通篇，又在圍繞人類補完計劃展開，雖然這個計劃聽上去就很扯淡。
關於“人類補完計劃”及其內容，一直是福音戰士動漫迷們爭論的焦點，因為這個“計劃”是整個故事的基礎環節。然而，在動畫片中卻始終沒有給出明確的答案。比較通行的觀點是：人類（無論是肉體還是心靈）都是由脆弱的物質構成的，所以也就非常容易受到傷害，而在人與人之間，心靈的世界是彼此隔絕的，要使人類向更高的領域進化，就必須使人的心靈擺脫軀體的束縛，重新回到人類的誕生之地“莉莉絲之卵”中。唯有如此，才能最終拆除人與人之間的心靈屏障，使不同的心靈世界能夠相互補充，走向進化的終點——成為永生的“神”。人類補完計劃就是為了實現這個神聖目的而創立的。
另一種觀點認為：《聖經》中記述了伊甸園裏有著被稱為“智慧之樹”和“生命之樹”的樹木。因為受到化身為蛇的魅惑天使的誘惑，亞當和夏娃偷吃了被視為禁忌的“智慧之果”，從而擁有了神才有的智慧和“羞恥之心”。神害怕他們再偷吃“生命之果”而獲得永生。因此將亞當和夏娃趕出了伊甸園。並命令智天使（Cherubim），手持懸垂之劍，把守伊甸園的大門（Heaven’s Door）。“人類補完計劃”的最終目的是打敗把守大門的天使，取得“生命之果”，使人類得到永恒的生命，所以又有“邁向神之道”計劃的別稱。