在朝堂上，福王朱由崧收到史可法請“去監國之號，臣服明帝”的奏章，臉黑得像黑炭，三十七歲的朱由崧，小字福八，卻一點福也沒有，這一輩子曆盡坎坷，李自成陷洛陽，他的父親朱常洵縋城出，藏匿於迎恩寺，後被搜出遇害。朱由崧自己縋城逃脫，前往懷慶避難，崇禎十七年懷慶聞警，朱由崧又逃亡衛輝，投奔潞王朱常淓，三月衛輝聞警，朱由崧又隨潞王逃往淮安，一直躲在船裏，三月十八日才上岸，好不容易鬥智鬥勇，當了監國，吳三桂又攜帶太子朱慈烺返京城登基稱明帝，他不甘心這麼認命，不甘心讓位，他望了一眼東閣大學士、兵部尚書馬士英，道：“聽說當時農民軍圍城跟鐵桶一樣，連一隻蒼蠅都飛不出去，這京城的太子不會有假吧？”
馬士英還沒吭聲，史可法道：“臣讓教過太子讀書的老師方拱乾、楊士聰，還有司禮監太監馬朝進和東宮伴讀丘誌忠等人到京城辨認，已確認吳三桂擁立的太子為真。”
福王朱由崧很忐忑，道：“聽說那平西伯吳三桂勾結滿清，我侄兒不會入了董賊那樣的豺狼之手嗎？”
史可法知道福王朱由崧說的董賊就是三國時的董卓，他不認同把吳三桂比作董卓，反駁道：“先帝以聖明之主，遘變非常，即梟逆闖之頭，不足紓宗社臣民之恨，是目前最急者無逾於辦寇矣。平西伯因其順勢，先國仇之大，而特宥前辜，借兵力之強，而盡殲其醜類，亦今日不得不然之著數，乃當世之豪傑也！”
這時，以錢謙益為首的東林黨人也力請福王“去監國之號，臣服明帝”，錢謙益於是向福王朱由崧報告了一個重大的軍情：寧南伯左良玉已經率軍二十萬東下，支持太子朱慈烺。
因為左良玉的做官曾得力於侯恂的推薦，侯恂本是東林黨人，左良玉是站在東林黨人的一邊，加上袁崇煥對左良玉有救命之恩，另外，太子朱慈烺即位後，袁聖賢就讓明帝加封左良玉為平南王，蔭封他一個兒子為錦衣衛正千戶，李自成在居庸關戰敗，左良玉利用這個時機收複了湖北西部的荊州、德安、承天，這時左良玉擁有八十萬兵力，號稱百萬，前五營是他的親兵，後五營是投降過來的士兵。湖廣巡撫何騰蛟以及總督袁繼鹹住在江西，他們都跟左良玉很友好，這一帶都宣布效忠明帝。
史可法又說，明帝已經派使者到南京，加封黃得功、高傑、劉澤清、劉良佐為四鎮軍官為伯，他們的子孫世襲官職。
馬士英一聽，內心的防線徹底奔潰了，自己那五萬兵，就算齊心協力，也打不過左良玉，更何況明帝還分化了他的手下，再怎麼掙紮也沒用了，於是也開始勸福王朱由崧認命了。
朱由崧眾叛親離，沒有辦法，隻好宣布取消監國的稱號，做回自己的福王，南明朝廷自行解散。
史可法和六部官員上書明帝，請明帝遷都南京，到南京理政。吳三桂、唐通等武將認為一旦太子去了南京，就不好控製了，拒絕太子南下。袁聖賢也認為一旦太子南下，不僅大明北方不保，而且太子正統的地位都有可能動搖，拒絕了史可法的建議。
最終，史可法與袁聖賢談判，北方與南方達成了妥協方案，明帝朱慈烺在北京即位理政，在南京的六部大臣北上，而大明成立新禁軍，從左良玉、馬士英等南方軍隊、關寧軍、唐家軍等各軍營中，抽十萬精兵，交給袁聖賢、何承誌、滿雲龍三兄弟訓練，拱衛京師。
袁聖賢挑選禁軍的要求極為嚴格，列了七大招禁軍條件：
一、雙手平舉能提起一百斤；
二、一個時辰能跑四十裏；
三、身高七尺（一尺相當於23厘米）以上；
四、不抽大煙、不喝酒、不賭博、不去妓館；
五、二十歲以上；
六、識字；
七、身體健壯，無疾病史。
這在當時其實是很高的條件了，體能方麵暫且不說，僅識字一項，就把很多明軍擋在了門外，因為當時當兵的多是文盲，選來選去，最後從大明百萬軍隊中，也隻挑到了大約七萬符合條件的人。
寧缺毋濫，袁聖賢最後一咬牙，七萬就七萬了，他心想，隻要將這七萬兵練成，也足夠能縱橫天下。七萬禁軍的武器，在當時也算是很先進的，每營5000人，裝備火器槍2000枝，大小佛朗機共500挺；各種火炮，紅夷，神飛，滅虜等100門。
袁聖賢還邊發布告，招募能製造火器的能工巧匠，有一位浙江人叫戴蒼的畫家來投，他曾任明朝監軍，擅長畫設計圖，製造軍械，他有一個神童一樣的兒子，叫戴梓，當時才十歲，就喜歡上機械製造，自己製造出多種火器，也一起帶到神機營裏。