11月，在毛人鳳的陪同下，蔣介石乘飛機到重慶，保密局西南地區區長徐遠舉，為迎接蔣介石，動員了在重慶的大部分特務、國民黨黨政機關的職員以及一些地痞流氓到機場迎接。此時的蔣介石心還沒有安下來，一路上他一直怕他的行動被解放軍發覺，在空中被攔擊或遭炮擊。專機降落後，機艙門剛一打開，舷梯還沒有推到門口，蔣介石已經站在那裏向西邊張望了。一看保密局早以布置好保衛，才放下心來，恢複往日的從容，走下了飛機。
一下飛機，蔣介石顧不上休息，馬上召集在重慶的主要特務頭子開會。徐遠舉、周養浩、郭旭、毛人鳳等參加了會議，會議廳裏一片寂靜，誰都知道局勢緊張，蔣介石心情不好。可出乎意料的是，大家首先聽到的竟是老蔣的表揚，蔣介石說：“保密局在上海撤退前的工作做得好，抓了有嫌疑的人犯3000多人，撤離時，殺了1300多人。”
下麵響起一陣掌聲。
蔣又問：“聽說這次對楊虎城的工作幹得不錯，具體執行人員有哪幾個？”
一個劊子手站了起來。
“好，就應該這樣，”蔣介石一邊表揚，一邊發狠道：“過去由於我們殺人太少，對一些反對我們的人沒有殺掉，以致越來越多的人不再害怕我們。今後隻有多殺掉一些，才能挽回這種不利於我們的局麵。”
這時候毛人鳳站起來，“委座，重慶的工作怎樣安排？”
“那還用問嗎？在重慶也應該同在上海一樣，凡是有嫌疑的人立即予以逮捕，凡是應槍斃的立即槍斃，絕不姑息。”
毛人鳳又問：“關在白公館與渣滓洞的人犯怎麼辦？”
“這豈不是廢話？我們過去那樣有勢力的時候，這些人都不肯投降，今天我們到處打敗仗，他們還會轉變過來嗎？當然是全都殺掉。”蔣介石惡狠狠地說。
布置完任務後，蔣介石就馬上走了。
蔣一走，毛人鳳把人員再次召集起來。“委員長已布置下任務，希望同誌們一定好好完成。不要偷工減料，更不要貪生怕死，賣國投降。”毛人鳳一等人員坐定就開始說。
很快，關於白公館、渣滓洞的大屠殺就布置完畢。
白公館看守所、渣滓洞看守所和楊家山、黃家院子、紅爐場秘密囚室組成了龐大的軍統集中營。中美合作所建立後，這裏成為一個與世隔絕的禁區，出入要“特別通行證”，內部使用“代金券”，在區域內的人員一律佩戴特製的藍底紅字鋼質圓形證章。歌樂山下的4平方公裏的範圍，崗哨林立、電網密布，陰森恐怖、與世隔絕！原來的良田村舍變成了特務們的住房和訓練場所；自然的幽穀山泉、小橋溪澗被插上了鐵絲網，建起了崗樓。
在白公館、渣滓洞中關押的有不少意誌堅定的革命誌士，也有大量“嫌疑犯”，甚至在無意中路過這些地方的人，也別想再出這魔窟。1941年，李仲達、石作聖、馮鴻柵、陳河鎮4名國立六中學生由璧山來渝，打算從三峽進解放區，途中誤入磁器口“特區”而被逮捕，在白公館一關就是8年，受盡折磨，最後被害。
特務們把這充滿血腥的地方視為寶地，視折磨這些反抗者為賞心悅意的遊戲。可這些都壓不住反抗的火種，現在，當這火種發展成吞噬這些反動派的熊熊烈火時，他們看到了自己的毀滅而變得瘋狂。這一心理過程在毛人鳳身上體現得最為顯著。他親眼看到三大戰役以後，新生的人民政權日益強大，人民解放軍以摧枯拉朽之勢挺進。與此相對，國民黨內部卻分崩離析，蔣介石集團日益陷入四麵楚歌、眾叛親離的絕境。毛人鳳深知“黨國”氣數將盡，可自己又不願就這麼退出中國曆史大舞台，他心有不甘，他心有仇恨，這滿腔的仇恨全都指向共產黨。如果說以前，他折磨犯人，半是為了完成任務獲取情報，半是為了遊戲、快樂的話，現在他對這些人則充滿刻骨仇恨，下定決心要報複，要讓他們不得好死。在這種心情下，他簽發了大屠殺的命令。