早在8月14日，龍雲在香港接見記者時，就已經表明自己與蔣介石決裂的態度，同時宣布“雲南起義”。香港各大報立即以大字標題刊登了“龍雲策動雲南正式起義”的消息。這條消息衝擊了盧漢，也震動了國民黨當局。國民黨行政院長閻錫山主張即以武力解決雲南問題，代總統李宗仁下令指派桂係部隊入滇震懾。蔣介石則恐雲南落入桂係之手，於8月24日由台灣飛重慶，迭電召盧漢赴重慶。
盧漢擔心這次前去就被蔣介石扣留，於是稱病不去，一拖再拖。蔣介石特意派侍從室主任俞濟時飛昆明，坐催盧漢赴渝，麵商“國家安危”。再由西南軍政長官公署軍政長官張群給盧漢打電話，揚言“中央”將派兩個軍、60架飛機解決雲南問題，如果盧漢不到，後果不堪設想；如果盧漢到重慶，將由張群保證其安全。
在形勢的逼迫下，盧漢無奈，於9月6日飛重慶。臨行前，盧漢對龍澤彙、安恩溥等心腹人說：“我這次去重慶，吉凶難卜，萬一被扣，你們就打電報來要求放人。要求不準，你們就插起紅旗，通電起義，不要管我。我走後，軍事由龍澤彙負責，政務由安恩溥負責。”看到盧漢心意已決，他的親信們也就同心協力。盧漢走後，昆明城實行宵禁，部隊官兵停止休假外出，高級軍政人員集中到昆明五華山省政府內辦公。昆明氣氛緊張，箭在弦上。
盧漢做好了被捕的準備，一到重慶，即向蔣介石提出辭職。但他沒想到蔣介石對他卻十分熱情，一再表示會全力幫助盧漢解決困難，並且願意雲南問題交給盧漢全權處理，還準許他把保安團擴編為兩個軍，軍費撥發現銀100萬元，武器、彈藥裝備陸續補充。然而作為條件，蔣向盧提出三條：一是取消雲南省參議會，二是逮捕100多人（附有名單），三是要封幾個報館和學校。
盧漢考慮到如果此時起義，條件尚不成熟，因而答應了蔣介石的要求。
9月8日下午，盧漢回到昆明，暗示共產黨人迅速轉移。9月9日，在昆明實行大逮捕，由特務頭子、軍統西南特區區長徐遠舉率領數十人執行任務，共逮捕數百人之多。經過審訊後，準備槍決的有100多人，其餘大多判處3年至20年不等的徒刑。這就是“九九整肅”事件。
軍統特務、保密局長毛人鳳企圖借刀殺人，嫁禍盧漢，乃將處理人員的名單報送盧漢要他立即批準。他連夜驅車駛向盧公館，向盧漢說：“盧主席，九九整肅的400多名共產黨不能再留了，盧主席應該趁熱打鐵才對。”
“毛局長的意思？”
毛人鳳用右手做了砍脖子的姿勢。盧漢道：“毛局長，這恐怕做不到，人命關天啊！”
毛人鳳道：“你不是答應委員長要製裁嗎？”
“哈、哈……”盧漢大笑幾聲說：“毛局長，我答應對他們進行製裁，並不是要殺他們啊，而且這批人關在監獄中，失去人身自由，這本身也是一種製裁嘛。”
毛人鳳在心裏罵了一聲“他媽的”，表麵上卻十分鎮靜：“盧主席是雲南省的父母官，生殺大權的事情，當然是盧主席決定。但是委員長的命令也是……”
盧漢叫道：“這我當然有主意，毛局長，你看時間不早了，我內人要休息了。”
毛人鳳雙目炯炯地盯著盧漢，心中已經起了殺機。
徐遠舉聽說毛人鳳要殺盧漢，立即說道：“毛局長，這盧漢可是雲南王啊！”
毛人鳳怪笑道：“盧漢是雲南王，但沈站長的槍法也是很準的！盧漢和沈醉都不是好東西，讓他倆火拚好了，我們把這邊安排好，抽身去台灣。”
徐遠舉連稱“局長高明”，可是沈醉畢竟是摸爬滾打十幾年的弟兄，這樣過河拆橋，讓人看起來確實有些心寒。