1949年前後，毛人鳳頻繁來往於昆明和台灣，蔣介石給了毛人鳳幾樁事急著等他來辦：其一，對聚集在台灣的“黨國元老”們施加壓力，迫使他們及早表態，擁護蔣“複職”；其二，要迅速“肅清”台灣的中共地下組織，以保“後方無虞”；其三，抓緊布置和開展對已失守的，或行將失守的城市和地區進行破壞，包括對中共領導人的刺殺；其四，當麵了解雲南的現狀和盧漢的思想動態。
蔣介石到台灣之後，住在了草山。草山是蔣介石到台灣後選中的一塊風水寶地，因為他篤信明代王陽明的心性之學，所以把它改名為陽明山。陽明山風景秀麗，草木蔥翠，一路鶯歌燕舞，但失敗臨頭的國民黨人卻無心欣賞這大自然的美景。
1949年10月初的一天，毛人鳳快步來到蔣介石的內室，老蔣臉色陰沉地站在一幅五萬分之一的大地圖麵前，指著上麵的各種標記對毛人鳳說：“共產黨最近的攻勢猛烈，形勢太壞，這次催你來台，不是說雲南那邊不要緊，而是……唉，你看……”
毛人鳳覺得頭皮一陣陣發麻，沒想到時間尚不到一年，精心描繪的大西南計劃已經山窮水盡。中共方麵采用了大包圍的方式：楊勇兵團由湘入黔，直插川南，截斷了胡宗南、宋希濂的退路；同時，周士第兵團、陳錫聯部分別向川東、川西挺進，給予正南和側麵的壓迫。10月份，楊勇兵團攻克貴陽，直逼彭水，宋希濂退守烏江西岸，主力撤至西昌和滇緬的可能性幾乎不複存在。於是一場本來以四川為核心的所謂“西南保衛戰”，變成了一場突圍戰。
蔣介石一時語塞，毛人鳳勸慰道：“委座不必過於擔心，隻要我們能守住台灣，等待國際形勢的變化，江山以後還是我們的。”
蔣介石歎了一口氣說：“胡宗南、宋希濂是我一手提拔起來的將領，沒想到他們竟然這樣無用，實在有違我的栽培。”
毛人鳳又想說一些天命、地利的話，可是看到蔣介石愁苦的麵容，反而一時無言，兩人陷入了長時間的沉默。
還是蔣介石打破了沉默，他問道：“人鳳，你收聽中共開國大典的實況沒有？”
毛人鳳點點頭。
蔣介石氣憤地在房間內走來走去，“我們是被自己打敗的，想一想我們北伐的時候，是多麼風光，現在竟然落到這步田地。”
毛人鳳還是沉默……
“毛澤東奪走了天下，但我們不能讓他太得意，一定要讓他睡不安穩。讓他睡不安穩，你懂我的意思嗎？”蔣介石問毛人鳳。
毛人鳳以詢問的目光看著蔣介石。
蔣介石說：“這段時間要製造幾起爆炸案，對叛變黨國的人要給予製裁，這樣就給人一種共產黨江山不穩的印象，你明白嗎？”
“學生明白。”毛人鳳答道。
1949年10月13日，蔣介石命令毛人鳳火速飛往廣州，執行炸毀廣州的緊急任務。
原來，伴隨人民解放軍勢如破竹的攻勢，蔣介石日漸喪心病狂，他指示毛人鳳要把廣州炸成廢墟，決不能讓中共得到一個完整的廣州，否則保密局也就沒有存在的必要了。
毛人鳳立即組織爆破隊，由保密局技術總隊副總隊長胡淩影親自率領，十萬火急直飛廣州。
毛人鳳到達廣州後，方知爆炸條件並不成熟，原來解放軍已經逼近廣州城，位居市中心的保密局臨時駐地，已經可以隱隱約約地聽見解放軍攻城的槍聲。整個廣州市內不見人影，商店關閉。代總統李宗仁發布命令，聲稱“中央政府”定於15日遷往陪都重慶。看著一輛輛運兵車拉著纏滿繃帶的傷兵進進出出，保密局的內部文件被扔得到處都是，一副末日來臨的景象。毛人鳳顧不得傷心，咽下從眼裏流下來的幾滴混濁的淚，立即找來爆破大隊長胡淩影，商議爆炸廣州的安排。