事已至此，亞曆山大主教和總督大人也沒有其他的辦法，聽說利瑪竇有中國人的門路，立刻允許利瑪竇乘坐最快的船前往澳門，從澳門抵達廣東，找尋他的友人，詢問事情的真相。
於是，抵達菲律賓馬尼拉三個小時以後，利瑪竇就再次登上了海船，尚未洗去一身的疲勞，就又一次作為外交使節為了教會而服務，為了南海的和平而服務，從這一點上來說，利瑪竇並不覺得自己的行為是有悖於宗教傳統的。
所以盡管他很疲勞，卻也不辭辛苦的前往澳門，希望得到具體的消息，以避免這場在他看來沒有必要也最好不要發生的戰爭，否則，他們天主教團是否可以繼續存在於東方都是個很難解釋的話題。
蕭如薰的確同情達理，眼界開闊，也很喜歡西方的科學知識，但是利瑪竇也知道，這位將軍也有強硬和不講人情的一麵。
一旦有人違背了他的命令，他會毫不猶豫的予以非常嚴重的懲罰，甚至是殺死他，老實說，利瑪竇有點害怕這位將軍，但是沒辦法，為了自己的使命，利瑪竇不願意離開他。
他在中國內地輾轉生活的幾年裏麵結識了不少士人，但是大多數都是在野士人，也就是不擔任官職的士人，他對中國的係統有了解，知道中國的知識分子是通過讀書考試來考取官位的。
他最初知道這個事情的時候是無比激動的，因為比起歐洲用血緣傳承世襲的官職製度，中國的製度無異於是理想的製度。
他對於這些通過自己的學識考取官職的官員非常的崇敬，認為這些官員都是中國的精英，是中國精英政治的代表，以結識他們為榮。
但是他們也都一樣的心高氣傲，而且事務繁忙，沒有時間接見自己，出於這樣的考量，利瑪竇退而求其次，和那些很有名望和人脈的士子交往，以增加自己的名氣和人脈。
瞿汝夔就是他的一個重要的教會層麵的盟友和信徒，瞿汝夔是第一個受利瑪竇的洗禮而信奉天主教的士人，對利瑪竇提供了非常多的幫助，包括提醒他要改變自己的衣著打扮，穿上儒士的服裝，以的身份重新融入中國社會，給了他非常大的幫助。
離開廣東居住在緬甸之後，利瑪竇也經常想起自己這位信徒和朋友，這一次前往澳門，他的目標就是聯係上這位老友，從他的渠道打探中國政府對菲律賓的看法和這一次中國官府派船前往菲律賓的緣由。
前往澳門是很容易的，澳門是葡萄牙人在自治，允許他們這些外國人進入，但是從澳門進入廣東就有點困難了，那需要官府的文書允許，一般外國人休想離開澳門進入廣東一步，這種行為屬於嚴重違法，是要被廣東官員抓到衙門打板子的。
利瑪竇發現中國官員好像很喜歡打人的板子，尤其是他們這些外國人，在緬甸蕭如薰也是這樣，中國人犯法了打十下板子，外國人犯法無論是誰都要打二十下板子，花錢贖罪都不行，官員不允許，非要打不可，你要逃可以，從此以後你就休想進入中國再做生意。