朝廷對地方掌控力度減弱，這種弱化的結果會體現在方方麵麵。
放在佛教和道教頭上，結果就是僧人和道士的數量增多，寺廟道觀不交稅的土地越來越多，一些大的寺廟道觀甚至擁有上萬畝土地，危害不小於地方上的士紳豪強。
這樣的行為蔚然成風，這直接導致交稅的人越來越少。
明朝寺院和道觀的財產雖沒有前朝那麼多，但是數量也相當可觀。
了解到這樣的事實之後，蕭如薰非常反感這種現象，下決心要狠狠出拳整治他們。
蕭秦政權上台執政之後，隆武元年二月，蕭如薰直接把象征明皇室宗教色彩的萬壽宮變成了太上皇的居住地，將紫禁城內一切帶有宗教性質的東西全部趕出去了，並且定下規矩，不允許北京城內有宗教建築。
隆武元年三月，蕭如薰發布了宗教政策。
他再次明確了道士與和尚出家需要朝廷給度牒才能被認同，而有權發放度牒的隻有在京師內的戶部宗教管理司，地方上沒有權力發布度牒，度牒是三年一給，有上限。
私度完全禁止，一旦發現，立刻將私度之人和進行私度之僧侶道士及其所屬寺院道觀一並取締，全部發配做苦力。
並且蕭如薰還派人在全國範圍內普查道觀私產和寺院私產，一並登記造冊，還對各地道觀和寺院的年份進行統計，對道觀主人和寺院方丈的身份和學識水平進行考核。
以後三年一次，絕對不允許停止。
一係列的行動之後，隆武二年朝廷關閉道觀三十六座，寺院二十七座，隆武三年關閉道觀十六座，寺院四十八座，隆武四年關閉道觀二十一座，寺院十六座，隆武五年接著關閉道觀十七座，寺院二十九座。
理由都非常明確。
朝廷發放度牒之前，派專人到各地寺院和道觀裏考察寺院裏的和尚還有道觀裏的道士對於佛經的理解和道經的理解，看看學術水平怎麼樣，看看到底是不是真的一心向佛或者一心向道，是不是真的出家人。
這下子可算是查出大問題來了，一大批大字不識一個的假和尚假道士給差了出來，騙人血汗錢的也給查了出來。
本來蕭如薰的命令就是沒事也給我查出事兒來，結果現在倒好，根本不用冤枉人。
於是地方政府立刻對外宣布，大肆宣揚，借著土改的風潮搞批鬥，將他們的名聲徹底搞臭，於是地方百姓都極其惱火的支持政府取締寺院和道觀。
不僅如此，那些善於組織人手發動運動的地方基層官員們秉持中央思想，煽動人們崇敬寺廟道觀將之完全搗毀，凡是運動波及之處就不允許再次出現寺廟和道觀了。
接下來的事情也就不用說了，大量的寺院和道觀倒了血黴，給取締，所有財產充公，那些假道士假和尚立刻被發配去做苦力，也不知道能不能活著回來，反正機會渺茫。
但是這還不夠。
假道士假和尚的確是有，但是持有前朝正規度牒的真和尚真道士也不少，蕭如薰對這種和國家爭奪人口與稅收的組織相當反感，一心一意想著極力打壓使之自然消滅，所以各種手段齊出。
什麼道觀的道長水平不夠，不懂道家道義，什麼寺院的方丈水平也不夠，根本不懂佛經，完全不懂佛，各種理由滿天飛，反正看到廣有私產的非著名佛寺道觀，想方設法的就給取締掉。
至於被取締的寺廟道觀裏麵的那些真和尚真道士，蕭如薰果斷強迫他們還俗，終身不得再次出家，更不允許宣揚佛教和道教。