承慈親自將蚩尤的屍身送入了輪回。天下安定國泰民安，軒轅帶著妻子開始巡查天下，沒有想到嫘祖因為長年勞累，死在歸來的路上，嫘祖的去死給軒轅得觸動很大，想到現在人族壽命都不長，軒轅覺得應該做點什麼？他想到了之前廣成子等人來的時候給他的《自然經》說是可以延年益壽，當時他還沒有什麼感覺，畢竟有原始傳下的玉清功法，未曾想到現在卻是派上用場。但是玉清一脈擇徒甚嚴，他也不敢把玉清功法私自傳下。
軒轅回去拿出《自然經》打算認真研究一番，便把政事托付給自己的孫子高陽，也就是後來的顓頊帝。說起自己的孫子，軒轅那是無比的滿意，萬分高興，高陽是他二子昌意之子，從小上尊下敬很是乖巧，上回三教弟子前來，還被多寶道長收為記名弟子，雖然隻是記名但是也讓族人歡喜很久，軒轅更是高興，他家出了二個聖人門下，如何不是好事？就是輩分有點亂，但是軒轅決定忽視這小小的問題。
交托了政事後，軒轅一門心思研究《自然經》幾年後也有點收獲，但是很多地方還是很疑惑，如今三教弟子已經各自回了山門。雖然時常聽聞人族各部落有聖師的消息，但也是神龍見首不見尾，實在也是難以尋得。而今部落中仙家修為最高的應該表示九天玄女了。
說也奇怪啊，人族統一這麼多年了，其他天兵天將都回天庭複命去了。隻有九天玄女娘娘還一直就在人族中。而且人美心善，這些年實在是幫助了人族諸多，自己去求娘娘要的長生之術想必娘娘不會拒絕的吧。黃帝如此想著，不知為何內心一股火熱。
如此軒轅便將洪荒一幹大小事宜交於他人打禮，自己閉關與玄女修習那長生不老之術。玄女得昊天王母之命前來教導軒轅，自然不敢藏私，隻盡心盡力將心中學全部教與軒轅！軒轅進展更是神速！軒轅本就是聰慧之人，結合自己身體，常常能舉一反三，旁通觸類，如此一來，軒轅又在玄女所教地基礎上領悟到了許多新的東西。
時間自是流得飛快，如此卻是十年已過，軒轅終將修仙之道習至大成，由一普通凡人進入到地仙境界，倒也真算得上是長生不老了！
軒轅在修習了玄女長生不老之道後，心中感悟也是一天朗，軒轅心道：“天皇伏羲給洪荒眾人留下了伏羲八卦，地皇神農留下了《神農本草經》，之後兩人證就大道。如此看來，我的功德途徑當在此長生不老之術上了！”
軒轅久為人族共主，做事魄力自是異於常人，當下便又繼續閉關五年，終於寫成了那本後世稱為三大奇書之一的《黃帝內外經》。
《黃帝內外經》又分為《內經》和《外經》。《內經》又分為《素問》和《靈樞》兩大部分，一共為八十一篇，講的是人體調養、治療、修身養性之事；《外經》也分為兩大部分，為《祝由科》與《長生卷》，共三十七篇，《祝由科》講的是起死回生之術，《長生卷》則是包含修仙之法，長生不老之道。
《黃帝內外經》大成，軒轅卻沒有出現預想中的那種通靈，反而是手拿著《黃帝內外經》在那琢磨：自己得道之途當在此舉之上，為何自己心中卻是隱隱覺得不妥？
軒轅卻是無論如何也想不出哪裏不妥，隻能先出得關來。《黃帝內外經》也就因此耽誤下來，不能問世！
如此又是過了一年有餘，軒轅看著身邊那些追隨自己一起風風雨雨過來的老臣子一個個的離自己而去，自是心急如焚。偏生心急吃不得熱豆腐，軒轅愈是著急，愈是一點頭緒也無。
這一日。軒轅在一洪荒百姓家中探訪，卻是見那戶百姓正在燒香祭拜聖人畫像，突的軒轅心中一動，卻是想起了當日請教聖師滅蚩尤之時還留有一幅畫像在自己手中。
原來自從軒轅打敗蚩尤之後，洪荒再無大事發生。尋常事情自然也不用勞動蚩尤大駕了，因此，軒轅隻將畫像交由宮人日夜好生祭拜。後來軒轅閉關十五年寫那《黃帝內外經》，卻是將此事忘得差不多了。