第二天，又是陽光明媚，鳥語花香的一天。正在家裏做完早餐的正吾突然聽到隔壁房子發出巨大的爆炸聲，出門一看發現工藤家的牆塌了，此時工藤新一從樓上探出頭來對著旁邊的房子喊道：“阿笠博士，你能不能安分一點啊！”
此時一個背著一個飛行器的老伯從廢墟裏麵爬了起來，“不好意思啊，想叫你起床，比起鬧鍾這樣子才叫的起你啊。對不對啊。”這個老伯滿臉笑容的說道。工藤一手扶臉，滿臉無奈的歎了口氣。
這時正吾出聲了：“阿笠博士，工藤早啊。我正做好早餐要不要過來一起吃點啊！”
“哈哈正吾早上好啊！不好意思打擾到你了。”阿笠博士有點歉意的說道。
“沒關係的，阿笠博士你可是很厲害的發明家哦。”正吾笑了笑表示沒事。
此時工藤說道：“不了，我約了小蘭一起吃早餐去上學，下回。”“好的。”然後工藤下來把阿笠博士附近了家裏。
正吾也回到了自己的家裏，吃完早餐然後開始了新的一天寫作。大學那邊已經打過招呼了，現在正吾已經複學了，但其他同學都出來參加實習了，所以他自己也申請了在家實習寫小說。除了特定的日子回學校答辯和參加活動外，都可以自由活動（沒見過日本大學的實習，我編的，勿噴）。
時間一晃一天過去了，正吾繼續他的宅男生活。第二天傍晚太陽下山了才出門求便利店買生活用品。
回來的時候看到一個小朋友正在很努力的爬上去開門，這時後你工藤家旁邊的博士家又發生了爆炸那小孩趕緊跑過去。
看來工藤新一變小了，這樣子說四季時間不就要開始錯亂了。想著想著正吾也走了過去，聽到小朋友在說：“我是新一啊，我是新一啊。”阿笠博士站了起來：“新一親戚家的孩子啊？新一的家就在隔壁啊。”正吾走了過去，開口問道：“博士需要幫忙嗎？”
這時候小朋友大喊：“我就是新一，你不相信的話，我可以說出你家的事情，阿笠博士今年五十二歲，是著名的發明家，雖然自稱天才，不過製造出的東西全部都是破銅爛鐵，而且你屁股上的一顆痣還長著一根毛。”
“啊，正吾啊，這個小朋友出在了新一家的門口，而且是說出了新一才知道的秘密！”阿笠博士答道。
“阿笠博士是這樣的，我就是新一我被人灌下奇怪的毒藥結果人就變小了。”小柯南急到。
“你喝了要變小了？如果又那種藥的話我也想親眼瞧一下，奇怪的小鬼頭我要帶你去找警察。”博士不肯相信。
“正吾你過來幫我作證啊，你小時候來我家看書的時候我還和你一起玩的呢。”
“博士你要不先聽他把話說完先嘛！或許他真的是新一哦，這的確是我和新一以前發生過的事呢。馬上就要下雨了，要不先把他帶進新一的家裏說清楚先。”正吾無奈道。雖然他已經知道了這就是工藤新一，但也不能很確定的告訴其他人。
新一的家裏，正吾和阿笠博士聽完新一小朋友的敘述後。博士沉思了一下說道：“因為那個毒藥還沒發明完整，產生了不可思議的作用，所以導致了你的身體縮小了啊。”