護教軍是機械神教所掌握基礎武力，大多數護教軍被部署在他們所屬的鑄造世界上。但也有少部分護教軍為取得他們主人所需要的的知識，滿銀河係的亂跑，在各種星球上考古打仗。
護教軍和他們所效忠的賢者主人一樣，用神聖的機械取代了自己的部分軀體。他們以強化義肢替換了血肉，並根據自己在護教軍中的定位進行了如眼部改造強化，額外的機械臂強化，腦中植入通訊連接器等多種改造。
護教軍被創造出來本質，就是殺人和被殺，這些可以為萬機之神的信仰而死的殉道者，僅僅將自己當做是機械的怒火顯現於世的工具。
他們在賢者的指揮下前仆後繼的不斷向敵人發起攻擊，直到敵人變為血水或化為灰燼。對自己的傷亡則從不在意，隻在乎完成賢者們的任務。一切都是為了歐姆彌賽亞的意誌服務，這對他們來說已經足夠。
此時攻入敵方艦船的護教軍們在各個神甫的指揮下展開了對叛徒們的攻擊。
其實，被混沌腐化的僅僅隻有一些海軍高層，他們手下的大多士兵不過是聽命行事罷了。一艘艦船上的船長就如同一位國王，管理著艦船上數萬人的方方麵麵。
當船長下令對帝國的鑄造世界進行轟炸時，那些一輩子從未離開過艦船的船工和水手哪裏知道什麼對與錯，這不是他們這個身份的人該想的事情。他們的腦子裏隻知道必須執行來自船長的命令，不然將被船上的武裝水手擊斃。
而那些聽命於船長武裝水手們其實也並不比底層的船工懂得更多。他們同樣受到了海軍高層的蒙蔽，根本不知道自己發誓要守護的星艦在船長的命令下做出了何種叛逆行為。
一些有能力知曉船長已經叛變帝國的忠誠海軍士官，還沒來得及有所動作，便被那些真正叛變的艦船海軍高層汙蔑為叛徒，原地槍斃或受到各種追捕，隻能躲在艦船的甲板下層。
往往在犯下多起不可饒恕的行為後，這些艦船上的成員可能才意識到自己的所作所為到底代表著什麼。可往往當他們發現這些的時候，已經無法挽回了，帝國早已將他們視作叛徒，無法原諒。此時他們早已沒了選擇，隻能一條路走到黑。
前來圍剿他們的審判庭和阿斯塔特戰士不會在乎他們是不是身不由己，是不是有苦難言，帝皇的忠誠戰士隻在乎是否將永恒的死亡帶給了那些帝國的叛徒。
此時被機械教護教軍進攻的武裝水手們，心中已經隱隱覺得有些不對，但在混亂的戰場上，他們也沒時間想更多事情。
眼前護教軍的凶猛火力使武裝水手們隻得苦苦堅守，難以進行反擊。但這種僵持的情況也無法維持太久，護教軍們身上和其使用的武器往往帶有大量輻射，會對周圍的環境造成致命的影響，哪怕水手們沒有受到直接攻擊，他們的身體狀況也在不斷惡化。
這也是帝國的士兵們從不願和機械教的護教軍們駐紮在一起的原因。同時也是因為這可怕的戰鬥方式，先鋒兵們往往都被派往滿銀河戰場環境最惡劣與最凶殘的地方，一方麵是因為他們在這些地方戰鬥不用顧忌太多，另一方麵則是因為和星界軍相比他們更強的防護設備可以在這些環境與敵對火力下生存更久。