蓑衣渡之戰，馮雲山向上帝爸爸報告：我來了。
太平軍就要離開廣西境時，馮雲山卻戰死了。
通常一種說法是，南王馮雲山是在廣西全州受傷，在蓑衣渡傷重而身故的。——此說源自史學家調查：初，太平軍既抵全州，原無意攻城，即如在興安之和平過境而已，故大軍兼程北行，經由州城外西北郊柳山之麓而過。大路上數萬人躋躋蹌蹌，前呼後擁，摩肩接踵而前進。其行軍也，並非如現代軍隊之整列有秩序，以四人或八人排隊前行，隻是大堆兵眾男女老少，前後貫連，蜂擁而進，山路狹隘則或隨意踐踏禾田而過。行了多時，前隊已遠去矣，而城上守軍，栗栗自危，嚴陣以待，但仍執戈旁觀而已。不料正當太平軍後隊過山麓時，城上參將部下有一炮兵，忽見黃轎一乘，在後頭押隊，簇擁而去，心知其為敵軍首要，乃順著一時衝動，不俟命令，逕取火燃炮對正敵人隊伍施放。轟然一聲，果然炮子命中黃轎。乘轎者非他，乃太平開國前導副軍師後軍主將天國第一功臣南王馮雲山也。至是被擊中要害。一見敵人開火，全軍大怒，立即回頭備戰，又見南王身受重傷，上下全體軍心憤恨，遂決回師攻城，以複仇雪恥。於是戰事開始。
又稱，在全州破城後，太平軍由水陸兩路順流而下，進取湖南。身受重傷的南王，當是抬上船，沿途調治。不料一至蓑衣渡，突遇清軍伏兵，太平軍大敗，在危急中，南王亦被抬上岸。東岸中伏之軍，亦不敵，倉皇奪舟渡過西岸，而全部潰亂，不複成軍矣。尤為不幸者，則南王馮雲山抬至東岸，競一瞑不起。
但也有一種說法是，太平軍前隊乘船四五十艘，駐抵全州，因知州曹燮培架炮堵守，封鎖江麵，由此不能前進，隻得停泊於全州對河紮營，並等候陸師攻城。接著，陸師馳至，立即發起進攻，曹燮培督軍發炮拒之，此後十日內，太平軍將士死傷甚多，馮雲山亦中炮死。所以當時隸屬於前軍蕭朝貴的兩司馬李秀成，後來追憶說：“攻破全州之後，南王在全州陣亡。”馮雲山早年摯友、後來到天京的洪仁玕也說，“攻全州之下，南王馮雲山中炮升天。”可見馮雲山是在攻打全州或攻占後犧牲的。
不過，也有人說馮雲山沒有在全州受傷和犧牲，他是在全州東北十餘裏的湘江蓑衣渡戰死的。按，蓑衣渡地處湘江東岸丘陵起伏，渡口有叢林，大樹參天；渡口西岸有沙灘，所以此處河床窄狹，東西相距僅一百米，江水不深而湍急異常，灘頭甚多。當時江忠源部已在蓑衣渡伐樹填河，又於江中預置木樁，切斷北上航道。
6月4日。太平軍在攻占全州一日後就分水陸繼續北上，它們以二百多隻船橫亙江麵，有如營壘，與江忠源軍對陣，另在東西灘陣地，安設大炮，對付清軍來犯。雙方相持沒有多時，太平軍焚燒船隻，全軍改由清軍未設防的東岸關，走彎彎曲曲山路取向湖南永州。這次戰役，太平軍是主動撤出戰場，目的是輕裝前進。雖沒有多大損失，但馮雲山卻中炮犧牲。
還有一種說法大同小異，說馮雲山是戰死在蓑衣渡北三裏的水塘灣，蓑衣渡水波不起，水塘灣曲曲彎彎，江狹地險。據廣西史學家實地調查，當地群眾傳述馮雲山犧牲詳情：“太平軍破全州後，向湖南進軍是走水路的。當時水塘灣西岸駐有清兵，清兵用大木樁攔河。太平軍的東西多是用船來運，共有幾百隻船，都是裝得滿滿的。到蓑衣渡時，被官兵放炮把船打破了，走不過去，便丟了船。南王上岸帶隊與清兵打仗，打了半天，在水塘灣受傷死了。”（《太平天國在廣西調查資料彙編》）這就是說過了蓑衣渡，在湘江船上的馮雲山還是好好的。他還是撤到岸上中傷才死去的。
諸說不一，但南王馮雲山確是戰死了。
馮雲山死後，太平軍因急於趕路，就將他秘密埋葬於附近的鳳形山穀中，不樹墳，不建碑。隻在此山中，雲深不知處。清朝地方當局和團練曾多次尋找發掘，都沒有發現。
太平天國為破除傳統喪葬禮儀，反對棺葬和火葬，它所采用的喪葬乃是按照基督教那套，即用布包紮屍身，然後入土為安。後來洪秀全、黃文金等死後，都是分別以黃緞裹身包卷埋葬的。馮雲山也是如此。
他作為天父第三子，是回到天父膝下的所謂天父在凡間的第一個兒子。因此死葬更必須循太平天國禮製的。
它還得按照天國慣例，要為死者舉行儀式，朗誦統一發給的悼詞：
小子○○○跪在地下祈禱。
小女○○○。
天父皇上帝：今有小靈魂○○○在某月某日某時升天，今虔具牲饌茶飯敬奉天父皇上帝，懇求。
天父皇上帝開恩，準小靈魂○○○得上天堂，得享。
天父皇上帝大福。又懇求。
天父皇上帝看顧扶持小子○○○小女○○○家中大小個個安康，百無禁忌，怪魔遁藏，萬事勝意，大吉大昌，托救世主天兄耶穌贖罪功能，轉求。
天父皇上帝在天聖旨成行，在地如在天焉。俯準所求，心誠所願。
這份悼詞寫得多麼樂觀，視死如歸，原來太平天國從來宣傳：“升天是頭頂好事，宜歡不宜哭。”所謂悼詞，也是向大天堂的天父皇上帝報到：我來了。