美國科學院院士選舉則完全是秘密進行的。由某個院士提名候選人，候選人的材料也是由提名人寫的，候選人可能根本就不知道自己被提名了。與中國院士候選人厚厚的一大本材料不同，美國院士候選人的材料要求很簡單，一份簡單的履曆和不超過250個單詞的學術成就介紹，以及不超過12篇的論文目錄。候選名單分別交給相應學科的院士初審（美國科學院共設31個學科分支）。各個學科的初審程序可能都不一樣。初審結果交到高一級的學部（共有6個學部）委員會合並，根據各個學部的名額產生學部的候選人（人數為增選名額的150%），由於名額限製被淘汰的候選人則在第二年自動成為被提名人。然後候選人名單送給全體院士投票（對投票有一定要求，比如每個學部至少要選多少人）。根據投票結果產生等額候選人名單，在每年4月底開院士大會時，對名單集體表決通過。然後再通知當選人，當選人同意了，才正式成為院士。
中國院士候選人名單是公開的，美國則是秘密的。公開有助於輿論監督，然而也使得候選人能夠去搞活動拉選票。對美國院士選舉來說，沒有接受輿論監督的必要，因為他們有比較正常的學術環境，造假者能騙過同行院士的可能性幾乎是不存在的。中國當然是另一回事了。中國院士的選舉自始至終是分學部進行的，而美國院士選舉隻是在提名階段分科進行，正式的選舉是全體院士投票。分學部選舉的優點是選舉人都是同行，對被候選人的學術成就都能有更專業的判斷，缺點是選舉結果容易被少數人操縱。
美國院士選舉程序非常複雜而煩瑣，選院士因此成了美國科學院的主要工作，這讓著名物理學家、諾貝爾獎獲得者費曼最終忍無可忍，憤而放棄院士，因為他看不出有何必要要隸屬於一個把主要時間花在選舉院士上的機構。搞這麼一套煩瑣費時的程序是為了盡量保證選舉結果的公平。但是即便如此，美國院士選舉結果有時也會引起爭議，爭議最大的是著名科普作家卡爾·薩根一直沒能當上院士。薩根其實也是一個有很高學術成就的天文學家，其成就獲得同行的認可。在院士選舉時，天文學分科的院士都投票給他，但是他給其他分科的院士的印象卻不是一個正兒八經的科學家，不願把票投給一個公眾人物，所以他就一直選不上。作為彌補，美國科學院授予薩根“公共福利獎”，表彰他在科普方麵的貢獻。
但是這畢竟是少見的例外。總體上，美國院士的選舉是公平的，至少比中國院士的選舉公平得多。兩國院士的選舉程序各有利弊，不正常的選舉結果是由於其他因素造成的。美國院士僅僅是一個崇高的榮譽，並沒有什麼實質性的好處（唯一的特權大概是有在《美國科學院院刊》上發論文的便利），當不上院士也沒有利益損失，當上了還有放棄的。中國院士則不然，一旦成為院士，就儼然成為“學霸”，手上掌握很大的學術權力和大量的學術資源，沒當上時孜孜以求，當上了從未有人放棄過。正是與權力的結合讓中國院士成為了一塊很多人不擇手段想要攫取的肥肉，也讓院士選舉成為了各個部門相互爭奪、利益分割的結果，候選人的學術成就如何反而是次要的。隻要這種情況不改變，再好的選舉程序也會出現不正常的選舉結果。
2011年9月14日
大學校長應該對誰負責
以“探索建立具有中國特色的現代大學製度”為號召的深圳南方科技大學自籌辦以來就一直處於輿論的旋渦，力挺者眾，質疑、批評者也眾。這場爭論近日達到了高潮，曾被邀請為南方科大籌建團隊核心成員、又先後退出的三名香港科技大學教授發表公開信，猛烈批評南方科大校長朱清時把南方科大的籌建完全變成了展現其個人喜好的私塾，高喊去行政化口號而實際上卻在所有的重大決定上唯個人意誌定奪，不建立完善的招聘解聘的程序和規節製度，南方科大還沒有實質性開辦就已經問題重重，等等。
他們認為原因在於南方科大沒有受到任何體製機製上的審視、質疑、監察和問責，並與香港科大的籌建過程做了對比。在香港科大的籌建階段，香港政府首先任命了一個由政府代表、社會賢達、學界專家組成的董事會。董事會不僅直接負責校長的遴選和任命，而且在校長上任後直接負責對校長的問責和監管。這就使得校長本人不能隨心所欲地偏離與學校定位不同的辦學軌道，更不能為所欲為。