吳敬璉在《論孫冶方的經濟理論體係》（寫於1984年9月）一文中，描述了孫冶方的痛苦與徘徊—一方麵，他作為一個長期從事經濟領導工作、具有強烈的現實感，對現實經濟生活有較深入了解的經濟學家，痛切地感到，按傳統理論組織的經濟不可能順暢地運行，不利於生產力的發展，會帶來一係列矛盾，並造成極大的社會浪費，因此決心創造一套不同於斯大林社會主義政治經濟學的新理論體係；另一方麵，他作為自青年時代就接受蘇聯傳統理論教育的經濟理論工作者，不能完全擺脫傳統社會主義經濟理論的束縛，表現了理論上的某種不徹底性……他一方麵大聲疾呼，經濟體製的設計必須順應客觀經濟規律，另一方麵又力求論證這些做法不僅並不與馬克思主義經典作家關於在公有製條件下商品貨幣關係將要消亡的論斷相矛盾，而且是與之完全吻合的。
為了達成這種“吻合”，孫冶方甚至提出了“兩種價值”的理論。所謂“第一號價值”是由市場供求決定交換價值，它反映具有不同經濟利益的主體間的關係，隻存在於“商品經濟”中。“第二號價值”是馬克思在《資本論》第一卷中定義的價值，它是生產一定使用價值的社會平均必要勞動消耗，它隻是計算的工具。這種計算的目的在於促使所有的企業節約社會勞動，它不需要通過市場的價格波動來起作用，也不反映不同的利益主體之間的關係。從表麵上看，這個理論解決了有價值卻沒有商品的邏輯矛盾，可是，它無法解決實際存在於兩種模式之間的矛盾。
吳敬璉回憶說，孫冶方一度對自己的“兩種價值”理論很是滿意，認為是個“利器”，可是一接觸實際問題，矛盾就暴露得十分明顯，不得不一再進行修正，最終，兩種價值的劃分變得十分模糊，無法確定。譬如有一次，他們討論產品調撥問題，從東北向華東調撥糧食或石油，由於東北基地的價格低，所以存在吃虧的現象，其問題的症結在於不同地區和企業之間的經濟利益，那麼，這其間的價值關係，是“第一號價值”還是“第二號價值”？顯然是前者，而不是後者。
孫冶方的理論體係還存在著眾多類似的矛盾點。譬如，他非常重視流通問題，然而，所謂流通是指以貨幣為媒介的商品交換，孫冶方卻堅持一個理論前提，即社會主義經濟裏既沒有商品，又沒有貨幣，說“我們必須把流通同商品脫鉤，離開商品來尋找交換和流通的必要性”。這樣一來，理論又跑進了一條死胡同。
按吳敬璉的這些分析，孫冶方的兩難，其實是理論前提上的兩難，《社會主義經濟論》的創作是一項不可能完成的任務。
時間很快到了1982年。2月，孫冶方因肝癌擴散再度住院，眼看來日無多，他提出加快創作的進度。7月，他帶著寫作組一行人前往青島，住進海軍療養院“閉關”寫作。吳敬璉和張卓元均帶著子女一起隨行。在黃海之濱，日升月落之間，伴隨著海浪拍打礁石的聲音和貝多芬的《命運交響曲》，孫冶方為自己的理論建構做最後一次衝鋒。由編寫組分頭寫作的章節都已寫出，但怎樣把這些“部件”聯結成一個邏輯一貫的體係？編寫組一遍接一遍地推演討論，可是仍然寸功難奪。
青島歸來之後，孫冶方似乎已經意識到了任務不可能完成。吳敬璉回憶說，孫冶方此後曾多次對他談及，對那一套計劃體製絕不能修修補補，而必須推倒重來。1982年11月，臥床不起的他在病床上口授，由吳敬璉和張卓元執筆寫出一生的最後一篇文章《二十年翻兩番不僅有政治保證而且有技術經濟保證》，對中國經濟的成長性表達了無比的樂觀，同時也沉重地指出，“必須對舊管理體製做出重大的根本改革”。
一個月後的12月9日，他親筆寫下遺囑：“我死後，我的屍體交醫院作醫學解剖，不舉行遺體告別儀式，不留骨灰，不開追悼會。但不反對經濟所的老同事，對我的經濟學觀點舉行一次評論會或批判會，對於大家認為正確的觀點，希望廣為宣傳；但同時對於那些片麵的、以致錯誤的觀點，也希望不客氣地加以批判，以免貽誤社會。”
在中國當代經濟學術史上，孫冶方是一個比顧準更大的悲劇。
顧準在離開這個冰冷世界的時候，盡管被徹底地遺忘和拋棄，但是他知道自己已經找到了正確的答案，他所遺憾的僅僅是不知道光明的一天何時到來，而他確已等不到那一天。可是對於孫冶方而言，這位充滿了理想主義氣質、無比聰慧、富有勇氣和正直的人，一直到生命的最後一刻，才真正意識到自己為之傾注了所有心力和熱情的理論大廈竟然建立在一片無法承重的沙灘之上。人世間悲劇的慘烈，莫過於此。
與東歐的布魯斯和錫克相比，在理論天賦上毫不遜色的孫冶方有著更多的遺憾。
跟他觀點酷似、一見如故的布魯斯後來對“蘭格理論”，以及以自己名字命名的“布魯斯模式”進行了深刻的檢討，終而揚棄了“市場社會主義”。在1989年，他和另一位波蘭裔英國經濟學家K·拉斯基合寫《從馬克思到市場：社會主義對經濟體製的求索》一書，在書中他明確指出，把資本市場排除在外的“市場社會主義”以及他自己的“包含市場機製的計劃經濟模式”—“分權模式”，是一種“有缺陷的模式”。此外，他從東歐教訓中得出這樣的結論：經濟體製改革要以政治體製改革為條件，政治改革靠撤換領導人解決不了問題，必須從製度上采取措施，才能保證不再回到舊軌道上去。而經濟改革往往因為觸動某些當權者的既得利益而遭到他們的反對。歸根結底，改革是政治和社會問題，人民大眾的態度和反應非常重要。在轟動一時的《從馬克思到市場》一書中，他徹底修正了自己的改革模式和理論，一方麵承認社會主義的價值觀，但同時又對公有製與市場經濟的兼容和結合表示懷疑，從而轉向民主社會主義。