李如鬆在查大受之後，也親自率領二千明軍查看地形以便指定作戰計劃，並於二十六日進抵波州。
二十七日晨，命令楊元留軍一千駐守馬山館（距離京城約九十華裏），自己率領一千精騎馳向碧蹄館。中途遇查大受部下方才知道查已經被倭寇包圍。
產生輕敵思想的，不隻是查大受一人，就連主將李如鬆也是不能“免俗”。
李如鬆聽到查大受所部被包圍在碧蹄館，竟然也沒有進行任何的偵查，就立刻率領本部一千騎兵急馳碧蹄館解救查大受，並命報楊元率軍前來接應。因查大受與李如鬆均係搜索部隊，並未攜帶炮火等重武器，尤其是李如鬆隻率領輕騎一千，衝入倭寇包圍圈後救出查大受，且戰且退。
倭寇見李如鬆兵少且無火器支援，重新組織火器部隊全力進攻，李如鬆部隻用刀槍作戰，難敵倭寇火槍，明軍死傷慘重，情況十分危急。李如鬆本人都幾乎被倭寇所俘虜，所幸為部下救出。
好不容易殺出重圍，明軍退至翁嵩，楊元率領一千明軍連夜前來救援。
此前的幾次戰鬥，失敗的一方之所以失敗的最重要的原因之一就是輕敵。
小早川終於吸取了“輕敵最易招致失敗”的教訓，因為摸不準增援明軍的數量，於是他也隻好暫時退回京城。若是小早川依然秉持“輕敵”思想，依然對李如鬆和趕來增援的明軍展開猛烈的進攻，最後的結果實在難料。
世事難料如斯，真的令人無法臆測。
李如鬆收拾殘軍回到了開城後，聽風傳加藤清正將從鹹鏡道進攻平壤，便於二月十六日離開開城回到了平壤。
明軍雖然有碧蹄館之敗，損失將士若幹，但入朝不到二個月，便收複平壤到開城失地五百餘裏，甲方四道二十二府縣，不能不說是個巨大的勝利。極大地打擊倭寇的囂張氣焰，振奮了朝鮮朝廷和民眾抗擊倭寇侵略的信心。
對於碧蹄館戰役，中、日、朝三國文獻的記載不盡相同。日本方麵文獻一再強調倭寇的勝利，並引用明人的記述為證。然而，明代記述該此戰役的文獻，多半立足於彈劾李如鬆，因而對於失敗的情況有所誇大。因此，以上兩國的記載都是有失偏頗，不可全麵采信。
而朝鮮方麵的文獻，如《李朝宣祖實錄》、以及柳成龍、伊根壽、李德馨等人的報告，大體上是接近事實的，或可采信。
李如鬆在此戰役中的失誤，不在於碧蹄館戰鬥的失敗，而是在於失敗之後，應該迅速整軍再戰，而不是匆忙撤回平壤。由於明軍平壤大捷和向京城進軍等一係列策動，朝鮮南方各道的義兵與朝鮮政府軍都積極響應，全力與倭寇作戰。權栗率領的義兵曾一度戰勝增田長政率領的倭寇並攻克幸州（距離京城不遠），而李如鬆一退回平壤，失去了明軍的側翼保護之後，權栗成了孤軍奮戰，形勢極為不利，因此他也隻好放棄了幸州。
甚至當李如鬆得知幸州被攻克的消息後，亦後悔後撤太操之過急，忙又向開城派出軍隊。如果當時李如鬆繼承堅持進攻京城，不僅會對義兵的戰鬥起到鼓舞作用，而且會進一步加深倭寇的困難，倭寇將更難守住京城。