紹天二年，夏。
整個局勢變的更加撲朔迷離起來，隨著紹天帝的親征北伐，明軍以攻代守，全線反擊，東起登萊，西至川陝,到處都在發起進攻。
甚至後方的雲南、台島等地，也開始在打仗。
黔國公沐天波丟失昆明逃往永昌，昆明、蒙化、大理先後失守，分守副使楊畏知、推官王運開堅守楚雄，死戰不屈。
皇帝聞報後特旨雲南，進楊畏知為雲南巡撫，李乾德仍為雲南總督。
雲南總兵官、黔國公沐天波許戴罪立功，授雲南提督，並調四川建昌總兵曹勳,貴州提督皮熊率部南下，
調廣西提督、平蠻將軍陳邦傅，桂林鎮總兵焦璉領廣西兵西進雲南，
協同進攻沙定洲，收複昆明、大理等地。
又下旨加封石屏土司，悍將龍在田為副提督銜、臨安鎮總兵官。
嶍峨土司王揚祖、寧州土司祿永命、景東土司刁勳等各授副將、參將等，令他們征召土兵協剿叛亂。
雖然雲南偏遠，鞭長莫及，但皇帝仍然還是在禦駕親征山東的同時，關注著雲南，並在四川局勢有所穩定後，立馬從四川和貴、廣西抽調兵馬過去平亂。
沙定洲在占領昆明，奪取武定、姚安、大理、蒙化諸州府後，脅迫俘虜的雲南巡撫吳兆元、在籍大學士祿豐人王錫袞向朱以海上疏，反稱沐天波反，他沙定洲討平之，宜以代鎮雲南。
想得到朝廷的正式任命,取代沐氏。
對於這種無理要求，朱以海自然不能答應，沙定洲是土司，之前被沐天波征召協助討平叛亂土司，事後卻在昆明兵變發難，奪取省城，然後攻掠雲南，若是承認沙定洲代鎮雲南，那還得了。
好在雲南局勢雖壞，也沒壞到底，沐天波年輕，沒有本事，隻能一逃再逃，逃到了永昌府保山去了，但雲南也不是沒人了，如楊畏之，本來隻是分守道，一介文官,但卻能夠據守楚雄這座小城,硬是抗住了沙定洲叛軍圍攻。
叛軍攻下了大理蒙化，卻攻不下就在昆明旁邊的楚雄。
此外如石屏土司龍在田，是一員猛將，早在萬曆年間就已經率領土兵出頭，之後多次受朝廷征召率土兵參與平定叛亂、圍剿農民軍等戰鬥，崇禎年間在熊文燦麾下，還曾經奉命監視受招安的張獻忠部，張獻忠對龍在田都十分佩服，還主動拜他為義父。
之前武定土司吾必奎趁機發動叛亂，沐天波就是召集龍在田、沙定洲等土司出兵平定，將其擊敗生擒。
隻是後來沙定洲又趁機做亂，龍在田卻也是堅決反對，如今保沐天波退守永昌。
雲南的其它不少土司，也多數並不服沙定洲，雖然有一些如今見其勢大，依附於他，但大明在雲南三百年天下，仍然有很強的威望，就算是沐家在雲南，依然號召力很強。
這也是朱以海雖然很生氣沐天波無能，但最終還是仍加他雲南提督的原因所在，沐氏在雲南，就等同於大明朝廷，還是需要這個牌子的。
四川、貴州、廣西省，援兵入滇，也是形勢所迫，若放任雲南繼續亂下去，就會威脅到四川貴州廣西三省，甚至還會引發西南各省的其它土司們的叛亂，必須鎮壓。
說來也是可笑，之前張獻忠入川，沐天波怕西營入滇，於是派兵北上駐營防守，結果與武定的土司激發矛盾，引發叛亂，一發不可收拾，如今卻反而又要四川出兵來協剿鎮壓。
南京朝廷無法給雲南轉運錢糧，也隻能做些居間調度，至於錢糧兵械等，就由他們自籌了，反正就是打爛仗。