從這裏開始，遊戲就真正的進入到了屬於玩家自由操控的階段。
玩家是能夠一直使用兩個人物，而這兩個人物都有各自的劇情線。
首先，對於劉建明這個人來說，他的任務線就比較簡單。
他是一個壞人，年輕時就加入黑社會，而且還對自己的大嫂有著不應該出現的覬覦之心，所以，馬莉叫他去做的什麼事情他都會做。
而在這裏，玩家們也看倒了劉建明去做過什麼，原來，之前在唐家出事的時候，就是馬莉去指使劉建明對唐家仁放了陰槍，雖然沒有打死唐家仁，但是還是對於唐家仁的病死造成了嚴重的影響。
但是，隨著玩家們在使用劉建明的角色更進一步深入的時候，他們卻發現好像之前自己對於這部遊戲之中的“好”與“壞”有了弄不明白的情況。
其實馬莉是受到了作為警長的黃誌成的暗中指使，利用這個女人對韓晨的愛，讓她為了韓晨未來的發展去加入到對唐家仁的暗殺之中。
但是對於韓晨來說，唐家仁本來就是對他有恩的，而且也是帶他發展的老大，所以，他本來對於唐家是沒什麼非分之想。
這一點，通過之前過場動畫中唐永孝在給他們幾個打電話之中就能看得出來。
但是，偏偏他和黃誌成是“朋友”，黃誌成為了拔出唐家仁這個已經不受他們控製，甚至能量已經影響到警察威嚴的黑道皇帝，他隻能去利用韓晨以及他身邊的家人，讓這些黑社會自相殘殺。
或者說，黃誌成從頭到尾都沒有把韓晨當成朋友，他隻是站在警察的立場上，希望這些黑社會的龍頭全部去死。
玩到這裏，玩家們終於明白了為什麼開場時，黃誌成和韓晨在警察局中說的那些話，為什麼韓晨會說：“這樣的好人我寧可不做。”
因為這種好人會使他失去信義，失去做人最基礎的感情，但是，最該像是好人的黃誌成卻在這一刻徹底放棄了做一個好人。
總之，在劉建明的這一段故事之中，玩家們發現這個遊戲的名字為什麼會叫《無間道》，就是因為這部劇之中沒有一個人是無辜的。
在劉建明這邊成功的獲取了警局的新人，並且再次完成了幾個掃除黑社會的任務之後，玩家們就可以轉換成宋永仁的視角之中。
在宋永仁這邊，因為他在唐永仁去世之後，被警長知道了他是唐家仁的私生子，所以，為了自己繼續想要當“好人”的決心，他回到了唐家，成為了警察的臥底。
同時，也是在這個場麵裏，警方派去潛伏在唐家七年的臥底羅繼也因為陸啟昌下意識的一句話暴露了自己的身份。
接下來，鏡頭來到了在大排檔裏的唐永孝，他說出了一句很經典的話：“出來混，遲早都要還的。”但是，這裏不知道他是在對誰講，是在對自己講還是在對身邊的臥底說。
之後的遊戲故事，就是宋永仁開始了他的臥底生涯，為唐家做事。
在這一段遊戲內容上，玩家們真正體會到了《無間道》之中豐富的支線以及解密。
尤其是這種解密的環節，更是讓玩家們腦洞大開，樂在其中。