建武元年，即公元25年8月，劉秀抵達河陽，調吳漢等將包圍困守洛陽的朱鮪，並下旨招降。
但朱鮪擔心劉秀清算殺兄之仇，頑抗數月不願投降，劉秀當即表示：舉大事者不忌小怨！派人向朱鮪保證如果投降，決不清算，且官爵可保。
聽到這保證，朱鮪降了，劉秀也履行了諾言，封其為平狄將軍，扶溝侯，10月，劉秀入洛陽，定都於此。
洛陽既定，展望長安！
彼時，長安極度混亂，赤眉軍擁立的傀儡小皇帝劉盆子（這名兒……真棒！）建立了建世政權，擁兵三十萬，與劉玄爭奪關中。
劉玄遣李鬆等將與赤眉軍交戰，大敗而歸，死傷慘重，加之劉玄多疑，懷疑諸將，濫殺臣下，將軍王匡等歸降赤眉軍。
如此不過數月，更始政權土崩瓦解，劉玄也被迫向赤眉軍請降，獲封長沙王，後為赤眉縊殺。
劉邦：戰時懷疑諸將，濫殺大臣？這腦子……
嬴政：朕不理解，但是朕大受震撼！
項羽：加一！
劉秀聽說綠林軍、赤眉軍這兩大起義軍發生火並後，立刻派鄧禹西入關中，以觀時變。
此時，關中大饑，人竟相食，城郭為之一空，白骨露於野……
數十萬赤眉軍聚於長安，糧草不日即盡，隻得撤出長安，西走隴右補充糧草，途中為割據隴右的隗囂所敗，時值嚴冬，歲逢大雪，坑穀皆滿，士多凍死！
數十萬赤眉軍見此，隻能再次折回長安，並擊敗趁機進駐長安的鄧禹，迫使其退出長安。
聞聽鄧禹所率西征大軍征戰不利，劉秀即遣馮異前往關中，代替鄧禹指揮西征大軍。
馮異到後，鄧禹、馮異率軍再戰赤眉軍，複大敗，馮異僅帶少數親信棄馬步行才得脫身歸營，鄧禹則是敗走宜陽。
戰敗之後，馮異收攏潰散軍士，堅壁清野，沒多久後，雙方再戰於崤底，雙方均傾巢而出，直戰至日頭偏西。
大戰之前，馮異曾嚴選精壯之士化妝成赤眉軍，伏於道路兩側，見雙方力衰時，作為伏兵殺出，以致赤眉軍大敗，被馮異迫降八萬餘人。
崤底一戰，赤眉軍再遭重創，加之糧草已盡，不得不再次轉向東南，力圖補充糧草、兵馬，擺脫困境。
但很可惜，東、南兩個方向都是死路，秀兒早已算到赤眉軍敗必走東、南，因而老早便派破奸將軍侯進屯兵新安，建威大將軍耿弇屯兵宜陽，在東、南兩個方向堵截赤眉東歸或南下之路。
不久後，當劉秀得知赤眉軍主力南下宜陽時，即親率大軍馳援宜陽，與耿弇會師，共同阻擊赤眉軍。
劉秀親率大軍，於宜陽前線擺開陣勢，大司馬吳漢領兵為前鋒，中軍在後，驍騎、帶甲士卒分列左右兩側。
長途行軍，加之糧草匱乏，赤眉軍士氣已然低落到了極點，迎麵撞上劉秀布下的重兵後，赤眉軍根本無力再戰，且身後還有馮異所率追兵，再回關中已無可能。
絕境之下，十餘萬赤眉軍被迫請降，並向劉秀呈上得自劉玄處的傳國玉璽、七尺寶劍。
至此，起自新莽天鳳五年，縱橫山東十餘年的赤眉軍宣告退出曆史舞台。
劉徹：這秀兒……厲害！
劉徹無語了，別人都是幾萬幾萬的打，秀兒倒好，十多萬十多萬的收，這開掛實錘了。
在與赤眉軍激戰的同時，劉秀在關東一線派出虎牙將軍蓋延東征梁王劉永。
劉永，西漢梁孝王劉武八世孫，世代為梁王，居梁地（今河南商丘一帶，並非古梁州），在梁地素有威名，聲望極大。
（劉武，就是那個七國之亂時被漢景帝忽悠，幫忙擋住七國叛軍的家夥）
王莽攝政後，劉永之父劉立因結連漢平帝外家衛氏，被王莽所殺，梁國隨之除名。