工部即負責工程相關事項的部門，下設科研司、建築司、農業司、交通司。科研司也就是原先的科研院，負責研究各種科學技術，工藝技藝；建築司負責官方的各種設施建設，包括宮殿、官府的建設，城牆的修建，城市的建設等等；農業司則是掌管全國的農田、水利、林地等的開發和建設；交通司則是掌管道路、橋梁、隧道的修建和維護。
除內閣統管的六部以外，另外還有一些特殊的機構獨立於六部之外，比如禦林軍，黑冰台，宣傳部，華夏集團，華夏銀行等。
禦林軍下設近衛營、龍衛營、鳳衛營。近衛營一萬人，統領典韋；龍衛營五千人，統領張寧；鳳衛營則是五千人，統領趙雨。
黑冰台即原先的魅影和暗影，將魅影和暗影合並為黑冰台，但內部的機構設置並未改變，隻不過有了一個專門的部門，有了一個專門的辦事機構罷了。
宣傳部就不多說了，依然是原先的那個，隻不過也是重新進行了任命，改文書為宣傳員，正式納入大秦的官職。
華夏集團為國有控股集團，大秦皇室永久占有百分之三十的股份，商務司代表國家代持剩餘的百分之七十的股份，董事長由皇室成員擔任，副董事長由商務司委派。
設立華夏中央銀行，作為大秦的國庫，並由華夏中央銀行負責發行貨幣，華夏中央銀行作為獨立的金融機構，負責製定金融係統的規章製度，指導金融機構的正常運行。
央行之下，則是華夏銀行，具體負責各地的金融事務，包括存取錢，紙幣兌換，發放工資等等。
至於軍隊，則是單獨成立軍部，歸呂布直屬。
軍部下設陸軍部、海軍部、後勤部三個部門。陸軍部統管所有的騎兵和步兵；海軍部統管所有的海軍、水軍、戰船；後勤部負責負擔軍隊的後勤。
陸軍部現有軍隊一百二十萬人，其中騎兵四十萬人，步兵八十萬人，擴編為二十四個軍團，每個軍團五萬人。
其中四個騎兵軍團，各五萬騎兵；二十個混編軍團，各一萬騎兵，四萬步兵。
海軍部現有軍隊兩萬，大小戰船八百餘艘，其中最大的戰船可以容納士兵千餘人，火炮二十門，強大無比。
雖然現在直接入海還有困難，但是隨著科研院的研究，造船技術已經得到了極大的提高。
在軍政製度決定下來之後，關於一些其他的問題，也經過了激烈的討論。
首先是國家顏色的改變，荀彧等人認為每個朝代都有與五行相對應的德，也就是來自天意的合法性。
漢屬火德，故尚紅色，而水克火，今大秦新立，當用水德，水尚黑，故旗幟、軍裝、朝服都應使用黑色。
呂布想了想，軍隊還好，黑壓壓的一片可以給敵人造成壓迫感，可要是上朝的時候也是黑壓壓一片，就有些膈應人了。
於是找來張寧商議，張寧說道：“五德始終說源於戰國時期齊國的陰陽家鄒衍，乃是以五行之道演化而生。”
“大漢四百年，曾出現過數次變化。漢初之時，高祖自認為乃是黑帝降世，大漢為水德，尚黑色。然而武帝時，則改為土德，尚黃色。至王莽篡漢之時，又改為金德，尚白色。光武帝則是認為漢為火德，尚紅色。”