駐守西安府城的漢軍明智的選擇了投降，少量滿八旗和蒙八旗的軍士，被漢軍全部斬殺，或許到了這個時候，漢軍軍士鬱悶的氣息才徹底爆發出來，從京城出發的一萬漢軍，潼關之戰被硬逼著進攻，幾乎損失殆盡，若不是依靠部分的漢軍軍士操控紅夷大炮，恐怕一個漢軍軍士都不要想著活下來。
這一戰朝廷大軍收獲太豐盛，繳獲的黃金白銀超過四千萬兩，糧食四萬多石，還有十多門紅夷大炮，以及數量不菲的虎蹲炮、弗朗機等等。
黃金白銀以及糧草，絕大部分都是李自成通過追餉令獲取的，如今全部歸於朝廷。
留守西安府城的孔友德、耿仲明和尚可喜三人全部被活捉，因為看守漢軍軍士的疏忽，孔友德在營房裏麵自盡身亡，新任陝西總兵黃得功請示朱慈烺之後，毫不留情的斬殺了耿仲明和尚可喜兩人。
如何處置被看押的近三萬原大順軍軍士，令黃得功頭疼，這些投降的軍士，早就被殺戮嚇破了膽，進入軍中是不可能了，如果安置到地方上去，又需要有人看守，免得有些蠢蠢欲動之人從中作亂，還是朱慈烺一句話提醒了黃得功，這些大順軍的軍士，不久之前還是流民和百姓，讓他們回到地方去耕種土地，沒有多大的麻煩。
黃得功沒有多少學識，亦不會處理地方上的政務，也不耐煩做這些事，處置陝西各地事宜暫時以內閣大臣、兵部尚書史可法為主，因為需要處置的事情頗多，朱慈烺在西安府城停留了三天的時間。
陝西一地，嚴重缺乏地方官員，特別是地方的主官，史可法建議從南方各地抽調官吏進入陝西，擔任府州縣的主官，朱慈烺沒有采納這個建議，開年之後就是會試，朱慈烺內心已經有了定奪，在使用官員這件事情上麵，他要擬出來全新的條陳，要對全國的各級主官進行全麵的考核，徹底清理那些占著茅坑不拉屎的蠹蟲。
朱慈烺親筆寫下詔書，要求大同總兵薑驤前往西安府城，原徐州總兵胡華山出任大同總兵，至於說薑驤如何安排，朱慈烺還沒有考慮。
大同一地位置太過於關鍵，務必派遣得力之人駐守，至於說南直隸各地，不需要設立那麼多的總兵，譬如說廬州、徐州和鳳陽等地，不管是總督還是總兵，都要撤銷。WwW.com
大戰之後剩下的十二萬多軍士，楊文聰率領其中兩萬人，已經趕往山東德州，黃得功麾下近三萬人全部留在陝西，胡華山率領兩萬人趕赴大同，其餘軍士跟隨河南總兵孫明凱暫時返回河南，過了潼關之後，將交於四川總督馬士英指揮，進入四川徹底剿滅張獻忠。
史可法提出了建議，等候在湖廣鄖陽的鄧世秋，麾下有五萬軍士，馬士英若是率領十萬大軍近川，總兵力達到了十五萬人，剿滅張獻忠不需要如此之多的兵力，再說了，多爾袞若是真的領兵進攻山東德州，黃得功與胡華山率領的兵力進逼京城，看上去有些單薄，還是應該留下一部分兵力駐守河南，這樣陝西與河南兩地都能夠迅速穩定下來。
朱慈烺略微考慮之後，同意了史可法的提議，改由馬士英率領參加了馬欄山之戰的五萬精銳軍士進入四川，與鄧世秋率領的五萬大軍合兵一處，剿滅張獻忠，穩定四川的局勢。
征伐八旗軍的明軍還剩下五萬人，按照史可法的提議，其中兩萬人留在河南，歸於河南總兵孫明凱指揮，兩萬人暫時留在西安府城，準備進駐北直隸和京城，其餘一萬餘人跟隨皇上前往南京。
作戰繳獲的糧食全部留下，陝西與河南兩省各自分配兩萬石，繳獲的黃金白銀，陝西與河南兩省各自留下五百萬兩，其餘全部押解到南京去，扣除需要撫恤和賞賜的部分，還可以省下一千五百萬兩白銀，戶部的日子能夠好過很多了。
因為兵力的調動，馬士英率領等候的五萬軍士之中的三萬人經過潼關，抵達西安府城，其餘兩萬軍士原地等候，將要跟隨河南總兵孫明凱前往開封和洛陽等地駐守。
西安府城沒有遭遇過多的破壞，這讓朱慈烺略微的鬆了一口氣。
走上城牆的時候，朱慈烺看著身邊的馬士英開口了。
“馬大人，明日你就要率領大軍進軍四川了，朕調撥給你的五萬軍士，全部參加了馬欄山之戰，他們徹底剿滅了八旗軍之中的正白旗與鑲白旗，經曆了慘烈的廝殺，強悍的戰鬥力得到了上下的認可，加上鄧世秋率領的五萬軍士，一共十萬人，朕相信你能夠以最快的速度，徹底剿滅張獻忠，穩定四川的局勢。”