乾隆皇帝沒有想到，和珅瓦解林爽文起義軍的計謀還很奏效。林林爽文的起義軍開始出現瓦解現象，有許多村民紛紛倒向朝廷軍這邊。
乾隆五十二年十二月初一，福康安準備渡海出發，赴台作戰。乾隆皇帝又給福康安頒布諭旨，做出具體指示。
他說：廣東莊民同心向義，仇視賊寇。南路村民莊人，看見朝廷大兵雲集，林爽文匪寇紛紛瓦解，都懇請朝廷發給他們腰牌，作為良民憑證。
乾隆皇帝要求福康安所經的北路地方，對各村莊安分守己的村民發給腰牌，讓他們安心生活。這樣做既可以安定民心，也可以識別良民和匪寇的區別，以免官兵進剿後，不能分辨匪寇和良民，受到賊寇滋擾。
乾隆皇帝還要求，清軍進剿後，不能克扣當地老百姓的口糧，要按時足額發放，讓老百姓感到朝廷的恩惠，朝廷和林爽文匪寇是有區別的。
老百姓感受到朝廷的好處後，就會自然向朝廷軍隊靠攏，他們就會協同官兵，助力官兵一致剿匪。如果不能夠做到這些，不給老百姓按時足額發放口糧，老百姓就不會支持朝廷軍隊匪寇。
所謂“得民心者得天下，失民心者失天下”，就是這個理。後來的事實證明，朝廷的這些措施還是很起作用的。
不久，林爽文的部分起義軍開始投向官軍，甚至起義軍副帥莊大田的隊伍也因為散去的人數過多，不得不搬移家眷，躲避到偏僻的地方去潛伏，最後導致起義軍聲勢逐漸減弱。
相反，官兵的“義民”卻越來越多。他們支持官兵，給官兵帶路，甚至和官兵一起不斷地進攻林爽文的起義軍。他們衝殺在前，有力的改變了官兵的被動局麵。
福康安按照乾隆皇帝的諭旨行事，他在九月下旬又給乾隆皇帝寫了一封奏折，彙報了自己赴台後作戰的計劃。他在奏折中說：他準備由鹿仔港開始進剿，分南北兩路合力夾擊匪寇，使林爽文起義軍勢力分散，從而剿滅林爽文匪寇。
乾隆皇帝收到福康安的奏折後，當即召集軍機處大臣商議此方案，但是大臣們意見不一致，無法統一。
其實，乾隆皇帝本人就身經百戰的人，他看完福康安的作戰計劃也不怎麼讚同，覺得有不妥之處。
他認為柴大紀被久困諸羅縣城，彈盡糧絕，疲憊不堪，手下也隻有三千左右的弱兵，無法從南路合力夾擊。
參讚大臣恒瑞擁兵五千，長期坐守鹽水港，常青又在府城擁兵自守。萬一福康安進攻後，這些人不能及時跟不上去，福康安豈不成了孤軍作戰？
如果林爽文和莊大田再兩路合力夾擊，福康安豈不成了前後受敵，出於危險境地。福康安好歹也算是自己的兒子，怎麼能讓他冒這個險呢？考慮到這些，乾隆皇帝在奏折上批示道：此事不妥。
就現在的情形而言，先解救諸羅縣城。福康安到鹿仔港後，等把川、黔、廣西兵集結完成後，再率軍直抵著落縣城。常青的部隊守住台灣府城，兵力綽綽有餘，如果台灣府城失受，也是無力收複。
乾隆皇帝還在軍機大臣的麵前，親自誦讀了一遍柴大紀的奏折。乾隆皇帝念著柴大紀的奏折，竟然止不住淚水連連，滴下的淚水浸濕了柴大紀的奏折。