當吳全從寧遠城趕到大淩河堡之後，吳三桂立即開始對破虜軍的整編，將包括吳三輔帶來的那五百家丁一起編入了破虜軍中。
破虜軍分為左翼熊羆營兩千人，由吳雙率領；右翼虎豹營兩千人，由哈丹巴特爾率領；中軍一千六百人由吳三桂親自統帶，下轄親兵營和鷹揚營，其中五百家丁為親兵，由吳全統帶，鷹揚營一千一百人，由宋進計統帶。
關於軍職和軍銜的問題，吳三桂暫時不想將前世的那一套什麼士、尉、校、將、帥之類的東西拿過來用，因為這個東西雖然體係不錯，但是在眼下這個世界卻是完全生造，要讓士兵們接受起來會非常困難，除非日後建立軍校，從小培養軍官，否則暫時不會使用這一套東西。
吳三桂覺得，其實就以明朝現在的把總、千總、守備、遊擊、參將、副將、副總兵和總兵來作為軍職就可以了，至於軍銜，就對照利用已經接近廢棄邊緣的衛所製軍職就可以了，仍然以百戶、千戶、衛指揮使同知、衛指揮僉事、衛指揮使、都指揮使同知、都指揮使僉事和都指揮使來作為軍銜，正好可以一一對應。
比如把總是軍職，其軍銜一般就是百戶銜，千總是千戶銜，守備是衛指揮使同知銜……總兵是都指揮使銜。
當然，這些東西現在還用不著，因為連他吳三桂自己也還隻是一個小小遊擊將軍，哪有資格去設計這些東西？但是他很有信心在未來的一兩年的時間裏，成為威震天下的一鎮總兵，等到有資格開軍鎮、設幕府、稱大帥的時候再去考慮這些就晚了。
完成整編之後，吳雙、吳全和哈丹巴特爾就成為全職教官，一心一意的撲在對新兵的訓練上。
吳雙和吳全主要負責倭刀術和軍陣的訓練，軍陣主要來源於戚繼光的《紀效新書》。雖然吳三桂也曾經考慮過西班牙方陣，但是朝鮮的地形複雜多變，以丘陵為主，很少平原，大方陣恐怕施展不開手腳，還不如就用戚繼光的鴛鴦陣之類的小方陣。
而哈丹巴特爾則主要負責箭術，不管怎麼樣，現在與建虜的騎兵作戰的時候，弓箭仍然是利器。
雖然吳三桂也想裝備火銃和鳥槍，但是他已經見識過明軍的那些火銃和鳥槍了，威力實在太差，在馬上作戰的用途還不如弓箭。
吳三桂也不是沒有想過將自己掌握的一些未來的先進技術用於製造更先進的火槍。但是，戰爭從冷兵器過渡到熱兵器，絕非是可以一蹴而就的。
因為這光靠吳三桂有想法是沒有用的，必須要有強大的科研隊伍和生產能力才行，如今吳三桂的科研隊伍和生產作坊就是趙亮他們那幾個老家夥，他們充其量隻是合格的工匠，吳三桂就是能將自己的理念和知識灌輸給他們，也不可能造的出先進的火槍，況且有那工夫，還不如多花點心思在地雷的改進上。
所以，即使現在老趙他們真的能研製出成熟的火器，也絕不可能實現讓破虜軍完全裝備。火槍要形成戰鬥力，器械的製造工藝達到一定水準，不能有太高的故障率，太容易炸膛的火槍就是戰場上的災難。