博西勒把朱慈煥押到了巡樵衙門。書趣樓(.shuqulou.)在巡樵衙門裏，趙世顯親自審問，博西勒坐在趙世顯旁邊聽審。
趙世顯對朱慈煥的東家問道：「你是什麼人？」東家答道：「在下饒賜縣令李力遠，與王士元是故交了。」趙世顯說道：「你是讀書人，又是做官的，應該懂得律法，為什麼要窩藏這位朱某人，縱他違法？」李力遠不知道王士元就是朱慈煥，被趙世顯問得一頭霧水，便說道：「我平時隻知道讀書，不問世事。我不認識什麼朱某人，也不敢做什麼違法的事情。」
趙世顯說道：「那你說說，你家請的這個塾師是什麼人。」李力遠說道：「塾師名叫王士元，字潛齋，南方人，二十年前我在東平與他相識，前年冬天來家裏做塾師。他做過什麼違法的事，我不知道。」
趙世顯又把朱慈煥叫進來。朱慈煥進來之後，趙世顯對朱慈煥問道：「你是什麼人？」朱慈煥說道：「我是前朝皇子朱慈煥，原本被封為定王，事到如今，不得不說出實情了。」朱慈煥的回答差一點沒把李力遠嚇死。
趙世顯與博西勒二人對視了一下，互相點點頭。趙世顯問道：「朱慈煥，說說你怎麼會成了浙江人？」朱慈煥說道：「崇禎末年，李自成包圍了北京城。父皇把我交給王內官，我藏身在民間。城破之後，王內官把我獻給李自成，李自成又把我交給杜將軍。吳三桂打敗李自成，李自成逃出北京，當時有一位毛將軍把我帶到河南，把戰馬賣掉，買了耕牛，做起了農民。後來朝廷開始清查流賊，毛將軍害怕了，丟下我一個人跑了。那時候我十三歲，一個人往南走，在凰賜遇到一位姓王的老鄉紳，曾經在前朝做過黛史。我在他家住下來，改姓王，這才化名『王士元』。跟他的孩子一起讀書。十**歲的時候，王鄉紳病死，我離開王家，到江南的一虛寺院做了和尚。後來遇到餘姚一位姓胡的先生，也是官宦人家子弟，把我帶回家中，蓄髮還俗，還把他的女兒嫁給我為妻。我有幾間茅屋，半畝小園。大概的經歷就是如此。」
博西勒向趙世顯示意了一下，二人耳語了幾句，隨後趙世顯對朱慈煥說道：「現在江南發生了兩起反叛，打出的旗號都是要擁戴你為君主，恢復明朝。所以，現在需要帶你去對質。」博西勒說道：「你既然是朱慈煥，那就跟我走一趟吧。」
博西勒押著朱慈煥一路南下，王幹元那邊在暗中跟著，見博西勒押著朱慈煥並沒有往北去京城，而是向南走，王幹元沐來章等人心中甚是疑惑，便繼續暗中跟著。
博西勒一直把朱慈煥押到了浙江杭州。到了杭州府，這次朝廷又派了一個欽差大臣穆旦，由穆旦主審。其次除了博西勒還有鎮杭將軍、兩江總督、浙閩總督、江蘇巡樵、浙江巡樵等多位大員。
審訊開始時，欽差大臣穆旦便對朱慈煥問道：「你是王士元？」朱慈煥說道：「我本姓朱，名慈煥，改名王士元，是實。」穆旦問道：「你既為朱慈煥，朝廷待你不薄，為什麼要謀反？」朱慈煥說道：「我沒有謀反。幾十年來我改名易姓，隻是躲避禍端，我現在已經七十五歲，血氣已衰，鬚髮全白，我為什麼要謀反呢？清廷有三大恩於前朝，我感戴不忘，何嚐謀反？」
穆旦問道：什麼三大恩？」朱慈煥說道：「如今皇上誅殺流賊，與我朱家報仇，一也。凡我先朝子孫，從不殺害，二也。朱家祖宗墳墓，當今皇上躬行祭奠，三也。」朱慈煥抬頭嘆道：「我今年都七十五了，血氣已衰，鬢髮皆白，我要是造反，為何不趁著當初三藩作乳的時候，反而在清寧無事之日？況且所謂謀反者，必佔據城池，積草屯糧，招買軍馬，打造軍器，你看我幹過一件嗎？這類事情我一樣都沒做，隻是在山東教幾個孩童讀書，怎麼能有謀反之事？」
穆旦聽罷下令說道：「把浙江謀反的張某人帶來，問他誰是朱三太子。」手下人便把之前造反的張念一帶了上來。穆旦問道：「張念一，我且問你，你可知朱三太子是何人？」張念一聽罷答不上來，說道：「我們隻是借用朱三太子的名義號令百姓，其實並不認識他。」
穆旦又對李力遠問道：「這王士元在你家裏將近兩年，你果真不知道他的底細？」李力遠說道：「我曾經做過朝廷的命官，前輩曾經受過朝廷的誥封，朋友與君父哪邊輕、哪邊重，我還分得清楚。如果我知道他的底細，怎麼敢與他棋詩往來，毫不避人耳目？」