持續一年的奧姆真理教禍亂日本和埃博拉病毒危機，終於在九四年夏天結束的時候，隨著中國向日本提供了解救埃博拉病毒的疫苗，出現了轉折。失去了對高致死病毒畏懼的日本當局和自衛隊，開始對已經後繼無力的真理軍發動了氣勢洶洶的反攻。
其實，對於真理教打擊最嚴重的並不自衛隊大規模的反攻和圍剿，而教眾信仰的破裂。由於奧姆真理教的“真神”麻原彰晃號稱埃博拉病毒滅世的征兆，末世已經來臨，隻有信仰他才能夠得救。可現如今，不信仰他而且唾棄他的日本當局已經獲得了解救病毒的方法，現在不需要信仰他就能得救，而日本當局總之還讓大部分日本人感覺到安全和正常的，但動輒人道毀滅，用沙林毒氣屠城的奧姆真理教，在人們反應過來後，怎麼看都像恐怖組織。
失去了信仰的奧姆真理教不斷出現了教眾反水，將重要的地方教會組織所在地和幹部名單上交政府的情況。這使得基層的奧姆真理教組織遭到了重要打擊，甚至還出現了應該算最忠誠的真理軍士兵主動投敵，並且充當帶路黨，清繳真理軍城市遊擊隊的情況。
這樣的情況持續了近一個月後，真理教再度遭遇了重大打擊——真理軍實際的最高軍事指揮官青木元不知所蹤。外界推測他看出了奧姆真理教的窮途末路，不願為奧姆真理教陪葬所以才逃走了。考慮到這個“名將”埋葬了上千名自衛隊士兵的性命，就算他投靠自衛隊，自衛隊也不可能善罷甘休。
隨後這個名字變得特別有傳奇色彩，傳言日本自衛隊重金懸賞想要抓捕青木元，讓他付出代價；也有人自衛隊求賢若渴，希望冰釋前嫌，邀請這位軍事頭腦和天賦過人的將才加入自衛隊；還有人青木元早已逃離日本，去到了巴布亞新幾內亞，加入了一個用並組織，繼續著他的傳奇。
不管怎樣，青木元的消失，使得本來就算不上精銳的真理軍不僅群龍無首而大亂，而且失去了統一的指揮，各個真理軍分支在得不到有效支援的幫助下，最終被各個擊破，甚至直接向自衛隊繳械投降。
首相細川護熙也打出了“國家和解”的旗號，號稱隻要向政府和自衛隊投降，一切罪責既往不咎，為的就盡快平息這場持續一年時間的動亂，讓日本從壓抑和消沉中快速恢複正常。
這位頂住了辭職壓力，甚至不惜用戰時手段強硬解散國會，並且專斷獨行，雖然飽受非議，但不能不他的種種行動還真的有利於日本的。可隨著真理教瀕臨覆滅，日本上下絕對不能夠容許這樣一個首相繼續擔任下去，甚至還有一些人認為細川護熙對整場危機富有重大責任的，不僅無功，而且要追責。而細川護熙也確實犯了一些錯誤，屁股上不幹淨，為反對派將他放倒提供了口實。
真理教叛亂的餘波直到1995年年中才算徹底平靜，正常變亂之中，由於病毒和戰亂先後死亡的日本人，近三十萬人，在這樣一個現代國家幾乎難以想象的事情。且不論造成的人員傷亡，真理軍故意地破壞日本各大主要城市的設施，對於城市經濟圈造成了重大破壞。在這一年的時間中，日本經濟別增長，甚至還大傷元氣，硬件上的損傷總有一天還會建好，但由於長達一年時間日本產品無法出口國外，導致了如中國、南洋、朝鮮等國的商品迅速奪占了日本產品原來取得的高地。
由於埃博拉病毒的緣故，美國並沒有對日本進行多麼大的支持，雖然這並不不能理解的，但日美同盟關係還因此受到了一些影響。日本遭受這場危機所丟失的還不僅僅經濟、人口和信任等，東海之珠的釣魚島列嶼也被中國收回，雖然那裏無法興建大規模的軍事基地。但中國以援助日本為名在那裏搞了簡易的無人機基地，在那裏起飛的無人機可以探查到琉球甚至日本本土的軍事情報，日本在西太平洋地區的整個防守態勢都嚴重惡化了。這同樣美國十分憂慮的一方麵，於在日本結束其動亂之後，美國私下裏向日本表示，會對日本的國家正常化，以及軍事能力增強，進行必要的支持和增援。這讓很多日本的右翼勢力十分振奮，似乎借助中國不斷前出海洋而造成的“對世界和平的威脅”的大環境，日本終於可以慢慢地從二戰後那個被閹割的國家，慢慢轉正成正常化的國家了。中國海軍的力量不斷提高著，在1995年初公布的國防白皮書中，中國海軍的完整艦隊編製也第一次呈現在了世界麵前，引起全世界的大嘩。中國擁有7艘航空母艦，其中4艘002型核動力航母，2艘001型航母，1艘烏裏揚諾夫斯克級核動力航母；8艘075型兩棲攻擊艦，12艘船塢登陸艦；30艘055型神盾巡洋艦，8艘052a驅逐艦，52艘052d神盾驅逐艦；16艘054a護衛艦，24艘054b護衛艦，60艘056型輕型護衛艦；16艘戰略核潛艇，包括4艘094和12艘096，30艘戰略核潛艇，40艘常規動力潛艇。（武庫艦仍沒有披露）可能在絕對數量上中國海軍仍差美軍一籌，但從艦艇質量上來，美國海軍自己都不得不擦一把冷汗，因為中國攢出的規模如斯的艦隊，基本都八十年代以後的新艦艇，而且其中綜合戰鬥能力強大的神盾艦總數超過了一百艘（054b可以用作小神盾）。而美國擁有神盾艦的數量僅有這個數字的不到一半。再中國的潛艇，一直被認為世界上最致命的海軍武器之一。中國生產的aip潛艇也被若幹海軍大國爭搶。美國當時評估認為在近海地區活動的中國aip潛艇作戰效能不遜於美國的核潛艇，甚至在靜音能力上比洛杉磯級之流也強一些。