隨著朱國弼打開鳳台門，順軍由鳳台門經雨花台進入南京外城，勳貴們帶領的明軍守軍見順軍進了外城一下子崩潰，這些南京衛所軍和勳貴們的私家軍隊欺負一下老百姓還行，遇到順軍這樣的硬茬子一下子就原形畢露了。
聽聞雨花台被順軍占領，徐弘基和劉孔昭這兩個負責指揮的勳貴大驚失色，徐弘基本就年歲已高，聽到這個消息當場便暈了過去，劉孔昭則急吼吼地帶著明軍前往雨花台，便令孝陵衛明軍前來支援。
隻是此時明軍早已無心戀戰，眼看順軍穿過秦淮河，南京西側城門守軍紛紛打開城門，迎接順軍入城，劉孔昭的明軍剛趕到雨花台就被順軍團團圍住，反而被順軍困在了雨花台上。
而東邊孝陵衛的明軍接到劉孔昭的命令之後沒有離開，孝陵衛以守衛紫金山和孝陵為由拒絕了劉孔昭的命令，但是他們確實護衛在了紫金山下：
保衛孝陵是孝陵衛的衛所兵印在骨子裏的東西，他們雖然拉跨，但也並不懦弱。
得知孝陵衛的明軍沒有投降，李自成擔心順軍貿然動武毀壞明孝陵，趕緊派人通知進軍紫金山的李來亨，對他說道，
“太祖皇帝掃平群雄，驅逐韃虜，乃華夏之英雄，我等俱為華夏之人，決不能對太祖皇帝不敬，諸軍勿要在孝陵妄動刀槍！”
實際上李自成想多了，在明末農民軍各個頭領之中，也就八大王張獻忠和掃地王張一川這兩人在鳳陽搞了一波大的，其他農民軍首領其實大多對朱元璋是相當崇敬的，畢竟論造反，朱元璋才是真正的高手……
而且有意思的是，張一川和張獻忠後來都受過明廷招安，張一川在招安後還與張獻忠打了一仗，戰敗被張獻忠所殺，後來還被乾隆帝編入《欽定勝朝殉節諸臣錄》，成了大清認證的大明忠臣。
至於你說為什麼燒了皇陵的人能成大明忠臣，隻能說我大清估計還是考慮了一些別的東西的。
話說回來，李來亨趕到紫金山下之後自然沒有對孝陵衛的明軍動手，孝陵衛明軍也沒有出擊，雙方在紫金山下陷入對峙，不久李自成親自趕到紫金山，向孝陵衛明軍允諾決不碰孝陵一磚一瓦。
當然，如果孝陵衛明軍最後選擇負隅頑抗的話，李自成還是會下令強攻的，不過好在這種情況最終沒有出現，孝陵衛明軍在得到李自成的承諾之後最終選擇了投降，順軍順利占領紫金山。
到了這個時候，南京實際上已經被順軍占領，剩下的部分勳貴和他們的私兵根本不是順軍的動手，甚至順軍還沒動手，南京士紳們率先動手了：
南京士紳們帶領自己的護衛，煽動南京市民進攻勳貴，用他們的話來說，就是“為保南京則不得不除大明勳貴！”
於是大明勳貴們陷入了人民戰爭的汪洋大海之中，最後不得不各自退回自家府邸中，剩下的明軍陸續向順軍投降。
很快，不到一天的時間，南京城內的反抗勢力已經被肅清殆盡，在錢謙益的帶領下，南京文武官員和士紳代表在正陽門列隊，夾道歡迎永昌皇帝和他的順軍士兵進入南京。