既有原來闖營和農民軍的將領，也有投降過來的明軍將領，一起商討建立順軍新的體製。
首先就是軍隊編製，李自成在此正式宣布廢除順軍五營編製，將順軍五營改為五個集團軍，集團軍以下編製為師，團，營，連，排，同時，明軍降軍幾股大勢力重新整編，薑瓖部和唐通，白廣恩部合並成為山西集團軍；左良玉，劉良佐及原來黃得功的部隊合並為湖廣集團軍，原高傑部和劉澤清，許定國部合並為山東集團軍。
接著是中樞的體製，五軍都督府劃分轄區，五軍都督府改為東西南北中五個都督府：
其中北方都督府掌管山西，北直隸，北方都督府大都督為劉宗敏；
東方都督府掌管山東，南直隸，浙江，東方都督府大都督為李過；
西方都督府掌管陝西，貴州，四川，西方都督府大都督為田見秀；
南方都督府掌管福建，廣東，雲南，南方都督府大都督為劉芳亮；
中部都督府掌管河南，湖廣，中部都督府大都督為高一功。
五軍都督府負責具體的軍事指揮作戰和日常軍隊管理，即五軍都督府掌握“統兵權”。
兵部則負責發出命令和部隊的調動以及後勤政務工作，換言之，兵部掌握“調兵權”
同時，李自成準備將順軍中的一些原明軍將領，如左光先等將門出身的將領新組建一個總參謀部負責擬定作戰計劃和進行參謀工作。
這番改革下來文官們不太滿意，畢竟他們的一大塊權力被劃給了五軍都督府和未來的參謀部，但自古以來，開國初期都是武將們風頭正盛之時，文官們也隻能安慰自己當年大明文官能一步步把五軍都督府架空，今後文官們肯定也可以。
闖營將領們其實也不太滿意，參謀部的出現某種程度上對將領們權力的削弱是大於兵部的：
大部分順軍將領都沒什麼能力搞後勤建設，因此兵部拿走的權力他們本來也染指不到，但是總參謀部的出現變相拿走了將領們的權力：
將領們以後指揮作戰的權力被拿走了一大塊，以後他們就隻能依據總參謀部的計劃打仗了。
於是劉宗敏說道，“陛下，如果讓參謀部擁有擬定作戰計劃的權力，那我們這些前線當兵的是不是隻能照著他們劃定的計劃打？”
李自成說道，“理論上是這樣，但是具體的指揮作戰仍由各級將領負責，比如參謀部擬定的計劃是進攻某座城市，但具體怎麼打下這座城鎮就是各級將領的事情了。”
劉宗敏本來想說讓怎麼能讓這幫手下敗將給大家夥擬定計劃，但聽了李自成的話之後他終究還是選擇了沉默。
看劉宗敏沉默了，李自成知道自己這些陝西老兄弟還是不太滿意，但沒辦法，以曆史來看，李自成的這幫陝西老兄弟們的戰略能力真的捉急（當然曆史上李自成自己戰略能力也不咋樣），李自成隻能這麼安排。