其實早在崇禎十六年(1643年)年底，李自成在準備東征滅明的時候的同時就已經命令賀錦等率領大軍攻取河西走廊及河湟地區，以保障陝西的安全。
崇禎十六年十一月，賀錦在張掖派副將軍魯文彬南下青海湟水沿岸，準備進攻西寧。
與此同時西寧土司指揮使祁廷諫、祁興周父子及土司李天俞等糾合地方土司準備與順軍作戰。
接著祁廷諫等人便和甘肅莊浪土司魯元昌等土司歃血訂盟，約定一起夾攻起義軍。
崇禎十六年十二月，魯文彬率順軍攻至西寧城下，城中部分明軍守軍在“迎闖王、不納糧”口號的感召下，密謀起義響應。
祁廷諫等見情況危急，於是兵行險著，隨即率軍出城反撲，魯文彬猝不及防，被明軍擊殺陣亡。
此時駐紮在張掖的賀錦聽到魯文彬戰死的消息後大怒，隨即從張掖親率大軍，越祁連南下，在北大通與莊浪土司魯元昌遭遇。
順軍輕鬆擊潰魯元昌，魯元昌退守連城。不久賀錦揮兵追擊，攻克連城，殺魯元昌，進而乘勝攻下碾伯所。
崇禎十七年(大順永昌元年，1644年)，賀錦又率軍進攻西寧，祁廷諫、李天俞等人不敵，順軍攻克西寧城。
西寧被順軍占領之後，祁廷諫、李天俞等人隨即退守南川，並在生員胡璉器等人的策劃下，設下伏兵之計，在南川伏羌堡附近設下絆馬索和陷阱，誘賀錦輕騎深入。
此時連戰連捷的賀錦在連番勝利之後起了驕兵之心，孤軍深入，因而中計陣亡。
不過在賀錦陣亡之後，順軍的征戰並未停止。
就在賀錦陣亡之後不久，賀錦部將辛思忠統率順軍繼續征戰河湟地區，順軍很快再次擊垮了祁廷諫、李天俞的軍隊，並生擒祁廷諫、李天俞等明軍將領及土司，祁廷諫、李天俞二人被押往西安監禁。
曆史上祁廷諫、李天俞這兩人在清軍攻克陝西之後被清軍釋放，兩人隨之降清，並為清軍平定青海做出了巨大的貢獻。
而在這個世界，李自成忙於和清軍及明軍作戰，把這兩人忘了，西安其他人沒有皇帝的指示，也不知道皇帝究竟是什麼態度，於是事情就這樣拖了下來。
不過這兩人現在也沒什麼用，青海那些忠於大明的土司被順軍打擊之後早已一蹶不振，如今青海是固始汗的地盤：
固始汗這個家夥既有能力也有野心，其在崇禎十年受西藏黃教喇嘛的邀請進入青海，而在進入青海後固始汗先是消滅了卻圖汗，接著又消滅了康區的白利土司，又於十五年進入西藏消滅了藏巴汗，建立了黃教王朝，即和碩特汗國，並且在日喀則設立了汗庭。
不僅如此，固始汗為了穩固在藏地的統治，於1645年給自己的老師羅桑卻吉堅讚贈給“班禪博克多”稱號，從此後確立了班禪活佛轉世係統，藏地兩大活佛轉世體係自此成型。