在阿不都拉汗看來，葉爾羌汗國也成為大順的外藩的話，那麼準噶爾汗國就不敢對葉爾羌汗國動手了。
不過阿不都拉汗顯然是犯了想當然的錯誤，他認為自己主動要求成為大順的外藩，大順總不會拒絕吧？
然而，他不知道的是，大順也不是什麼外藩都要的。更何況莎車離北京那麼遠，在使者一來一回的這個時間已經足夠準噶爾汗國對葉爾羌汗國發動一場大戰。
事實也是這樣，在阿不都拉汗的使者剛剛出發之後不久，準噶爾汗國就派出大軍向著伊犁河穀發動了進攻。
進攻伊犁河穀是大順要求的，而且伊犁這個戰略要地是被大順點名要的：
伊犁這個地方不僅是有名的塞上江南，這裏土壤肥沃，水源充足，能夠提供充足的糧食產出供應駐軍，而且這地方位於中亞和西域的交界，是一個非常重要的交通樞紐。
其實準噶爾汗國也看上了伊犁，原本巴圖爾琿台吉是不打算把伊犁讓出去的，無奈順軍一再要求伊犁這地方必須歸順軍所有，巴圖爾琿台吉最終沒有辦法，隻能同意。
從大順堅持想要伊犁這件事，巴圖爾琿台吉也陡然發現大順對於西域確實還是相當了解的，不然不會眼光如此精準地鎖定了伊犁這個地方，這讓他歎了口氣，心想看來以後沒有機會耍小心思了。
不過和葉爾羌汗國的安排一樣，順軍承諾順軍隻要伊犁這個地方，伊犁城中的財富人口則歸準噶爾所有，順軍不會過問。
伊犁可是個富庶的好地方，想到伊犁城中那些財富，準噶爾士兵個個士氣高漲，況且他們有順軍這個後台，所有出征的準噶爾士兵都認為這場仗準噶爾必勝無疑。
氣勢洶洶殺向伊犁的準噶爾軍隊讓駐守的葉爾羌軍隊壓力倍增，但葉爾羌軍隊也不想輕易放棄伊犁：
放棄伊犁意味著葉爾羌汗國將徹底失去北疆，這是葉爾羌汗國所不願意看到的。
而且以準噶爾人的那副德行，一旦城破，伊犁怕是會被準噶爾人完全洗劫一空。
所以，葉爾羌守軍也打起十二分精神，一方麵趕緊派人去通知阿不都拉汗，一方麵又動員民眾上城牆協防，打造守城器械，準備和準噶爾軍隊死磕。
伊犁城中的軍民頗有些軍民同心的意思，在他們的奮力作戰之下，準噶爾軍隊多次猛攻都被葉爾羌守軍頑強的打退。
加上準噶爾軍隊缺少重火器，他們強攻多次無果之後隻能改強攻為圍困，準備硬耗下去，或者說迫使伊犁保持這種神經緊張的氛圍，直到順軍大軍趕到。
另一邊的葉爾羌軍隊雖然多次擋住準噶爾軍隊的猛攻，到自身損失也不小，在準噶爾軍隊的圍困之下士氣低迷。
最終，隨著第一批大順軍隊趕到伊犁，葉爾羌守軍心裏風險崩潰，最終伊犁還是沒能擋住準噶爾軍隊的攻勢，在堅守良久之後被準噶爾軍隊攻陷。。