2002年2月，在呈給參議院委員會的一份聲明裏，邁克爾·艾斯納嚴厲批評了喬布斯為蘋果iTunes製作的廣告：“某些計算機公司在整版的廣告和廣告牌上寫著‘扒歌、混製、刻錄’。換句話說，所有買這款計算機的人可以去偷竊，並把這個成果散布給他們的朋友。”
這並不是個髙明的評論。它誤讀了“扒歌”（Rip）的意思，認為廣告中有引導大眾“偷竊他人財物”（Ripsomeoneoff）的嫌疑，其實這是指從CD上把文件輸入計算機。更嚴重的是，這條消息徹底把喬布斯激怒了，艾斯納應該預計到這一點——這仍然不高明。皮克斯最近剛推出了與迪士尼合作的第四部電影《怪物公司》（MonstersInc.）並一舉超過前三部，全球票房達到5.25億美元。到了迪士尼和皮克斯即將續約的日子，艾斯納並沒有把事情變得更簡單，還在參議院上公開拆台。喬布斯覺得難以置信，他打電話給迪士尼的一位高層發泄不滿：“你們知道邁克爾對我做了什麼嗎？”
艾斯納和喬布斯分別來自東西海岸，生活背景不同。但是兩人有一個共詞點，那就是擁有強大的意誌力，並且不願意妥協。他們都熱衷製造好的產品，而這也通常意味著苛求細節，批評起人來絲毫沒有溫言軟語。為了研究出更方便的路線，艾斯納曾經一遍一遍地搭乘迪士尼樂園動物王國的“野生動物號”（WildlifeExpress）,以提升遊客體驗；這和喬布斯不斷研究iPod界麵、希望把界麵做得更加簡潔的做法極為相似。然而，兩人在管理人的方麵的確都不怎麼在行。
他們兩個都擅長逼迫別人，卻不喜歡被逼迫，所以當彼此試圖去威懾對方時，氣氛就變得很不愉快。遇到任何意見不合的情況，就傾向於認為對方在撒謊。此外，艾斯納和喬布斯都不認為自己能從對方那裏學到什麼，而且他們誰也不可能先低頭，哪怕是裝作自己不懂而需要討教。喬布斯把過失全部推到了艾斯納身上：
我認為最糟糕的事情，就是皮克斯成功地讓迪士尼重現活力，當迪士尼每況愈下時，皮克斯就一部接一部地推出精彩的電影。你可能會想，迪士尼的那位CEO會很好奇皮克斯是怎麼做到這些的。但是在我們長達20年的合作中，他來皮克斯拜訪的時間累計隻有兩個半小時，隻是發表幾句祝賀的話。他從來都沒好奇過。我十分震驚。好奇心是很重要的。
這話說得嚴苛了一點兒，艾斯納拜訪皮克斯的時間不止這麼短，有幾次來的時候喬布斯也不在場。但是艾斯納的確對皮克斯在藝術或技術方麵的造詣沒什麼好奇心。同樣，喬布斯也沒有花什麼時間學習迪士尼的管理方法。
喬布斯和艾斯納正式開戰是在2002年夏天。喬布斯一直都很欣賞沃爾特·迪士尼的創意精神，主要是因為他“培育”了一家能夠沿襲幾代人的公司。喬布斯把沃爾特的侄子羅伊看做是這一曆史傳承和精神的化身。羅伊依然在迪士尼的董事會裏，雖然他和艾斯納的矛盾也越來越大。喬布斯對羅伊說，在艾斯納任職CEO期間，皮克斯不會和迪士尼續約。
羅伊·迪士尼和他在董事會裏的一位親密同伴斯坦利·高德（StanleyGold）開始提醒其他董事關於皮克斯櫃絕續約的事情。這促使了艾斯納在2002年8月下旬向董事會所有成員發了一封措辭激烈的郵件，他堅信皮克斯最終會和迪士尼續約，一部分原因是因為迪士尼擁有皮克斯迄今為止製作的電影和動畫人物的版杈。他還補充，在皮克斯製作完《海底總動員》（FindingNemo）之後，迪士尼將在談判中居於更有利的地位。他寫道：“昨天我們第二次看了皮克斯將在明年5月發布的新電影《海底總動員》。這將是對皮克斯這些工作人員的真實考驗。這部電影雖然不錯，但是沒有他們之前的電影好。當然，他們肯定自認為很棒。”這封郵件出現了兩個主要問題：第一，郵件透露給了《洛杉磯時報》，這讓喬布斯暴跳如雷；第二，艾斯納預測錯了，大錯特錯。
《海底總動員》成為了皮克斯（也是迪士尼）到當時為止最火爆的作品，一舉打敗《獅子王》，成為了曆史上最成功的動畫電影，美國國內票房達到3.4億美元，全球票房髙達8.68億美元。截至2010年，《海底總動員》的DVD也成為史上最暢銷的DVD，累計售出了4000萬張。該片更是成為迪士尼樂園中最受歡迎的主題之一。此外，《海底總動員》的畫麵質感豐富細膩，在藝術方麵成就非凡，還獲得了奧斯卡最佳動畫長片獎。喬布斯說：“我喜歡這部電影，因為這是關於冒險，以及學會讓你愛的人也去冒險的故事。”《海底總動員》的成功為皮克斯的現金儲備增加了1.83億美元，並為和迪士尼的最終攤牌準備了5.21億美元的“戰爭資本”。
就在《海底總動員》製作完畢後不久，喬布斯向艾斯納開價，但這種過於一相情願的要求顯然會被拒絕。相對於現有協議下的五五分成，喬布斯提出了一個新的協議——皮克斯將擁有電影和卡通人物的全部版杈，而且隻分給迪士尼7.5%的發行分成。另外，在現有協議下的最後兩部電影——正在製作的《超人特攻隊》（TheIncredibles）和《汽車總動員》（Cars），將被轉人新的協議下。
不過，艾斯納還握著一張王牌。即使皮克斯不續約，迪士尼也有權製作《玩具總動員》和其他所有皮克斯製作過的動畫電影的續集，而且迪士尼還擁有合作產生的所有卡通人物，從伍迪到尼莫，就像擁有米老鼠和唐老鴨一樣。艾斯納已經計劃——或者說是威脅——既然皮克斯拒絕再做下去了，那就讓迪士尼自己的動畫工作室製作《玩具總動員3》。喬布斯說：“當你聽說有哪家公司要做《灰姑娘2》時，你肯定會覺得恐怖吧。”
艾斯納在2003年11月迫使羅伊·迪士尼離開了童事會，但是這場混亂並未結束。羅伊·迪士尼發布了一封言辭尖刻的公開信，信中寫道：“公司已經丟失了焦點，丟失了創意的能量，也丟失了傳統。”羅伊對艾斯納的不滿還包括沒能讓迪士尼與皮克斯建立一種積極的關係。到了這時，喬布斯已經決定不再與艾斯納合作。所以在2004年1月，他公開宣布與迪士尼停止談判。
通常情況下，喬布斯能夠控製住自己，不會把在家裏飯桌上和朋友探討的過激言論公開化。但是這一次他忍不住了。在一次和記者的電話會議中，他說，當皮克斯在製作精彩的作品時，迪士尼動畫正在生產“令人尷尬的舊衣服”。他嘲笑了艾斯納的關於“迪士尼為皮克斯的電影作出了創造性的貢獻”的說法：“事實上，我們已經多年沒有和迪士尼在創意方麵進行合作了。你可以比較我們的電影和迪士尼最近推出的三部電影在創意質量上的差別，兩家公司的創意能力一目了然。”除了建立一支更好的創意團隊之外，喬布斯還打贏了一場品牌大戰，皮克斯對影迷的吸引力已經不亞於迪士尼。當喬布斯打電話給羅伊·迪士尼，幫他打氣時，羅伊回答道：“我們認為皮克斯已經成為動畫界最強有力而且是最值得信賴的品牌。等‘邪惡的巫婆’死去，我們又可以一起合作了。”
約翰·拉塞特對喬布斯決定與迪士尼分家的消息大為震驚。“我擔心我的‘孩子們’，那些人會怎麼對待我們創造出來的這些角色呢？”他回憶道，“就像匕首刺中了我的心。”拉塞特在皮克斯的會議室把這一消息告知其他髙層人員時流下了眼淚；第二次流淚，是在工作室的中庭裏麵向約800名皮克斯員工講話時。“這種感覺就像，你有一群可愛的孩子們，而現在不得不放棄他們，而且還把他們交給了被控有虐童罪的人來收養。”之後，喬布斯走上了中庭的講台，試圖讓氣氛平緩下來。他向大家解釋了不再和迪士尼合作的原因，並保證：皮克斯作為一家具有標誌意義的公司，一直在向成功的目標邁進。一位在皮克斯任職很久的技術人員奧倫·雅各布（OreiUacob）說：“他有一種絕對的能力讓你去相信他。突然之間，我們都有了信心，無論發生什麼，皮克斯一定會成功的。”