喬布斯堅持端到端的控製也體現在其他鬥爭中。在員工大會上，他不僅攻擊了穀歌，也抨擊了Adobe公司的網站多媒體平台Flash，認為它是“懶人”做出來的東西，“漏洞多”，耗電高。他表示，iPod和iPhone永遠不會運行Flash。“Flash在技術上一團糟，性能差，並且有嚴重的安全問題。”他在同一周這樣對我說。
喬布斯甚至封掉了那些借助Adobe官方提供的轉碼器將Flash代碼編譯為能適用於蘋果iOS係統的應用。他鄙視編譯器，開發者隻用編寫一次代碼，然後通過編譯器就能把代碼移植到多個操作係統中去。“允許Flash跨平台移植，這意味著產品受限於所有平台都必須支持的特性，因而隻能是平庸至極的，”喬布斯說，“我們花費了很多精力讓我們的平台變得更好，如果Adobe隻能和所有平台都有的功能兼容，那麼開發者根本得不到任何好處。因此我們希望開發者利用蘋果更好的特性，這樣，在我們的平台上，他們的應用程序能比在其他平台上運行得更好。”在這個問題上，他是正確的。如果蘋果放棄了讓平台與眾不同的能力——允許它們像惠普和戴爾的機器一樣變成大路貨——那這也意味著蘋果自身的死亡。
此外，還有一個個人原因。1985年，蘋果投資了Adobe公司，兩家企業聯手發起了桌麵出版革命。“我幫助Adobe公司成名。”喬布斯稱。1999年重回蘋果後，喬布斯讓Adobe公司為iMac及其新操作係統製作視頻編輯軟件和其他產品，但是Adobe拒絕了，並專注於為Windows開發產品。不久之後，Adobe公司的創始人約翰·沃諾克（JohnWamoek）退休了。“沃諾克離開後，Adobe公司的靈魂也消失了。”喬布斯說，“他是我願與之打交道的創新者。他走以後，留下的隻是一群西裝革履的家夥，Adobe公司也變成了垃圾。”
博客圈的Adobe布道者和Flash支持者開始抨擊喬布斯，認為他的控製欲太過火了。於是，喬布斯決定撰寫並發表一封公開信。他的朋友，蘋果董事會成員比爾·坎貝爾專程前往喬布斯家中通讀這封信。“是不是有種我在給Adobe挑刺的感覺？”他問坎貝爾。“不，你寫的都是事實，就這樣吧。”坎貝爾回答道。這封公開信大多著眼於Flash的技術缺陷。盡管有坎貝爾的指點，但是喬布斯在公開信的結尾處還是禁不住感慨於兩家公司之間的曆史糾葛。他指出：“Adobe是最後一家完整采納MacOSX標準的大型第三方軟件開發商。”
那年晚些時候，蘋果提高了對跨平台編譯器的一些限製，而Adobe公司則推出了能夠利用蘋果iOS係統主要特性的Flash創作軟件。這是一場痛苦的戰爭，但喬布斯占據了更大主動權。最後，它推動了Adobe和其他編譯器開發者更好地利用iPhone和iPad的界麵及其特性。
而當蘋果意欲嚴格控製哪些應用程序可以下載到iPhone和iPad上時，喬布斯承受了更大的壓力。防範含有病毒或侵犯用戶隱私的應用程序理所當然；要求涉及訂閱的應用程序必須讓用戶通過iTunes商店訂閱而不能跳轉至其他網站進行訂閱也有其商業上的道理。但是喬布斯及其團隊更進一步：他們決定禁止任何詆毀他人的應用程序，不論是具有政治爭議性的，還是被蘋果審查員視為含有淫穢內容的。
當一個以馬克·菲奧裏（MarkFiore）的政治漫畫為藍本開發的應用程序被拒時，蘋果試圖扮演保姆的問題就凸顯出來了。該應用因攻擊布什政府的虐囚政策而被認為違反了不許詆毀他人的禁令。2010年4月，菲奧裏臝得了普利策社論漫畫獎，蘋果的決定也被公之於眾，並遭到嘲笑。蘋果不得不收回成命，喬布斯也公開致歉。“我們對自己的錯誤感到愧疚，”他說，“我們盡可能做到最好，也盡可能快地學習一但我們的確曾以為這條規定是有道理的。”
這已經不僅僅是一個錯誤了。如果我們想用iPad或iPhone，那麼蘋果就能控製我們可以看到和下載的應用程序。喬布斯似乎又成為奧威爾筆下的老大哥的危險，而也正是他在麥金塔的“1984”廣告中令人歡欣鼓舞地摧毀了老大哥。喬布斯對這個問題十分上心。有一天，他打電話給《紐約時報》的專欄作家湯姆·弗裏德曼（TomFriedman），討論如何畫定界線卻又不至於落得審查者的臭名。他要弗裏德曼畨領一個谘詢小組，幫助自己畫定界線；但是弗裏德曼的出版商表示，這樣做存在利益衝突的問題，因此谘詢小組的事情也就不了了之。
色情作品禁令也帶來了麻煩。“我們相信，蘋果有道德責任讓色情遠離iPhone，”喬布斯在回複一位消費者的郵件時寫道，“需要色情的人可以用安卓。”