江左終於見識到了北府那龐大的戰爭機器，證實了傳說中的事實。東路，徐當率領五萬北府軍，一路攻陷淮陰，臨淮，射陽和高郵，範六叛軍又重施慣技，領著殘軍逃回了鹽瀆，誰知北府的第二近海艦隊卻在鹽瀆東邊的海麵等著他們，無路可逃的範六立即投降，但是北府軍卻沒有因此而放過他。範六和他的兩千親信黨羽被押解回了淮陰，在這座他曾經稱帝的城池裏，北府官員當著數萬百姓的麵曆數範六及其黨羽的累累罪行，然後將這兩千餘人盡數押到淮河邊，以謀逆大罪全部斬首。為害徐州數年的範六叛逆終於被肅清了。
徐當大軍繼續南下，臨澤的袁瑾和朱輔率領數千朝歌軍負隅頑抗，最後在兩萬北府軍的雷擊之下先後身死，餘部五千餘人盡降。
江左朝廷駐紮在臨淮盱眙的是東海太守劉波，他在數萬北府大軍團團包圍下，還沒有等到朝廷的詔書便出城投降，交出了官印和手裏的兵馬。駐守廣陵的桓石虔卻沒有那麼好說話，他在北府大軍的包圍下守住廣陵城死活不吭氣，既不開打也不投降。但是到了第五日朝廷卻送來了一道措詞嚴厲的詔書，要求桓石虔在內的各路人馬必須聽從北府的調度和指揮。
桓石虔淚流滿麵地麵向建康跪拜施禮，然後交出了軍隊和廣陵城，黯然地帶著家人趕往許昌待罪。
徐當隨即攻入海陵（今江蘇泰州），接著在北府海軍第四近海艦隊的配合下遣軍渡江取了京口。京口現在已經群龍無首，而且兵力空虛，就這樣落入了北府之手。而徐當在廣陵停了下來，開始穩定起徐州的局勢，十一月，北府從冀、並州抽調了三萬府兵，增援東路作戰。徐當遣王開、朱武章領三萬大軍南下，歸於中路柳畋統轄，接受統一指揮，平剿三吳叛亂。而也在這一月，曾華上表任命的徐州刺史章琨在彭城上任。
中路，柳畋領兩萬大軍渡江之後一舉擊破桓秘、桓濟、桓熙的叛軍，收複建康城。桓秘叔侄擁會稽王司馬道子彙合城外的袁恩軍，倉惶東逃，準備逃回老巢京口。誰知在路上袁恩突然發難，布下伏兵將桓秘、桓熙、桓濟連同司馬道子數百人盡數殺死，算是會為其義父袁真報仇。在逃回臨淮的路上，灌秀突然反正，斬殺袁恩及其親信三百餘人，奪回桓秘叔侄以及司馬道子的首級，領軍向建康投誠。
柳畋坐鎮建康，先接收了桓衝的兩萬官兵，繳械整編，而桓衝上表朝廷，辭去所有官職，並傳令揚、豫、廣、徐、交諸州兵馬原地待命，不得異動，而自己帶著家人赴許昌待罪。
十月中，柳畋彙集了五萬後續從司、豫、兗州調集的府兵，遣閻叔儉為前鋒，領軍與王開、朱武章部彙合，直下三吳。十一月，北府軍在陽羨大敗孫、盧叛軍，斬首四千餘，餘部分串吳興郡和會稽郡。而就在十月，接到命令的北府近海第三艦隊彙集了一萬水兵和五千水手輔兵，一舉收複了上虞、句章、餘姚和山陰，直接端了孫泰的老巢。接著又繼續攻陷了永興，與早就接過防務的錢塘連成一片。
孫泰見去路已斷，隻得轉向逃往吳郡，王開、朱武章領軍緊追不舍。孫泰殘軍從三萬一路逃散，最後所剩無幾，但都是他最忠誠的信徒。逃到海鹽，孫泰無路可逃，隻得跳海自盡，三千餘信徒也跟著他一起跳海，一起成為水仙登入仙堂。
而盧悚見吳郡和吳興郡都去不了，隻得調頭南逃。十二月，盧悚殘軍三千餘逃入吳郡桐廬，被寬闊的浙江所擋。看到前無去路，後有追兵，大弟子許龍突然發難，準備用師傅盧悚的人頭去將功贖罪，誰知卻被盧悚知道了，立即先動手反擊。兩票人馬在浙江邊上打得死去活來，等閻叔儉領軍趕到時，盧悚殘軍沒剩幾個人了，隻得束手就擒，而那位可憐的廢帝海西公卻死在亂軍之中，隻留得一具幹瘦的遺骸。
盧悚等七百人被押解到建康，與孫泰殘餘生還的家人親信五百餘人，盡數被斬首於東吳門前，至此，波及三吳的孫泰、盧悚五鬥米叛亂終於告終。
但是北府並沒有就此罷手，柳畋奉天子詔書，宣布孫泰、盧悚等三百九十一為妖人，其中原本在建康和三吳諸地呼風喚雨的妙音，於法開等僧侶也名列其中。所有還生還的“妖人”被遣兵從各地搜捕出來，押至建康盡數斬殺，家人盡數發配西州、昭州。當然了，許邁、許謐、楊羲、杜子恭等真正潛心修道的天師道名流被網開一麵，隻是被訓斥一番，勒令不得再擅自傳教，全部送至北府長安和洛陽國學中。
十二月，曾華上表任命的揚州刺史皇甫真帶著一幹郡守、縣令到建康上任，連經戰亂，徐、揚兩州地方官吏死傷慘重，空缺甚多，現在皇甫真和章琨帶著數百名抽調出來的北府官吏，正好填補了這些空缺，很快就讓徐、揚兩州政務走上正規。
柳畋等人卻沒有停下來，他們開始指揮北府兵馬收編地方官兵，靖肅地方。至此大亂，那些最忠誠信仰五鬥米道的信徒都隨著孫、盧二人死傷殆盡，剩下的多是有事求神的信徒，看到朝廷這麼大的動靜，自然是個個嚇得不敢再說自己是五鬥米信徒。而這個時侯聖教更是加快傳教步伐，一邊幫助地方安撫恢複，一邊大修教堂，擴張影響力。
更慘的是原本在三吳勢力強大的世家，他們中過半被孫、盧叛軍所殺，家中錢財被掠一空，部曲佃戶盡數逃走；還有一部分世家或者迫於無奈，或者出於野心加入到孫、盧叛軍之中，北府平叛大軍一來，他們依舊逃不出滅頂之災的結局，首要族人被殺，家產被沒收，族人盡數發配邊州。隻有少數世家躲入山中，及時逃得性命。如此算下來，三吳整個世家體係真的是損失慘重，就是王、謝、郗等頂尖的世家名門在三吳也損失了眾多的子弟和族人，而其餘各家幾乎是菁英盡失，再加上被殺的各地郡縣官吏，使得富庶的三吳之地一下子形成了一個權力真空。當皇甫真等人看到如此情景後對曾華在自己臨來江左時所說的那句話深有體會-這些舉事叛軍的破壞力是驚人的。
在西路，張渠率領益、雍、梁、秦四州府兵廂軍，兵分四路，一路以鄧羌為主將，統領三萬兵馬，從魯陽出發，一路攻陷了南陽宛城，做為北麵進攻主力；一路以楊安為主將，統領兩萬兵馬，從汝南出發，先攻陷鍾武（今河南信陽），再取江夏安陸，最後直至夏口（今湖北武漢），切斷荊州與江、豫、揚州的聯係；第四路以呂光為主帥，統領一萬五千兵馬，從上庸殺出，先攻陷了房陵，再取了編縣和那口城，將襄陽和江陵隔開，把整個荊州分成兩截；張渠以毛當為前鋒，自領五萬大軍，從巴陵順水而下，先取了巫縣，再取秭歸、信陵，直接威脅荊州的州治-江陵。
在襄陽的桓豁的確如謝安等人預料的一樣，處於進退兩難的地步。他的兄弟子侄在江東造反，一舉攻陷了建康，不但趕跑了天子和太後，還大肆殺戮朝臣和名士，最可惡居然還立了偽帝，自己給自己上封號，曆史那些亂臣賊子該做的事情桓秘他們幾乎都幹絕了。
舉兵討伐自己的兄弟和子侄，朝廷信嗎？天下人信嗎？坐在荊襄不動，靜觀其變，這和與桓秘合謀有什麼區別？桓豁在襄陽左右為難，手下一幫將領卻鬧翻了天。以征西將軍司馬謝玄、征虜將軍朱序、奮勇校尉劉牢之為首的一幫將領或是謝安一係，或是桓家多年好友，不管怎麼說還是比較相信桓豁不會同流合汙，因此他們希望桓豁“勇敢地”站起來，舉起大旗，堅決與桓秘一夥人做鬥爭；以梁王、南郡太守司馬續之和江夏相、西中郎將謝蘊為首的一派卻不怎麼相信桓豁是清白，他們想的更多的是要防止桓豁不要和桓秘同流合汙，否則局勢將更加危急。所以他們要求桓豁先行自己解職，再公推另一位非桓氏將領為荊州刺史，領軍東征討逆；