朝鮮國王求援於明朝——八道已失，僅靠自己的力量已然無法阻擋。明政府一度擔心朝鮮與日本同謀，欲假借向明求援，引明軍進朝鮮以殲滅之。在朝鮮使臣的遊說，以及多方麵戰略考慮和情報搜集後，明政府允許朝鮮政府渡過鴨綠江，在明政府控製區內居住。
先期，明朝對日本軍隊數量的判斷失誤，但很快調集了大量兵力，步騎兵共43000餘人，渡過鴨綠江。1593年，明軍方麵通過假意和談，麻痹日軍，突然出擊至平壤城下。雖然日軍配備了優於明軍火銃的火繩槍，但明軍卻從南方運來了威力強大的火炮——佛朗機炮、虎蹲炮、滅虜炮等數百門。
日本國內缺鐵，且軍隊為各封建主私有，無法充分調動資源製造。僅有的火炮也不過是射程一兩百米的小炮，而且還主要用來裝備海軍，陸軍僅裝備了火槍——射程不及明軍火炮的十分之一。這讓日軍將士成為大炮的活靶子——駐守平壤的日軍很快被打退。平壤大捷加速了日軍第一次朝鮮戰爭的失敗。
海軍方麵，日本這個時期的海戰能力較弱，被朝鮮將領李舜臣兩度擊潰，主力精銳部隊被殲，是為“閑山島大捷”。此役後，日軍水師完全喪失製海權，無法運送軍糧，致使陸軍部隊無以為繼，隻得與明軍講和——明軍一意主和，撤走主力軍，而日本方麵仍然占有朝鮮南部四道，並已牢牢控製朝鮮半島南端，修建防禦工事以及儲備糧草，為再度攻擊作準備。這種議和讓朝鮮方麵感到不滿，一方麵因為日軍沒有撤出半島，另一方麵和談把朝鮮排除在外——在我的地盤上打仗，卻把我排除在外。明、日之間的和談在雙方使者的欺上瞞下之間完成。
1597年，不滿於戰果的豐臣秀吉發動了第二次對朝戰爭。這次的準備顯然比上次要充分得多，共有陸軍14萬餘，水軍2萬餘。次月，明軍再度援朝，分批共派出8萬兵力。日軍主力在稷山被明朝軍隊擊敗，海軍也被朝鮮將領李舜臣在鳴梁海麵重創。明朝援軍繼續入朝，進擊加藤清正和小西行長部隊。1598年8月18日，豐臣秀吉憂鬱而死，日本撤軍，到12月全部撤出朝鮮，第二次侵朝徹底失敗。
與20世紀50年代的美軍一樣，豐臣秀吉在“錯誤的時間，錯誤的地點，發動了一場錯誤的戰爭”。此後，日本新政府意識到對大陸地區擴張的時機還遠不成熟，兩國關係轉向和睦。
此次中日在朝鮮半島對抗，牽製了明朝約20%的兵力。對於本身稅率極低的中原王朝來說，援朝戰爭耗費了大量的國力，加速了明末財政的崩潰。朝鮮王國在戰爭中幾乎領土全失，導致百業蕭條，多年仍不能恢複。
明朝後期，東北的女真政權崛起，統一滿洲各女真部。1616年，努爾哈赤建立大金，1618年開始公開起兵反明。此時朝鮮、後金、明朝在東北部形成複雜的三角關係。但1636年，清軍攻占朝鮮，國王投降，改向清朝朝貢，成為清朝的冊封國。
清朝後期，中日再一次在朝鮮半島對話。
18世紀至19世紀，朝鮮王朝危機不斷。廣大商人要求朝鮮開放國門，而政府則堅持和清朝一樣閉關鎖國。1866年，法國以朝鮮殺害法國神甫為由，派軍艦入侵江華島，被擊退。1871年，美國人入侵大同江，又失敗。由此，朝鮮政府多次重申“鎖國令”。
而這時的日本，經曆了明治維新，擴張意識明顯——身為島國，一旦有擴張想法，朝鮮半島是最近的、最好的目標。
不過在染指朝鮮半島之前，日本就已經對東亞重要戰略島嶼台灣島下手——1874年，日軍在琅嶠登陸，進攻台灣的清軍。不過此時兩國國力懸殊，國際輿論也不站在日本方麵。然而清廷還是兼並了琉球，並得到50萬兩白銀的賠款。
很快，日本對朝鮮動手了。1875年，日本派軍艦進入江華灣，在永宗島登陸，次年與朝鮮簽訂《江華條約》——此條約成為朝鮮主權被破壞的開端。之後，德國、法國、俄國、奧地利、意大利、丹麥、英國、比利時、美國等紛紛與朝鮮簽訂類似條約。朝鮮社會矛盾日益尖銳，1882年，改革派在日本政黨協助下，策動了壬午兵變。
兵變中，起義士兵殺死日本公使館官員，攻入王宮，王室隻得向清廷請援。清廷派吳長慶率3000兵入朝鮮鎮壓兵變，從此日本和清朝均在朝鮮駐軍。1884年12月4日，開化派和日本公使一起策劃，依靠日本軍隊發動政變，殺死守舊派官員，宣布和清政府斷絕關係，是為“甲申政變”。袁世凱統率的清軍應守舊派要求，於6日開進王宮，擊敗日軍，殺死開化派首領，部分開化派首領逃往日本，守舊派重新掌權。不過，糾纏多日後簽訂的《天津條約》中，日本仍取得了向朝鮮派兵的權力。
從這一時期到甲午戰爭爆發，是中國在19世紀下半葉最好的一段時期。在此期間，國內無大亂，遠東的國際環境緩和，中國與西方各國都處於和平狀態。以“富國強兵”為目標的洋務運動，曆經30年，效果明顯。當時中國的國勢並不比日本弱。英國權威人士評論說：“亞洲現在是在三大強國的手中——俄國、英國和中國。”