對於溫體仁等人的劾奏，崇禎帝並不以為然。後來，宣府太監王坤秉承溫體仁意旨，誣蔑周延儒編造的“羲皇上人”這句狂言是皇上說的。其實這句話的發明者是王坤本人，並不是周延儒。崇禎帝見問題牽扯到他頭上，於是將這句話提出來追問。周延儒有口難辯，加上溫體仁一夥又揭發出他收受巨盜神一魁賄賂，他的一些黨羽相繼失勢。處於絕望境地中的周延儒不得不急流勇退。以患病為名，辭官罷歸了。
這樣，溫體仁順理成章地成了內閣首輔。
一朝失勢
溫體仁一味醉心於排斥異己，打擊政敵，感覺到自己樹敵太多，恐怕會招致別人報複。為了不給別人留下把柄，凡是他呈給皇帝的上疏，以及內閣擬定的有關文件一概未存入檔案，企圖毀滅罪證。
在溫體仁輔政期間，上疏彈劾他的人不計其數。這些人不但沒有扳倒溫體仁，反而引火燒身。有的被罷官，有的被流放，甚至有人被當場杖擊而死。
但是陰謀家總有失算的時候。
明史記事本末
溫體仁陰狠毒辣，表現之一就是對得罪過他的人一輩子也不放過。錢謙益被他排擠掉以後，一直閑居鄉裏，與當時一些文人儒士往來酬唱，日子過得倒也逍遙自在。一日，有個叫張漢儒的地棍忽然找上門來，請求錢謙益幫忙辦一件私事。錢謙益知道這個人品行不端，所以一口回絕了。張漢儒對這件事懷恨在心，竟然跑到京城告錢謙益的黑狀，硬說他在鄉裏結交了一幫朋黨，整日散布怪論，誹謗朝政。
溫體仁借這個機會逮捕了錢謙益等人。錢謙益覺得冤枉，遂向司禮太監曹化淳求救，說張漢儒之所以敢告這樣的刁狀，原是就利用溫體仁與錢謙益之間的宿怨。他得知此事後，隨即給溫體仁打了個招呼。溫體仁自恃皇帝寵信，又把這件事添鹽加醋，密奏給了崇禎帝，要求一並處置曹化淳。曹化淳可不是好惹的。他所掌管的司禮監是皇帝身邊的要害部門。明代專權的許多大宦官都出自這個部門。而且司禮監向來和內閣在權力控製上有矛盾。溫體仁想乘機對司禮監進行壓製和打擊，但沒想到崇禎帝把溫體仁的密奏讓曹化淳看了。曹化淳嚇出了一身冷汗。溫體仁競想整掉他！一不做，二不休，曹化淳毛遂自薦，要求親自掛帥審理錢謙益一案。
曹化淳派特務四出偵查，弄清了張漢儒的奸狀和溫體仁密謀的內幕。他把這些情況詳細報告給崇禎帝。崇禎帝這才恍然大悟，知道在朝廷內已形成了一個以溫體仁為首的朋黨。溫體仁一看大事不妙，又使出他的慣用伎倆，裝病在家，等著皇上去安慰、挽留他呢。崇禎十年（公元1637年）六月的一天，溫體仁正同家人吃飯。忽然有太監傳皇上聖旨，令削去溫體仁官職，廢為庶民。溫體仁一下傻了眼。“當”的一聲，手中湯匙掉在了地上。
溫體仁回到烏程老家後不到一年，便一命嗚呼了。
六年之後，李自成克京，清兵入關，崇禎上吊，明朝滅亡了。
溫體仁輔政八年，沒有提出過任何經國濟世的方略，沒有建立過任何利國利民的功業，是一個十足的庸材，但在結黨營私、玩弄權術上卻是一個高手。《明史紀事本末》記載，明亡前夕，禦史吳履中上書總結崇禎治國之失時說：“溫體仁托嚴正之義，行媚嫉之私，使朝廷不得任人以治事，釀成禍源，體仁之罪也。”但是崇禎帝就因為溫體仁“斤斤自守，不殖貨脯”，所以“始終敬信之”，結果在短短幾年之內將明朝拖進山窮水盡的絕境，可謂罪不容誅