六點五十六分，123號航班就從雷達上消失了。
六點五十七分，日本航空自衛隊的兩架F4戰機從茨城縣起飛，同時日本防衛廳、警察署、消防廳等相關機構也開始展開搜索行動。
晚上七點十五分左右，駐日美軍橫田基地的一架c120運輸機最早趕到了現場，這時天已經黑了下來，隔很遠飛機上的人就看到，山間裏有什麼東西正在散發著紅色的光芒，等到飛機駛近他們才看清楚，在下方山頂覆蓋幾公裏的地方，正在發出著一片巨大的火光，到處都是飛機的殘片，123號航班已經在山間裏解體了。
航班墜毀的位置在群馬縣上野村大須高嶺的山丘附近，是一片充滿落葉鬆的原始森林，由於墜機點存在巨大的煙霧，山區裏又極為黑暗，探照燈無法照到地麵，再加上從現場的情況來看，不像是還有生還者，於是現場的指揮官決定，搜救隊當晚在距離現場六十公裏外的一個村子裏休息，第二天一大早再進入山區。
八月十三日早上九點，陸上自衛隊第十三連隊從陸路抵達了事發的地點，其他的救援力量也陸續到達了現場，全麵的救援終於展開，剛來到墜機的山坡，搜救隊就開始在隨處發現一些個人的物品，有人穿的鞋子、衣物還有一些變形的行李，再往更深一點的地方走去，他們很快就看見了更恐怖的場景，在幾片殘破的飛機外殼內，裝的滿滿的都是屍體，絕大多數的屍身都不完整，有些缺了頭部，有些隻剩下了大腿部位，還有些被完全燒成了焦炭，有時搜救隊隨便拿一個什麼東西，就是一個人身上的器官，整個山丘上到處都是殘缺的遺體，簡直就是人間地獄。
幾個隊員移動到斜坡下的位置，猛然間見到有隻手掌從殘骸裏伸了出來，現場居然還有生還者，經過一上午的尋找，他們相繼發現了四名幸存者，包括一位休假的空姐，一對被困在殘骸裏的母子，以及一名暈倒的初中女生，但除此之外再也沒有找到其他活著的人。
十四日淩晨五點，勘測隊在大須高嶺的山脊位置找到了123航班的黑匣子，同時還收到了一張被附近的民眾拍到的，123航班在失事前的飛行照片，有了這兩條重要的線索，調查很快就有了重大的突破。從照片可以看到，123航班的艙門並沒有出現明顯損壞的跡象，起落架的部分也沒有出現明顯的問題，然而它的垂直尾翼幾乎已經完全消失，調查組還從黑匣子的語音對話裏，發現了一個更可怕的地方，那就是飛機尾部液壓係統的壓力艙壁，也很可能在事故當時損壞了。
飛機的液壓係統，負責將飛行員在操作杆上的操作，通過液壓傳遞到飛機的方向舵、升降舵與蝠翼等各個部件上，以此來對龐大的飛機進行控製，是飛機上一套極為重要的係統，一旦位於飛機尾部的壓力艙壁損壞，就會導致液壓油無法傳遞到飛機的各個部件上，那麼即便是經驗再豐富的機師，也無法再對飛機做出有效的控製，可問題是，如果真的是這樣，他們又是怎麼在一架無法操作的飛機上，掙紮了長達三十二分鍾的時間。