自從劉穆之向劉裕提出“討叛逆、安民生、建功業”的九字方針，並被劉裕采納後，由劉穆之主持，陶淵明輔助的措施立即付諸實施。
除了處決刁逵全家外，已經過世的“江左冠族”王國寶其兄弟子侄也參與了桓玄的叛亂，這也是個特大戶，參與叛逆的也被處死了十一人；其他如隱匿人口的餘姚大族虞亮等也被處決，虞亮一死等於將廣大被他奴役的百姓解放了出來。
劉穆之建議劉裕對當時積弊已久的政治、經濟進行必要的整頓，主要表現在四個個方麵：一是整頓吏治——當時罷官或處死的官吏有許多是士族或皇族出身的。劉裕自己率先垂範，手下的親信、功臣有驕奢淫逸、不恤政事的，也要嚴厲處罰，甚至處死；二是重用寒人——東晉王朝中央和地方州、郡的大權一直掌握在王、謝、庾、桓四大家族手中，選拔官吏主要看其出身，所謂“下品無高門，上品無賤族”，選出來的官吏大多如同東晉皇帝那般白癡無能。劉裕掌權後，下令改變這種狀況，要求按照九品中正製初置時的精神選拔官吏。他重用出身“寒微”的人，如第一謀士劉穆之以及檀道濟、王鎮惡、趙倫之等；三是繼續實行“土斷”，抑製兼並——多數僑置郡、縣被合並或取消。在戶籍上，不再分土著和僑人。對於勢家大族隱藏戶口的，嚴厲清查。還禁止土豪強封錮山澤，亂收租稅，人民可以任意樵采捕撈；四是整頓賦役製度——嚴禁地方官吏濫征賦稅、徭役。凡官府需要的物資，“與民和市”，照價給錢，不得征調。此外劉裕還注意節儉，減輕刑罰,親自聽訟，興辦學校,策試諸州郡秀才。百姓有了財產，行動有了自由，極大地調動了生產的積極性。江南農業生產有所恢複發展,為元嘉年間(424～453)“氓庶繁息，餘糧棲畝”的狀況奠定了基礎。
劉裕的這些舉措在劉穆之的大力推進下，取得了很大的成效，尤其是得到了廣大百姓的擁護。
在此以前的陳勝、吳廣起義也好，張角的黃巾大起義也罷，即便是東晉當朝的孫恩、盧循起義，也都提出過口號或綱領，但都沒有一個可以實施的詳盡步驟和措施，失敗也就在情理之中了。
劉裕當初聽取了劉穆之的建議，離開京城建康，回到京口。他十分明白雖然他倒桓成功，成就巨大，但是畢竟自己出身低微，許多士族並不服他，那就幹脆將這個新政府的領導權讓給在名義上的最高負責人王謐。這個王謐何許人也？就是當年將劉裕從刁逵的鞭子下救出來的時任膘騎將軍府長史的王謐，東晉開國功臣王導的孫子，可謂是出身名門。當劉裕占領建康前，王謐這時正是大楚帝國留在建康的最高官員——司徒。以他為首的楚朝高官們，不無驚恐地看到時局變化如天翻地覆，他們個個苦思自保之策。共同商議一番後，決定聯名推薦劉裕領揚州刺史。由於東晉的首都建康同時也在揚州，理論上揚州刺史的官位要大大高於其他州刺史。結果劉裕堅決辭讓，反而推薦王謐擔任侍中、司徒、兼揚州刺史，主管朝廷機要。此時劉裕的推薦，自然比朝廷百官的聯名推薦效力要高多了，根據多數服從少數權威的原則，王謐順利地變換了角色，又成為晉朝新政府的最高官員。王謐當初的救人善舉，現在得到高額回報了。
把中央的行政權力實實在在地交給王謐。這一來固然是為了報恩，二來劉裕畢竟出身低微，向來為士族豪門所不屑，而他們此時在朝中仍然擁有相當大的影響力，對於這些人的反對，劉裕不能視而不見。再說，劉裕此次雖立下大功，但作為一個政治暴發戶，資望還不足以完全壓製朝野，不但在世家大族，就是在一同起義的同仁中，也還有很多人並不真心服他，時機未到，如強行執政，極易成為眾矢之的。當然，王謐地位雖高，隻是劉裕推出的門麵，此時在建康更有實際影響力的行政官員是劉裕的第一謀士劉穆之。
人生如負重遠行，欲速則不達。
精明、清醒的劉裕也懂得這個道理，此時以退為進，不失為明智之舉（桓玄在這方麵顯然差遠了，還沒建下蓋世的聲望，就急匆匆地篡位稱帝，弄得人心格外不服，終致失敗）。而且王謐原先就是劉裕的好友，出身琅琊王氏這樣的頂級豪門，非常符合當時官場習慣中的三公條件。且為人溫和，此次更是感激劉裕的大恩大德，讓他執政，一方麵決不可能做對不起劉裕的事，和自己的代理人差不多，另一方麵卻能讓劉裕在時機尚不成熟時免做出頭鳥，真可謂一舉兩得。
成功講究天時地利人和。
當然，讓王謐掌管朝政也不是沒有阻力的。王謐和刁逵都算得上是桓玄的佐命元勳，而且王謐的官位還比刁逵高得多，曾親奪安帝的玉璽獻給桓玄，如果以叛逆論罪，王謐的罪顯然比刁逵更大！可現在的結果是：王謐高升三公，刁逵滿門抄斬。這怎麼看也不像是秉公執法吧？朝野輿論對此憤憤不平，認為王謐罪大惡極，也應誅殺！如果隻是一般人這麼私下說說，到還不妨事，劉裕幾次出麵為王謐說話，也就大事化小，小事化無了。
當時，經過司馬道子、司馬元顯、桓玄三位極不稱職領導人在建康的輪番執政，國家政令廢馳，法製敗壞，豪門貴族橫行不法，受難百姓申冤無路。各種法令多如牛毛，又常常自相矛盾，讓人無法適從，逐變成兒戲，幾乎無人遵守。麵對這種情況，劉穆之根據出現的具體問題，隨時進行校正，以嚴刑約束不法，這如同諸葛孔明治蜀。而劉裕本人以身作則，嚴格遵守，對犯令者決不姑息！如出身太原王氏的尚書左仆射王愉和他的兒子王綏，就被滿門抄斬。不過十天，京城風氣為之一變，文武百官都謹慎小心，盡職盡責地工作，不敢懈怠。盡管主要還是那批人，但在劉裕與劉穆之等人的領導下，已經脫胎換骨，一個高效的、較為清廉的、在民眾中有威信的政府建立起來了。因晉安帝一時半會兒還回不了建康，為了讓己方的行動顯得更加名正言順，劉裕突然宣稱接到了晉安帝的密詔：為了國家大計，在自己回鑾之前，可由晉元帝司馬睿的孫子，也就是朕的堂叔武陵王司馬遵代行皇帝執權（準確的說，是負責在劉裕及其同黨擬好的文件上蓋章）。於是給司馬遵加侍中、大將軍之職，除了桓氏一門外，大赦天下。
還有一件大事也是不能不辦的，那就是改年號。“永始”是偽楚年號，當然不能再用。之前的“大亨”也是由“桓大亨”製定的，屬於政治不正確的“邪惡年號”，也不能用。於是最後決定恢複當初由司馬元顯製定的“元興”年號，這一年（公元404年）就變成了元興三年。
陶淵明在此期間也沒有閑著，他覺得劉裕對自己很信任，自己也應該為他做幾件實事。這天，陶淵明聯絡了劉穆之一同去見劉裕，陶淵明開門見山地向劉裕提出了“以德治國”的設想。
“明公，漢朝之所以不斷走向強盛，很重要的一點就是漢武帝時期接受了董仲舒提出的‘罷黜百家，獨尊儒術’的主張。”
“是嗎？”劉裕對漢朝的事一直很感興趣，“願聞其詳，元亮你講下去，道民幫著參謀。”
“子曰：‘道之以政，齊之以刑，民免而無恥。道之以德，齊之以禮，有恥且格。’”陶淵明既然要講儒術，自然一開場就將孔子搬了出來，“孔子的意思就是要用道德來引導百姓，用禮樂來規範、齊一百姓，這樣百姓不但有廉恥之心，而且人心歸服。”